Desenredando un nuevo código genético en la mitocondria de los artrópodos

Publicado por José María Fernández el 28 noviembre, 2006
Comentarios (13)
Cuando asisto a congresos y reuniones relacionadas con la bioinformática, pocas veces tengo la oportunidad de encontrar charlas tan interesantes y bonitas como la que impartió Federico Abascal en las JdB2006, titulada ‘Unravelling a new genetic code in the mitochondria of arthropods’. Hablando con él (y aprovechando que lo conozco desde hace mucho y que conoce el blog), le pedí que escribiera un resumen para publicarlo aquí. Os lo incluyo a continuación:

Mientras estábamos trabajando en un tema un poco árido relacionado con matrices de sustitución de amino ácidos, observamos algo extraño en un alineamiento múltiple de proteínas mitocondriales de artrópodos. Resulta que en sitios de las proteínas donde la presencia del amino ácido (aa) lisina estaba muy conservada a lo largo de la evolución, en algunos artrópodos (arañas, insectos, gambas et al., ~500 millones de años) sin embargo a veces había serinas (un aa con propiedades físico-químicas muy distintas de las de lisina).

La presencia de estas “serinas” no encajaba desde un punto de vista evolutivo, ni podía explicarse por errores de secuenciación. Tras dejar el tema de lado durante unos días de pronto nos llegó la inspiración: “umm… quizás esas serinas no sean realmente serinas sino que puede que hayan sido traducidas (automáticamente a partir del ADN) usando un código genético erróneo”. Y, efectivamente, vimos que todas esas serinas raras se correspondían con un mismo codón (AGG) y no con ninguno de los otros siete codones de serina.

Para comprobar si este modo de razonar era correcto (si el AGG aparece en sitios de lisina, entonces seguramente codifica serina), automatizamos la asignación de decenas de miles de codones. La precisión fue altísima. El método indicó que unos artrópodos traducían AGG como serina y otros como lisina. Lo esperable sería que un gran grupo de artrópodos (p.e. los crustáceos) tuviera uno de los códigos y otro grupo (p.e. insectos) el otro. Pero el resultado fue muy distinto: uno y otro código genético aparecían entremezclados en distintos grupos. Incluso en un mismo orden de insectos, en el de los hemípteros (pulgones, básicamente) observábamos que unas especies usaban un código y otras el otro. Esto indicaba que a lo largo de la historia de los artrópodos había habido múltiples cambios independientes, es decir, había habido evolución paralela.

El resto de la historia tiene que ver con la base molecular de estos cambios (mutaciones puntuales en los anticodones de tRNA-Lys y tRNA-Ser, dominancia de tRNA-Ser, poco uso del AGG…). Para los curiosos pueden encontrar más detalles en

Abascal et al, 2006, “Parallel Evolution of the Genetic Code in Arthropod Mitochondrial Genomes” PLoS Biology 4(5):e127.

¡¡¡Muchas Gracias, Fede!!! ¡¡¡Ésto sí que es bioinformática aplicada!!!

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Artículos interesantes, Noticias

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Comentarios
Comentario by amarindo el 28 noviembre 2006 @ 16:06

y esto que significa, que hay que cambiar la agrupacion de especies en la clasificacion zoologica? que habria que diferenciar y agrupar clados y taxones y familias diferentes que ahora estan agrupados bajo la etiqueta de artroprodos?

te lo pregunta un lego en todo esto, que soy fisico aunque interesado

gracias

Comentario by Federico el 29 noviembre 2006 @ 10:31

No, no, no hay que cambiar la clasificación… esa sería una forma de explicar la historia evolutiva del código genético de forma más sencilla, pero no creo que a las libelulas o las moscas les gustase que las clasificases con las arañas y los escorpiones. Lo que ha ocurrido es que el código ha evolucionado de forma paralela (independiente) en distintos linajes.

Espero haberlo aclarado…

Comentario by tomas ruiz el 5 diciembre 2006 @ 23:47

amigos!!!!!!!!!!disculpen la imprudencia,soy estudiante de Ing.de producción Animal en la universidad de oriente (venezuela)..necesito de su ayuda!!!! necesito un trabajo completo sobre la aplicasión de la bioinformatica en la indrustria animal… tambien me serviria un proyecto sobre la bioinformatica pero en la industria animal…

GRACIAS Y DISCULPEN LA MOLESTIA!!!!!!!!

Comentario by tomas ruiz el 5 diciembre 2006 @ 23:52

amigos!!!!!!!!!!disculpen la imprudencia,soy estudiante de Ing.de producción Animal en la universidad de oriente (venezuela)..necesito de su ayuda!!!! necesito un trabajo completo sobre la aplicasión de la bioinformatica en la indrustria animal… tambien me serviria un proyecto sobre la bioinformatica pero en la industria animal…

GRACIAS Y DISCULPEN LA MOLESTIA!!!!!!!!

Comentario by Maria Angelica el 11 febrero 2007 @ 18:15

Hola amigos soy estudiante de biologia y estoy realizando mi trabajo de tesis con base en la caracterizacion molecular con herramientas de bioinformatica, me parecio formidable este articulo y resumen, me interesaria obtener mayor informacion parecidos a este articulo ya que me serviria para mis debates en la discusion.

Le agradeceria me diera un contacto con el señor Federico

Comentario by matamoros el 5 mayo 2007 @ 23:09

buenas amigos…. espero que todo este bien.. yo soy estudiante de ing. de produccion animal… y estoy interesado en un trabajo donde se aplique la bioinformatica en el area de produccion animal…. se le agrade si pueden ayudarme … gracias y hasta luego

Comentario by ROSA ELENA LOPEZ AGUILAR el 30 mayo 2007 @ 22:40

que esta pagina esta bien peor tiene un defecto que la informacion que se busca se mas espesifica por que dan paginas y si habrimos una pagina no viene nada de lo que buscamos.

Comentario by ROSA ELENA LOPEZ AGUILAR el 30 mayo 2007 @ 22:42

que esta pagina esta bien pero tiene un defecto que la informacion que se busca se mas espesifica por que dan paginas y si habrimos una pagina no viene nada de lo que buscamos.

Comentario by luis alejandro el 8 junio 2007 @ 15:47

epa !!! nesecito inf. sobre bioinformatica porfavor si es posible enviar

Comentario by yineth rojas el 6 diciembre 2007 @ 11:08

Hola q tal?espero q esten bien disculpen necesito que me ayuden a encontrar un trabajo donde este aplicada la bioinformatica en la produccion animal!!!!!! se los agradeceria por favor!!!!!!

Comentario by maykells el 25 mayo 2008 @ 11:12

busco un trabajo sobre bioinformatica en produccion animal, en donde lo puedo encontrar?

Comentario by Yuliana el 15 junio 2009 @ 17:02

por favor, busco un trabajo sobre bioinformatica en produccion animal, donde puedo econtrar informacion referente?

Comentario by Alexis Cova el 28 noviembre 2010 @ 23:17

amigos disculpen la molestias causadas,soy estudiante de Ing.de producción Animal en la Universidad de Oriente en venezuela…necesito de su ayuda! necesito un trabajo completo sobre la aplicasión de la bioinformatica en la indrustria animal… agradezco su ayuda gracias!!!!

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