Ibercivis, la ciencia en casa

Publicado por Grupo BIPEDD el 20 junio, 2008

Hoy se ha inaugurado oficialmente el proyecto Ibercivis, un novedoso proyecto de “Computación Voluntaria”. El proyecto consiste en que los ciudadanos interesados en el desarrollo de proyectos de investigación que demandan un elevado coste computacional, pueden ceder el uso de sus ordenadores cuando éstos se encuentren desocupados. De esta manera, trabajando cooperativamente, se pueden llevar a cabo tareas de gran complejidad.

Ibercivis pretende dotar de potencia de cálculo a los investigadores a través del uso de los ordenadores de los ciudadanos. Tiene un funcionamiento relativamente sencillo, es parecido al clásico salva pantallas que permanece inactivo cuando el ordenador se está usando y se activa cuando detecta que no se están realizando tareas de importancia.

El proceso de participación es simple: el ciudadano presta su ordenador y éste se conecta a un servidor y donde elige un determinado proyecto científico. A partir de aquí, cuando su CPU detecte que puede colaborar, pedirá trabajo al servidor quien le mandará una de las tareas y esperará a que le devuelva el resultado.

El proyecto cuenta con tres importantes proyectos científicos: “Docking”, (búsqueda de nuevos fármacos mediante el cálculo de interacciones proteína-ligando y el cribado virtual de quimiotecas), “Fusión” (para la creación de plasmas que simulen algunos de los fenómenos producidos en las estrellas) y “Materiales” (para la simulación de vidrios que pudieran llegar a convertirse en la próxima generación de discos duros).

Uno de estos proyectos, “Docking” está basado en la plataforma desarrollada en la Unidad de Bioninformática del Centro de Biología Molecular “Severo Ochoa”, miembros del proyecto BIPEDD de la Comunidad de Madrid.

El objetivo fundamental de “Docking” es encontrar nuevas moléculas que puedan convertirse en fármacos eficaces en la lucha contra el cáncer. Para ello se trabaja en el desarrollo de algoritmos cuya finalidad consiste en predecir cómo estas moléculas se unen a sus receptores biológicos y así poder, de alguna manera, modular el comportamiento de éste, por ejemplo, inhibiendo el ciclo reproductivo del ADN dañado, frenando por tanto la proliferación de las células cancerígenas.

La búsqueda de estas moléculas se realiza en grandes bases de datos que llegan a contener millones de ellas. Además, cada una de estas moléculas tiene una complejidad estructural inherente que se traduce en multitud de disposiciones tridimensionales distintas que es necesario tener en cuenta y probar. Esto hace que el número total de estructuras a evaluar sea virtualmente infinito.

Para poder realizar este tipo de experimentos es necesario disponer de gran cantidad de potentes ordenadores. Es aquí donde proyectos como Ibercivis adquieren una relevancia especial, ya que va a permitir seleccionar, es decir, cribar virtualmente (que es como se conoce a la técnica) millones de moléculas en tiempo record. Esto supone una aceleración muy importante en el proceso de diseño de nuevas moléculas, muy largo y costoso en la actualidad.

Este tipo de proyectos de computación voluntaria cumplen una doble misión. Por una parte representan una ayuda inestimable en cuanto a la cantidad de cálculos que podemos realizar. Por otra, los voluntarios entran en contacto directo con la investigación científica que se está realizando en su propio ordenador, adquiriendo nuevos conocimientos y mayor concienciación del problema a resolver.

Algunos proyectos similares que ya han obtenido resultados prometedores son el salva pantallas de la Universidad de Oxford dedicado al cáncer y WISDOM a la malaria. En el primer caso, y después de un año, se llegaron a usar alrededor de 1.5 millones de ordenadores en más de 200 países. Con Ibercivis esperamos obtener resultados competitivos.

Aunque a una escala sensiblemente menor en la Unidad de Bioinformática del CBMSO ya hemos empezado a obtener resultados importantes en un par de proyectos relacionados con el cáncer. En concreto hemos patentado varias moléculas con resultados experimentales positivos.

Para comenzar a colaborar con la ciencia sólo es necesario descargar el programa cliente de BOINC. Una vez descargado e instalado, este programa tiene un comportamiento parecido a un “salvapantallas” y permanece inactivo hasta que detecta que no se están realizando tareas de importancia.

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