‘Congresos’

Las XIII Jornadas de Bioinformática (JBI2016) se celebrarán en Mayo de 2016

Las Jornadas de Bioinformática se llevan celebrando desde el año 2000, siendo el evento científico que aglutina edición tras edición a las distintas comunidades de investigación relacionadas con la bioinformática y la biología computacional que se encuentran asentadas en España. Las primeras ediciones se celebraron de forma anual, cambiando su frecuencia de celebración a un modelo más espaciado de aproximadamente 18 meses.

XIII Symposium on Bioinformatics - XIII Jornadas de Bioinformática

Hace tres semanas me llegó un correo anunciando que la próxima edición de las Jornadas de Bioinformática (ya la decimotercera) se celebrará en el campus Vera de la Universitat Politècnica de València (enlace al lugar de celebración), teniendo lugar del 10 al 13 de Mayo. Como es habitual, el primer día se celebrará el Student Symposium, quedando el resto de días para el grueso de la conferencia.

Si queréis mandar vuestras contribuciones al evento, aquí tenéis el enlace de inscripción y el enlace de envío de abstracts. Las fechas claves son:

  • Comienzo del plazo de envío de abstracts e inscripción temprana: 15 de Diciembre de 2015
  • Fin del plazo de envío de abstracts y fin de incripción temprana: 28 de Febrero de 2016
  • Fin del plazo de envío de pósteres: 30 de Marzo de 2016
  • Notificación de aceptación de abstracts y pósteres: 8 de Abril de 2016

Hay un enlace disponible para consultar el programa tentativo de la conferencia, que irá cambiando a medida que el comité científico decida qué abstracts tendrán derecho a charla, y los ponentes de las charlas plenarias.

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Ampliado el plazo para los abstracts en las XII Jornadas de Bioinformática

Tal como os conté el pasado 1 de Abril, la próxima edición de las Jornadas de Bioinformática (y van 12) se va a celebrar en Sevilla. Leyendo lo que escribí entonces me he dado cuenta que desde entonces ha cambiado varias veces el plazo de envío de abstracts, y de registro temprano.

La última noticia que tenía (de la semana pasada) era que ambos plazos vencían justo en el día de hoy, adelantándose así en un mes con respecto a lo que aparecía expuesto a principios de Abril. Pero, tras consultar de nuevo hace un instante la página principal del simposio para ver cuándo expiraba el plazo, me he encontrado con un nuevo cambio de fechas: el plazo de inscripción temprana ha sido ampliado hasta el 10 de Julio, mientras que el de envío de contribuciones se ha extendido hasta el 24 de Julio.

Para poder enviar vuestra contribución hay primero que registrarse, pero por ese lado la organización permite enviar hasta dos abstracts por persona registrada. Por otro lado, la SEBBM (Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular) va a proporcionar hasta 6 becas de 200€ cada una para asistir a las Jornadas a aquellos que las soliciten y cumplan los requisitos para recibirlas.

Así que, si estais interesados en este simposio, aún estáis a tiempo de participar.

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Las XII Jornadas de Bioinformática serán en Sevilla

Ya es oficial. Las XII Jornadas de Bioinformática (http://www.bioinformaticsconference2014.org/) van a celebrarse en Sevilla, del 21 al 24 de Septiembre, en el cicCartuja (Centro de Investigaciones Científicas Isla de la Cartuja). Aunque las primeras ediciones de las Jornadas de Bioinformática se celebraban anualmente, desde hace unos años ha adoptado un formato bianual, acorde a los tiempos económicos en los que vivimos.

Los coordinadores de esta duodécima edición (Damien P. Devos, Ildefonso Cases y Ana M. Rojas) quieren que las nuevas generaciones de bioinformáticos se involucren en el evento, y por ello el tema principal de las Jornadas es “Bioinformatics: The New Breed“. Los principales puntos que se quieren destacar en esta edición son:

Las fechas claves del evento de momento confluyen en el 31 de Julio, que es cuando se cierra el plazo tanto para el envío de contribuciones a las Jornadas, como para el registro temprano (y más barato) en las mismas. Antes del 31 de Julio la cuota de inscripción es de 100€ para los estudiantes y 180€ para el resto, mientras que después de esa fecha costará 160€ para estudiantes y 230€ para el resto.

En el programa provisional se encuentra reservado el primer día para el simposio de estudiantes, dejando el segundo día para la metagenómica, la evolución y la filogenia, el tercer día para las charlas de estructura, función de proteínas y la bioinformática biomédica, dejando el día de clausura para la biología integrativa.

Así que ¡aún tenéis tiempo para animaros a asistir! Tanto para realizar la inscripción como el envío de contribuciones hay que registrarse en la página del congreso, en http://www.bioinformaticsconference2014.org/eng/enter .

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CHEMDNER, la subcompetición de identificación de nombres de compuestos y drogas

Bajo el acrónimo que inicia esta entrada de blog (CHEMDNER, Chemical compound and drug name recognition task) se encuentra una de las subcompeticiones de la próxima edición de BioCreative IV (Critical Assessment of Information Extraction in Biology). Lo primero que se le viene a uno a la mente cuando lee ese acrónimo es la frase “Pero eso ¿qué es?”, con el acento más basto y cateto con el que identificamos nuestra propia ignorancia.

BioCreative es una competición que se celebra para ver cómo se encuentra el estado del arte de la minería de textos en los campos de la biología, biomedicina, bioinformática, … y otros afines. CHEMDNER es una de las 5 subcompeticiones de BioCreative IV, y está enfocada en el reconocimiento de nombres de compuestos químicos y drogas/fármacos dentro de textos científicos y patentes, y de sus roles semánticos en el contexto de las oraciones, párrafos y manuscritos donde participan. Como el lenguaje natural es bastante ambiguo, aún en el subconjunto usado para el lenguaje científico, los sistemas automáticos creados por los participantes tienen que ser capaces, por ejemplo, de identificar que “aspirina”, C6H4(OCOCH3)COOH, CHEBI:15365 y “ácido acetilsalicílico” son la misma cosa (y es una droga), o que “cloruro sódico”, “NaCl” y “sal” se refieren a compuestos químicos, pero que el término “sal” puede ser o no sinónimo de los dos primeros según el contexto.

Así que, si os dedicáis a la minería de textos, tal vez os interese participar en ésta u otras de las subcompeticiones de BioCreative. Para el caso de CHEMDNER, os podéis registrar como grupo participante en http://www.biocreative.org/news/biocreative-iv/team/ , y podéis encontrar más detalles de la competición en http://www.biocreative.org/tasks/biocreative-iv/chemdner/

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neXtProt: proteínas humanas anotadas al máximo

Durante estos días estoy asistiendo al ISMB/ECCB 2011, en Viena, Austria, y los dos primeros días no son de congreso como tal, sino dedicados a tutoriales y reuniones de SIGs (Special Interest Groups). En el SIG de CAFA (Critical Assessment on Function Prediction) escuché ayer una charla muy interesante de Amos Bairoch sobre la relación existente entre número de genes y el número de proteínas humanas, sobre UniProt y el proceso de anotación, lo que hay anotado sobre proteínas humanas y uno de los nuevos desarrollos que se están llevando a cabo en el SIB (Swiss Institute of Bioinformatics). Este desarrollo es neXProt.

¿De dónde nace este proyecto? En Septiembre de 2008 el grupo de UniProt/Swiss-Prot terminó la primera anotación manual completa de lo que se creía el conjunto completo de proteínas humanas, derivadas de alrededor de 20000 genes. Aunque fue un gran hito, por ya estar esta colección de datos bastante bien anotada con información relacionada con investigación médica biomolecular, queda todavía un gran hueco en el conocimiento disponible en términos de información funcional sobre las proteínas humanas. También queda un gran hueco que rellenar a nivel de caracterización de estas proteínas, como modificaciones postrasduccionales, interacciones con otras proteínas, localizaciones subcelulares de las mismas, etc…

Entonces, el proyecto neXtProt tiene como objetivo rellenar esos huecos, o lo que es lo mismo, utilizar todas las tecnologías, técnicas e información disponibles para caracterizar las proteínas de función desconocida. Si uno piensa en el número de genes de los que dispone el genoma humano, que son unos 20000 genes (y con cada revisión, menos), piensa que el número de proteínas tiene que estar en el mismo orden de magnitud. Pero eso es un error:

Como podéis ver, desde los genes (en el código genético) hasta las proteínas hay un largo camino, que hace que al final haya una estimación de que existen alrededor de 5 millones de proteínas en nuestro proteoma completo. Para conseguir anotar de forma adecuada todas estas proteínas neXtProt va a integrar (no enlazar, realmente integrar) en corto a medio plazo información proteómica experimental de alta calidad, datos experimentales de siRNA, datos estructurales experimentales, información de rutas metabólicas, información poblacional de CNV (cuánto se expresan las distintas variantes de proteínas en las distintas poblaciones humanas) e información disponible de interacción entre las distintas proteínas y las proteínas con fármacos y drogas.

Pero ya hay trabajo hecho. La última publicación de neXtProt ya integra información sobre casi 21000 proteínas, proveniente de las bases de datos UniProt, Ensembl, BGee, ENZYME, GO, GOA, HPA, InterPro, MeSH, PROSITE y PubMed. Me da la impresión de que este proyecto va ser una piedra angular de la bioinformática, igual que lo ha sido Ensembl en los pasados años.

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Workshop “From Phenotypes to Pathways 2011″, en Septiembre

Del 15 al 17 de Septiembre se va a celebrar en Cambridge, Reino Unido, el workshop From Phenotypes to Pathways 2011. Esta reunión forma parte de las reuniones financiadas por el ESF (European Science Foundation), y que forma parte del ESF reseach networking programme (programa de redes de investigación) Frontiers of Functional Genomics.

La reunión está dirigida a la inferencia de la arquitectura genética (el mapeo entre el genotipo y los fenotipos de un genoma) a partir de mapeos de perturbación obtenidos a partir de técnicas modernas de HTS (High-Throughput Screening). Estas técnicas modernas hacen posible describir una respuesta biológica a miles de perturbaciones experimentales. La reunión está por ello enfocada en las nuevas estrategias experimentales y computacionales aplicables a los rastreos exhaustivos de perturbaciones realizables mediante HTS, para así poder diseccionar las redes regulatorias celulares y los mecanismos de las enfermedades.

La inscripción en el workshop está abierta hasta el próximo 31 de Julio, mediante correo electrónico a la organización (los detalles del correo están en la página). Y para quienes esteis interesados, la inscripción es gratuita.

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Y otro seminario más de NGS

Ya es coincidencia que en tan poco tiempo haya dos seminarios de NGS. Por M. Gonzalo Claros me he enterado que el próximo 16 de Marzo va a celebrarse el seminario “Aplicación de las Técnicas de Secuenciación Masiva de Nueva Generación (NGS) a la Acuicultura y a otros Sistemas de Producción Biológica“. El seminario se celebra bajo el paraguas del proyecto AQUAGENET, dura todo el día 16, y la inscripción al mismo es gratuita. Por lo que he leído en el programa, los ponentes hablarán de las técnicas de aplicación de NGS en peces, moluscos y plantas, comenzando con una introducción a NGS, y una charla sobre el ensamblaje y anotación de genomas y transcriptomas.

Los datos concretos del lugar de celebración del curso, el programa y la inscripción al mismo los podéis encontrar dentro de la presentación online disponible (en el enlace de más abajo).

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