‘Noticias’

Las XIII Jornadas de Bioinformática (JBI2016) se celebrarán en Mayo de 2016

Las Jornadas de Bioinformática se llevan celebrando desde el año 2000, siendo el evento científico que aglutina edición tras edición a las distintas comunidades de investigación relacionadas con la bioinformática y la biología computacional que se encuentran asentadas en España. Las primeras ediciones se celebraron de forma anual, cambiando su frecuencia de celebración a un modelo más espaciado de aproximadamente 18 meses.

XIII Symposium on Bioinformatics - XIII Jornadas de Bioinformática

Hace tres semanas me llegó un correo anunciando que la próxima edición de las Jornadas de Bioinformática (ya la decimotercera) se celebrará en el campus Vera de la Universitat Politècnica de València (enlace al lugar de celebración), teniendo lugar del 10 al 13 de Mayo. Como es habitual, el primer día se celebrará el Student Symposium, quedando el resto de días para el grueso de la conferencia.

Si queréis mandar vuestras contribuciones al evento, aquí tenéis el enlace de inscripción y el enlace de envío de abstracts. Las fechas claves son:

  • Comienzo del plazo de envío de abstracts e inscripción temprana: 15 de Diciembre de 2015
  • Fin del plazo de envío de abstracts y fin de incripción temprana: 28 de Febrero de 2016
  • Fin del plazo de envío de pósteres: 30 de Marzo de 2016
  • Notificación de aceptación de abstracts y pósteres: 8 de Abril de 2016

Hay un enlace disponible para consultar el programa tentativo de la conferencia, que irá cambiando a medida que el comité científico decida qué abstracts tendrán derecho a charla, y los ponentes de las charlas plenarias.

Enlaces

Etiquetas: ,
Categorias: Congresos, Noticias

Cuando la xenofobia se mezcla con una herramienta bioinformática

Nunca pensé que iba a escribir un artículo así. En serio. Todos sabéis que los investigadores tienen fama de ser personajes peculiares o excéntricos. Incluso los que os movéis en el mundo de la investigación seguro que habréis conocido a algún personaje difícil de tratar. Pero saber que todos los que estamos en el mundo de la investigación “cojeemos” de un pie u otro nunca me preparó para encontrarme un caso como el siguiente.

Existe una herramienta llamada TREEFINDER, escrita para calcular los árboles filogenéticos a partir de secuencias moleculares. A diferencia de lo que he hecho en otras entradas de blog sobre herramientas, no voy a evaluar la usabilidad o calidad científica de la misma. Gracias a unos cuántos amigos he descubierto que la licencia de uso es, por llamarlo suavemente, peculiar, sobre todo desde que la cambió su autor un par de veces durante este año. Si consultamos la página http://www.treefinder.de/news.html , el primer cambio fue en febrero, argumentando que a partir de ese instante su herramienta no podía ser usada en Estados Unidos, debido a que, en resumidas cuentas, sus creencias estaban en contra de lo que simboliza para él ese país.

Pero en esta ocasión, el cambio de la licencia de uso que ha decidido este individuo sobre su herramienta a partir del 1 de octubre es sobre varios países de la Unión Europea (Alemania, Austria, Francia, Países Bajos, Bélgica, Gran Bretaña, Suecia, Dinamarca) debido a que está en contra de la política migratoria de estos países con respecto a la acogida de refugiados de fuera de la Unión Europea. Esgrime que esas políticas le están dañando a él, a su familiares y amigos, etc…. En otras palabras, está prohibiendo el uso de su herramienta en varios países simplemente basándose en argumentos que rayan la xenofobia.

Yo respeto que cada uno crea en lo que quiera, aunque no comparta dicha creencia. De la misma manera, me gusta que la gente respete que yo crea en lo que quiera, sin implicar con ello que esas personas lleguen a creer en lo que yo creo. Pero personalmente no puedo respetar o considerar bioinformático o científico a alguien que intenta propagar sus ideas xenofóbicas a través de cambios en la licencia de uso de sus herramientas.

Actualización 2015-10-01

Ya hay movimientos dentro de la comunidad científica solicitando ayuda para evitar TREEFINDER (y su autor) reimplementando las funcionalidades de la herramienta:

 

Actualización 2015-12-15

Tal como apareció publicado hace un mes en Science News, la revista BMC Evolutionary Biology, donde fue publicado en 2004 el artículo de Treefinder, se ha retractado de la publicación de dicho artículo, al haber cambiado las condiciones de uso del software descrito en él, chocando con la política editorial de disponibilidad de software de dicha revista.

Una descripción detallada de dicha retractación está disponible en la web RetractionWatch.

Etiquetas:
Categorias: Noticias

Ampliado el plazo para los abstracts en las XII Jornadas de Bioinformática

Tal como os conté el pasado 1 de Abril, la próxima edición de las Jornadas de Bioinformática (y van 12) se va a celebrar en Sevilla. Leyendo lo que escribí entonces me he dado cuenta que desde entonces ha cambiado varias veces el plazo de envío de abstracts, y de registro temprano.

La última noticia que tenía (de la semana pasada) era que ambos plazos vencían justo en el día de hoy, adelantándose así en un mes con respecto a lo que aparecía expuesto a principios de Abril. Pero, tras consultar de nuevo hace un instante la página principal del simposio para ver cuándo expiraba el plazo, me he encontrado con un nuevo cambio de fechas: el plazo de inscripción temprana ha sido ampliado hasta el 10 de Julio, mientras que el de envío de contribuciones se ha extendido hasta el 24 de Julio.

Para poder enviar vuestra contribución hay primero que registrarse, pero por ese lado la organización permite enviar hasta dos abstracts por persona registrada. Por otro lado, la SEBBM (Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular) va a proporcionar hasta 6 becas de 200€ cada una para asistir a las Jornadas a aquellos que las soliciten y cumplan los requisitos para recibirlas.

Así que, si estais interesados en este simposio, aún estáis a tiempo de participar.

Etiquetas:
Categorias: Congresos

Los accession numbers de UniProt tendrán más longitud a partir de Junio

UniProt es una de las bases de datos de proteínas más curada (en su sección SW) y mantenida actualmente, y por eso es tomada como una de las bases de datos de referencia a nivel de información de proteínas. Desde que se hizo pública en Julio de 1986 Swiss-Prot (una de las integrantes de UniProt, y predecesora), cada entrada de la base de datos dispone de un accession number (AC en el formato SW) principal, que sirve para identificar de forma inequívoca cada entrada. También se almacena para cada entrada cero o más accession number secundarios, que fueron usados en el pasado para esta entrada, y que sirven tanto para mantener un historial dentro de UniProt como para poder relacionar material de investigación antiguo (por ejemplo, artículos) con los datos actuales.

Inicialmente, un identificador de Swiss-Prot o TrEMBL tenía el siguiente formato de 6 caracteres:

1 2 3 4 5 6
[O,P,Q] [0-9] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]

lo que permitía tener 13996800 entradas diferentes (3·10·(26+10)3·10). Posteriormente, se permitieron más letras en la primera posición (y menos en la tercera):

1 2 3 4 5 6
[O,P,Q] [0-9] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]
[A-N,R-Z] [0-9] [A-Z] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]

lo cuál aumentó el número de identificadores diferentes a 91497600 ((23·10·26·(26+10)2·10) = 77500800).

Pero, en la versión de Mayo de 2014 ya hay 56555610 entradas (545388 de UniProt/SwissProt y 56010222 de UniProt/TrEMBL), eso sin contar los accession number secundarios de dichas entradas. Los encargados de UniProt han hecho sus propios cálculos de estimación del crecimiento de la base de datos y de uso de accession numbers, y se han dado cuenta que para finales de 2014 se iban a quedar sin accession numbers para proteínas nuevas. Así que, a partir del 11 de Junio podrá haber entradas que usen, además de estos formatos, accession number de 10 caracteres:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
[O,P,Q] [0-9] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]
[A-N,R-Z] [0-9] [A-Z] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]
[A-N,R-Z] [0-9] [A-Z] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9] [A-Z] [A-Z,0-9] [A-Z,0-9] [0-9]

que proporcionarán (23·10·(26·(26+10)2·10)2) = 2.6114669568·1013 nuevos identificadores (una diferencia de 6 órdenes de magnitud), margen suficiente para varios años más.

Enlaces

Etiquetas:
Categorias: General, Noticias

Las XII Jornadas de Bioinformática serán en Sevilla

Ya es oficial. Las XII Jornadas de Bioinformática (http://www.bioinformaticsconference2014.org/) van a celebrarse en Sevilla, del 21 al 24 de Septiembre, en el cicCartuja (Centro de Investigaciones Científicas Isla de la Cartuja). Aunque las primeras ediciones de las Jornadas de Bioinformática se celebraban anualmente, desde hace unos años ha adoptado un formato bianual, acorde a los tiempos económicos en los que vivimos.

Los coordinadores de esta duodécima edición (Damien P. Devos, Ildefonso Cases y Ana M. Rojas) quieren que las nuevas generaciones de bioinformáticos se involucren en el evento, y por ello el tema principal de las Jornadas es “Bioinformatics: The New Breed“. Los principales puntos que se quieren destacar en esta edición son:

Las fechas claves del evento de momento confluyen en el 31 de Julio, que es cuando se cierra el plazo tanto para el envío de contribuciones a las Jornadas, como para el registro temprano (y más barato) en las mismas. Antes del 31 de Julio la cuota de inscripción es de 100€ para los estudiantes y 180€ para el resto, mientras que después de esa fecha costará 160€ para estudiantes y 230€ para el resto.

En el programa provisional se encuentra reservado el primer día para el simposio de estudiantes, dejando el segundo día para la metagenómica, la evolución y la filogenia, el tercer día para las charlas de estructura, función de proteínas y la bioinformática biomédica, dejando el día de clausura para la biología integrativa.

Así que ¡aún tenéis tiempo para animaros a asistir! Tanto para realizar la inscripción como el envío de contribuciones hay que registrarse en la página del congreso, en http://www.bioinformaticsconference2014.org/eng/enter .

Etiquetas:
Categorias: Congresos, Noticias

CHEMDNER, la subcompetición de identificación de nombres de compuestos y drogas

Bajo el acrónimo que inicia esta entrada de blog (CHEMDNER, Chemical compound and drug name recognition task) se encuentra una de las subcompeticiones de la próxima edición de BioCreative IV (Critical Assessment of Information Extraction in Biology). Lo primero que se le viene a uno a la mente cuando lee ese acrónimo es la frase “Pero eso ¿qué es?”, con el acento más basto y cateto con el que identificamos nuestra propia ignorancia.

BioCreative es una competición que se celebra para ver cómo se encuentra el estado del arte de la minería de textos en los campos de la biología, biomedicina, bioinformática, … y otros afines. CHEMDNER es una de las 5 subcompeticiones de BioCreative IV, y está enfocada en el reconocimiento de nombres de compuestos químicos y drogas/fármacos dentro de textos científicos y patentes, y de sus roles semánticos en el contexto de las oraciones, párrafos y manuscritos donde participan. Como el lenguaje natural es bastante ambiguo, aún en el subconjunto usado para el lenguaje científico, los sistemas automáticos creados por los participantes tienen que ser capaces, por ejemplo, de identificar que “aspirina”, C6H4(OCOCH3)COOH, CHEBI:15365 y “ácido acetilsalicílico” son la misma cosa (y es una droga), o que “cloruro sódico”, “NaCl” y “sal” se refieren a compuestos químicos, pero que el término “sal” puede ser o no sinónimo de los dos primeros según el contexto.

Así que, si os dedicáis a la minería de textos, tal vez os interese participar en ésta u otras de las subcompeticiones de BioCreative. Para el caso de CHEMDNER, os podéis registrar como grupo participante en http://www.biocreative.org/news/biocreative-iv/team/ , y podéis encontrar más detalles de la competición en http://www.biocreative.org/tasks/biocreative-iv/chemdner/

Etiquetas:
Categorias: Congresos, Noticias

ENCODE en 4 minutos (en inglés)

Tras el anuncio público mundial de ayer en todos los medios de comunicación, el proyecto ENCODE ha pasado de ser un desconocido (a pesar de ser un proyecto que lleva en marcha muchos años) a ser mencionado en las conversaciones de pasillo. Ya hay publicadas muchas páginas, noticias y entradas derivadas de este anuncio, hablando sobre proyecto, lo que es, etc…

Pero tal vez es el momento de volver al origen de la noticia, y por ello pongo aquí el vídeo publicado por la revista Nature y el coordinador del proyecto ENCODE, donde intenta explicar a grandes rasgos lo descubierto con el proyecto, y la utilidad del nuevo conocimiento que ahora se tiene sobre el genoma humano:

Imagen de previsualización de YouTube
Etiquetas:
Categorias: General, Noticias