La importancia de los mirrors en Bioinformática

Es 1 de Agosto, fecha oficial de comienzo de las vacaciones de muchas personas en el mundo. Justo el peor momento para que algo catastrófico le ocurra a vuestro sitio web favorito. ¿Cuántos de vosotros os habéis tirado de los pelos cuando sólo por unos minutos habéis sido incapaces de acceder a vuestras cuentas de GMail, a vuestros perfiles de Facebook, o a la web de vuestro banco?

Como dicen los angloparlantes, Shit happens, y la bioinformática no iba a ser un área intocable por la mano de Murphy, ¿no? Justo ahora mismo varios sitios relacionados con la bioinformática como MyGrid, Taverna o BioMart no están disponibles porque están sufriendo problemas de algún tipo (los dos primeros, por ejemplo, está confirmado que de hardware). Algo muy común en bioinformática es la existencia de mirrors, lugares donde se encuentran replicados servicios o datos de uso generalizado entre la comunidad bioinformática.

Por ejemplo, sitios como Ensembl o PDB, que proporcionan una serie de servicios imprescindibles a día de hoy para la bioinformática, se encuentran replicados físicamente en distintos puntos geográficos del planeta. Y algo parecido sucede con las bases de datos biológicas más usadas en bioinformática, que se encuentran disponibles en sitios FTP. Los primeros mirrors que nacieron en bioinformática, en la época en que internet estaba casi en pañales y su ancho de banda era bajísimo, fueron creados por la necesidad de tener un acceso local más rápido a los recursos que proporcionaban. Otros motivos fueron más políticos, porque a principios de los años 90 el acceso a los sitios y servidores del NIH (donde se encuentran las copias primarias de GenBank, RefSeq y otras bases de datos) quedaba restringido cada vez que Estados Unidos entraba en algún conflicto bélico, y no por ello los proyectos que dependieran de esas bases de datos en Europa o Japón debían pararse.

La realidad es que a día de hoy el número de recursos bioinformáticos disponibles a través de la web es enorme, pero pocos de ellos disponen de un mirror que pueda usarse en caso de que el sitio principal se caiga, o esté inaccesible por problemas en la conexión de red.

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Comentarios

Hola José María,

En Ensembl proveemos varios mirrors sobre todo para poder ofrecer un acceso más rápido a usuarios en diversas partes del mundo. Por ejemplo, un usuario que se conecte desde la costa oeste de los EEUU, será reenviado directamente a su mirror más cercano.

Se puede acceder cualquiera de los mirrors aunque este no sea el servidor más cercano. Eso nos da más tranquilidad si ocurre una incidencia en nuestro CDP. De hecho, nuestra página de error (cuando el servidor no responde) cita los mirrors.

En cualquier caso, disponer de mirrors requiere de una inversión de tiempo y recursos. En el caso de Ensembl, nos es muy beneficioso ya que acceder a la misma página desde el otro lado del mundo tardaba más de diez segundos antes en vez de los ~2 segundos que tarda la misma página localmente.

Interesante articulo, amigos felicitaciones.

Marlon Mendoza

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