General

TopHat 2: arreglos para algunos fallos técnicos

TweetUna parte de la bioinformática actual gira en torno a los análisis de datos de experimentos de ultrasecuenciación: ChIP-Seq, FAIRE-Seq y DNase-Seq, exome sequecing, RNA-Seq, … Una de las herramientas es TopHat (en el momento de escribir esta entrada iba por la versión 2.0.10), que se usa en los experimentos de RNA-Seq para identificar splice junctions [...]


¿Por qué las publicaciones científicas están prisioneras detrás de un muro de pagos?

TweetNormalmente, cuando veo una noticia o una entrada de un blog que es interesante para esta bitácora, intento plasmar un resumen personal del mismo, encontrar entradas independientes relacionadas en algún sentido y aportar mi granito de arena adicional, excavando un poco más en lo que he encontrado. Pero siempre hay excepciones. En el blog Priceonomics, [...]


La tabla periódica de los elementos bioinformáticos

TweetUna de las formas que tienen las compañías de hacer propaganda de ellas mismas es crear contenidos lúdicos o educativos relacionados con su área de negocio. A veces, esos contenidos son interesantes, como es el caso de la tabla periódica de los elementos bioinformáticos (a continuación, un pantallazo), que ha sido creada por una compañía [...]


Ensayos clínicos, o cómo explicar algo científico a la gente

TweetAyer mi amiga Gloria me mandó desde Singapur un correo de unas colegas suyas para participar en un ensayo clínico. Lo primero que viene a la mente es “para eso hay que estar presente, ¿no?”. Pues depende de lo que se vaya a ensayar… En este caso, lo que se ensayan son contenidos didácticos multimedia, [...]


Movilizaciones por la Ciencia el próximo 19 de Diciembre

TweetAunque tengo bastante descuidado el blog de bioinformática, las movilizaciones por la ciencia del próximo 19 de Diciembre son una buena razón por la que escribir esta entrada. Todo lo que voy a mencionar a continuación ya ha sido explicado extensamente, durante todos estos meses y de forma mucho más elocuente, en muchos otros blogs, [...]


Identificando plagios y autoplagios: Deja Vu

TweetAlgunos de los problemas internos que más preocupa a las revistas científicas y, en general, a la comunidad científica, es el tema de la falsificación de descubrimientos, el plagio y el autoplagio. La detección de falsificación en los descubrimientos es complicada, y parte de la tarea de los revisores y editores de los artículos recibidos [...]


ENCODE en 4 minutos (en inglés)

TweetTras el anuncio público mundial de ayer en todos los medios de comunicación, el proyecto ENCODE ha pasado de ser un desconocido (a pesar de ser un proyecto que lleva en marcha muchos años) a ser mencionado en las conversaciones de pasillo. Ya hay publicadas muchas páginas, noticias y entradas derivadas de este anuncio, hablando [...]