Cuando fue presentado al emperador Napoleón III, Pasteur le manifestó que su mayor ambición era descubrir los microbios y que estaba convencido de que eran los causantes de las enfermedades. Investigó así la base de muchas enfermedades y produjo vacunas para el ántrax, el cólera y la rabia.

La imagen de arriba nos muestra a Pasteur recogiendo saliva de un perro rabioso, en la de de abajo una portada del diario L’Illustration muestra a Pasteur inoculando la vacuna antirrábica al pastor Jupille, que había sido mordido por un perro (Oct 1885). Las inoculaciones se realizaban en el laboratorio de Pasteur en la Ecole Normale Superieure (rue d’ULM, Paris). 

El éxito de la vacuna frente a la rabia llevó a la Academia de Ciencias francesa a fundar el Instituto Pasteur.

Jenner había producido muchos años antes una vacuna ampliamente utilizada para la viruela, una enfermedad vírica. El gobierno español envió a principios del siglo XIX la Expedición de Balmis al Nuevo Mundo con equipos médicos para vacunar a miles de indígenas inmunizándolos frente a la viruela. En el caso de ésta vacuna se trataba de una estirpe de virus diferente (vaccinia)  y no-infecciosa mientras que Pasteur, para sus vacunas, había conseguido cepas no virulentas de los microorganismos tras exponer los cultivos a distintos tratamientos. En el caso de la rabia, otra enfermedad vírica, la vacuna se obtenía de médula infectada y seca. Sus trabajos dieron lugar también al desarrollo de métodos antisépticos en el tratamiento de heridas por Lister.