Los peces cebra son vertebrados, como los ratones, y por lo tanto más cercano a los seres humanos que las moscas o los gusanos (zfish.uoregon.edu). Sin embargo, a diferencia de los ratones, los peces cebra son muy baratos de criar y mantener. Un pez cebra hembra normalmente produce centenares de óvulos en una sola puesta. Estos óvulos se fertilizan fácilmente. Los embriones resultantes, que son translúcidos, crecen fuera del cuerpo de la madre, así que se puede observar a los mutantes en cada etapa del desarrollo. Durante los primeros 7 días de vida es totalmente transparente. Por otra parte es relativamente sencillo preparar animales transgénicos.

Estas características del pez cebra, su similitud genética con los humanos (87%) y a su capacidad para regenerar tejidos dañados, lo convierten en un modelo óptimo para el estudio de la respuesta inmune en especies de interés en la  acuicultura y como modelo en distintos aspectos de biomedicina para estudiar enfermedades en el ser humano, como la leucemia y el melanoma.

El pez cebra,  (Danio rerio), es una de las estrellas en ascenso en estudios de genómica. Los peces tropicales de este tipo son comunes en las peceras domésticas, pero a pesar de que investigadores en Oregon comenzaron a estudiarlos en los años 80, los peces cebras fueron generalmente ignorados por los biólogos hasta que Christiane Nüsslein-Volhard, tenaz científica alemana, los hizo conocidos.

Nüsslein-Volhard había impulsado la búsqueda sistemática de mutantes de Drosophila (por la cual compartió el premio Nobel de Fisiología o Medicina en 1995). Al comienzo de los años 90, inició un examen genético igualmente ambicioso en peces cebras mutantes. Para 1996, su equipo en el Instituto Max Planck, en Tübingen, y otro grupo dirigido por Wolfgang Driever y Mark Fishman, del Hospital General de Massachusetts, en Boston, habían reunido más de 1.800 mutantes del pez cebra con defectos específicos en la sangre, el riñón o en la formación del corazón.

Leonard Zon, en cuyo laboratorio de Harvard  trabajé en el año 2006,  consiguió de Nüsslein-Volhard  algunos peces cebras mutantes. Ella le dio 39 embriones mutantes que normalmente no podían formar glóbulos rojos; se podía observar bajo el microscopio que sus glóbulos rojos eran demasiado pálidos o demasiado escasos. El equipo de Zon apareó a los peces cebras mutantes entre sí y después analizó a su descendencia. Pronto, los investigadores encontraron equivalentes en los peces de tres enfermedades sanguíneas humanas: porfiria, condición genética en la cual los glóbulos rojos explotan, causando una anemia severa; otra forma de anemia congénita; y talasemia, que resulta de defectos en la producción de hemoglobina. De hecho, se descubrió que seis cepas distintas de pez cebra tenían algún equivalente de la talasemia humana

Además, el pez cebra ofrece grandes posibilidades para la aplicación de nuevas tecnologías de genómica y proteómica, de ahí que con frecuencia en nuestros estudios empleemos herramientas ya desarrolladas y otras ya disponibles, como microarrays y los estudios de RNA seq

Por ejemplo se puede modular la expresión de genes mediante el uso de morfolinos y con la que podemos comprobar con relativa facilidad cómo funcionan los genes. El morfolino es un derivado de un ácido nucleico natural, con la diferencia de que usa un anillo de morfolina en vez del azúcar, conservando el enlace fosfodiéster y la base nitrogenada de los ácidos nucleicos naturales. Se usan con fines de investigación, generalmente en forma de oligómeros de 25 nucleótidos. Se usan para hacer genética inversa, ya que son capaces de unirse complementariamente a pre-ARNm, con lo que se evita su posterior procesamiento.

“Un  microarray es una superficie sólida a la cual se une una colección de fragmentos de ADN. Las superficies empleadas para fijar el ADN son muy variables y pueden ser de vidrio, plástico e incluso de silicio. Se usan para analizar la expresión diferencial de genes, monitorizándose los niveles de miles de ellos de forma simultánea. Su funcionamiento consiste, básicamente, en medir el nivel de hibridación entre la sonda específica (probe, en inglés), y la molécula diana (target), indicándose generalmente mediante fluorescencia y analizándose por análisis de imagen, lo cual nos indicará el nivel de expresión del gen.”

“Suelen utilizarse para identificar genes con una expresión diferencial bajo condiciones distintas. Por ejemplo, para detectar genes que producen ciertas enfermedades mediante la comparación de los niveles de expresión entre células sanas y células que están desarrollando ciertos tipos de enfermedades.” (Wikipedia)

RNA-seq, también conocido como “Whole Transcriptome Shotgun Sequencing” (“WTSS”) se emplea técnicas de secuenciación de alto rendimiento para secuenciar el ADN complementario generado a partir del ARN mensajero. Es una técnica que se esta extendiendo cada vez más en los estudios de transcriptómica. Las nuevas técnicas de secuenciación de alto rendimiento permit, entre otras actuaciones, evaluar la abundancia de los distintos transcritos, la diferencia de expresión de alelos, detectar mutaciones post-transcripcionales.

¿Habrá pronto alguien que reciba el premio Nobel por sus trabajos con el pez cebra?

Director, Productor …

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En España ya tenemos experiencia de varios accidentes, en los que el petróleo o sus derivados causaron graves daños. En este enlace pueden consultar el post sobre la extracción del fuel de Prestige. Aquella operación a 3500 metros de profundidad fue más complicada que la del Costa Concordia.

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La compañia encargada de la extracción de las 2400 toneladas de fuel es Smit. En 1987, trabajó en el ferry ‘Herald of Free Enterprise’, que había zozobrado en el Canal de la Mancha, incluso cuando en el barco aún quedaban cadáveres. Como primer paso, el ‘Smit Salvage Team’ debe asegurarse que el barco ya no se mueve. Para ello, los holandeses cuentan con instrumentos de medición que todavía registraron movimientos.

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El combustible en el ‘Concordia’ está distribuido en 17 tanques que se encuentran en la parte baja del barco. Los especialistas de Smit deben trabajar con cada tanque. Primero se realiza una perforación desde fuera para poder bombear el combustible. A través de una segunda apertura, por debajo de la primera perforación, se irá bombeando agua de mar al tanque para evitar el vacío.

El combustible pesado, de consistencia espesa, sólo puede ser bombeado con una temperatura de 40 a 50 grados Celsius. Smit calentará el combustible en la perforación de salida y lo irá bombenado. No es necesario calentar todo el tanque. Así, el combustible es transportado del ‘Concordia’ a un buque cisterna a través de una plataforma flotante.

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Aunque las perforaciones sean seguras, Smit debería colocará sobre la superficie del mar barreras flotantes para evitar la dispersión del combustible y del aceite.

El barco es estable y no amenaza con partirse y los tanques están intactos. La misión, podría llevar unas tres semanas.

Información actualizada de Smit sobre la actuación en el Costa Concordia.

¿Y con el casco del buque? Hay varias opciones desguazarlo en el mismo sitio, reflotarlo y hundirlo en una zona muy profunda para que sirva de arrecife submarino.

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Como decía un pescador estos días, una cosa es caminar sobre tierra y otra muy distinta es trabajar en el mar. Mis condolencias a todos los que han sufrido esta tragedia.

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Hay más…

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Por favor, no se pierdan esto. No es de Anderson y Roe pero merece la pena

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Estos no son los precios habituales del atún en Japón, sino que el elevado precio al que se pagan estos ejemplares se debe a la costumbre de pujar lo más fuerte posible por el primer atún que se vende cada año en la lonja de Tokio. La subasta se ha convertido en una tradición y cada comienzo de enero acuden distribuidores, restaurantes y compradores varios de Japón y otros países que compiten para llevarse el primer atún pescado en el año, sea al precio que sea. Hacerse con esa pieza se convierte en un gran reclamo comercial para atraer clientes y hacer publicidad.

El comprador de este año ha sido Kiyoshi Kimura, presidente de una cadena de sushi japonesa muy popular llamada Sushi-Zanmai. Desde que se comenzaron a recopilar datos sobre las ventas en Tsukiji en 1999, el precio máximo pagado por un atún en la lonja se registró el primer día de subastas de 2001, con un valor de 20,2 millones de yenes (unos 203.000 euros) por un ejemplar de más de 200 kilos capturado también en el norte del archipiélago, según datos de Efe.

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En los últimos años Japón, el mayor consumidor de atún del mundo, ve amenazado su suministro de este pescado por la reducción de las cuotas a nivel internacional, ante el riesgo que pesa sobre la supervivencia de la especie. Las capturas de atún, especialmente en el Mediterráneo, que es el área de reproducción de los atunes atlánticos, crecieron exponencialmente desde la década de los 90, lo que ha llevado a la pesquería a una situación cercana al colapso.

Además, los intentos de regular las capturas han sido infructuosos, como reconoce incluso la Comisión Internacional para la Conservación del Atún Atlántico (ICAAT). Hay evidencias de que, durante varios años de la década del 2000, las capturas reales de atún superaron casi el doble a las permitidas, debido a la existencia de un potente mercado negro alimentado por la pesca ilegal.

Ya en Septiembre del 2007 la UE prohibió la pesca del atún rojo en lo que quedaba de 2007 ya que que  se había superado la cuota general de capturas asignada a la flota comunitaria. En otros dos posts (La tragedia del atún,  y Obama y el atún “rojo” volvimos sobre el mismo asunto.

Según ICCAT, la población de atunes rojos, que nada sobre todo en aguas mediterráneas y atlánticas, se ha reducido un 74% en los últimos 50 años.

“ Un estudio científico presentado en la reunión muestra que incluso una cuota de 8.000 toneladas, que se cumpliese estrictamente, proporcionaría sólo un 50% de posibilidades para la recuperación del atún rojo en 2023. Al mismo tiempo, otra investigación revela que únicamente el cierre total permitiría a la pesquería alcanzar los niveles que evitasen la necesidad de restricciones comerciales en 2019.”

Mal va el asunto para el atún…rojo

Las mediciones, fueron realizadas durante los días 10 y 11 de enero, demuestran un aumento de la altura y del volumen del cono, y de los depósitos relacionados con la erupción. Los investigadores han comprobado que el volumen de la erupción cubre la ladera occidental del cañón submarino, con depósitos que alcanzan hasta los 2.000 metros de profundidad. A unos 950 metros de profundidad, estos depósitos de lava tienen un ‘estrangulamiento’ debido a que el cañón se estrecha ya que actúa como controlador de descarga entre dos zonas: la del depósito del curso alto y la del cono de deyección.

Según sus estimaciones, en la zona más elevada el volumen depositado alcanza los 57 millones de metros cúbicos; y en el cono de deyección son 88 millones de metros cúbicos, lo que supone en total 145 millones. Los investigadores del ‘Ramón Margalef’ constataron que el desdoblamiento de la cima que se registró en el levantamiento anterior ya no existe, y de nuevo aparece una única cima en las coordenadas: 2737.18′N ; 1759.58′W.

También observaron que el cono ha modificado su ladera respecto al levantamiento de diciembre: su pendiente en el flanco sureste ha aumentado debido al aumento en altura de la cima y a la disminución de la convexidad del cono, que pudiera ser atribuido a una deflación ocurrida en el periodo comprendido entre las dos batimetrías.

En esta página se recoge información sobre la actividad volcánica actual en el planeta. Enlaza con numerosas fuentes información y cámaras web.

No hay que olvidar que la erupción volcánica submarina en El Hierro ha afectado a unas 96 especies de fauna marina y no se ha detectado vida en un radio de 1,5 millas alrededor del foco eruptivo con los lógicos efectos sobre la pesca.

Poco que decir. Mejor ver y escuchar.

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La película Chronik der Anna Magdalena Bach de Straub & Huillet en la que Leonhardt interpretaba a Bach

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Afinando su clavicordio en el intermedio de un concierto…

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Cuando busqué  ”scientist” los resultados fueron parecidos:

¿Somos tan raros como sugiere san Google? Será cierto lo que le decía su madre a una amiga científica: “¿como pasáis tanto tiempo pasando agua de un tubo a otro?

Según este artículo (pinchad, pinchad) que me envió una persona con la que trabajo, hay cinco cosas imprescindibles antes de salir con un/a científica/o… y  no nos pone precisamente bien.

Como contraste las imágenes asociadas a artist:

o a artista:

Tal como acaba el artículo de Wired ¿por qué cuando busco científico no aparece una imagen como esta?

El arenque del Pacífico (Clupea pallasii pallasii) es una especie de gran importancia ecológica y comercial. Los peces se desplazan en grandes bancos, desde la Bahía de San Francisco al mar de Bering, donde son una fuente de alimento para otras especies como aves y ballenas jorobadas. Luego de permanecer dos años en el mar, desovan en áreas de aguas superficiales en bahías y estuarios.

Investigadores en Estados Unidos analizaron las consecuencias del desastre del buque de carga Cosco Busan en 2007, cuando el navío chocó contra una de las torres de un puente vertiendo más de 200.000 litros de petróleo en la Bahía de San Francisco. El derrame tuvo un impacto letal inesperado en los embriones de peces devastando la producción de arenque del Pacífico durante dos años, de acuerdo al estudio, realizado por expertos de la Universidad de California, Davis, y la Administración Nacional Oceánica y Atmosférica de EE.UU., NOAA por sus siglas en inglés.

La investigación deja en evidencia el impacto del combustible bunker en los embriones de peces fundamentalmente en aguas superficiales, así como las consecuencias de la interacción de ese crudo con la luz solar y la extrema vulnerabilidad de los peces en sus primeras etapas ante los derrames de petróleo. El estudio aporta nuevos datos para el análisis del impacto de derrames de crudo. Muchos de los parámetros utilizados actualmente fueron establecidos luego del desastre del Exxon Valdez en 1989, cuando se vertieron más de 120 millones de litros de crudo en la costa de Alaska.

En este enlace se puede ver el video de los embriones dañados por el vertido

http://bcove.me/vflvfjfm

El estudio deja en claro que aún derrames de poca cantidad, pueden tener efectos altamente letales en poblaciones sensibles. Debido al aumento drástico en toxicidad en presencia de la luz solar, es posible que en regiones en las que la luz ultravioleta penetra el agua marina, aún pequeñas cantidades de combustible bunker y otros productos de petróleo pueden tener un gran impacto El estudio fue publicado en la revista de la Academia de Ciencias de Estados Unidos, Proceedings of the Nacional Academy of Sciences.

Los daños no terminan cuando desaparece la mancha. ¿Se imaginan lo que puede pasar en otro lugares como el delta del Niger?

Según un  informe de 2006 del Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF en inglés) en el delta del Níger, en Nigeria, desde los años cincuenta se han derramado 1,5 millones de toneladas de petróleo, el equivalente a unos 11,5 millones de barriles de petróleo. El 22 de diciembre pasado, Shell Nigeria anunció que unos 40.000 barriles de crudo se habían vertido desde su plataforma petrolífera de Bonga, a unos 120 kilómetros de la costa. El 3 de enero, Shell reveló que el 24 de diciembre varios derrames le obligaron a cerrar algunas de sus instalaciones en tierra, cerca de la costa, al sureste del país.