Portal bioBIKE: Biological Integrated Knowledge Environment
Visita (17-27 de Febrero de 2008) del Dr. Arnaud Taton al grupo CIANOBACTERIAS-UAM del Programa de investigación de la Comunidad de Madrid, Microambiente-CM, para la presentación del portal bioBIKE.
El Dr. Arnaud Taton (Center for the Study of Biological Complexity, Virginia Commonwealth University) ha sido invitado por la Dra. Francisca Fernández Piñas para la presentación de una nueva herramienta bioinformática que, basada en el lenguaje de programación Lisp, facilita la integración de todos los datos genómicos, metabólicos y experimentales pertinentes para un grupo de organismos concreto y la comunidad de investigadores implicada en su estudio.
El portal, gratuito, se denomina bioBIKE (Biological Integrated Knowledge Environment; http://ixion.csbc.vcu.edu/biobike) y ya contiene aplicaciones concretas para, entre otros, cianobacterias (CyanoBIKE), virus (ViruBIKE) o bacterias fotosintéticas (PhotoBIKE).
En el caso de cyanoBIKE, la herramienta permite trabajar de forma integrada con los datos de todos los genomas cianobacterianos secuenciados parcial o totalmente hasta el momento (unos 40) e incluye además datos experimentales de microarrays; otro aspecto importante de CyanoBIKE es la creación de la base de datos de anotación de genes denominada CYORF para que, en un esfuerzo conjunto de los distintos investigadores del área, se procure una anotación correcta de los genomas.
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