Genolab: futura base de datos genética OpenSource para investigadores

Ayer estuvimos en Iniciador Madrid, escuchando la charla de Alejandro Suarez, donde presentó su nuevo proyecto: Genolab. Quedé fráncamente sorprendido por el alto nivel de innovación del proyecto, así como la visión del mismo. Si se cumple todo lo que nos comentó ayer Alejandro, estamos ante uno de los proyectos más globales y más innovadores relacionados con Internet de este país.

A grandes rasgos, Genolab es una empresa mixta entre negocio de Internet y negocio de genética, orientada a decodificar el código genético de las personas a partir de una muestra de su saliva. Esto es algo que ya hacen algunas empresas a nivel global, como 23andMe, pero GenoLab tiene una apuesta todavía más innovadora dentro de este campo como es el de ofrecer un servicio de suscripción para que sus usuarios puedan estar al día con respecto a los nuevos descubrimientos genéticos que puedan tener cierto impacto para cada usuario en función de su perfil genético. Francisco Carrero ya comentaba sobre lo innovador de este proyecto ayer por la noche en su blog, al igual que Javier Martín lo reseñaba en Loogic. Yo trataré de centrarme en mi perspectiva sobre el mismo, las oportunidades que ofrece este proyecto para los Sistemas Inteligentes y para los investigadores tanto del campo de los Sistemas Inteligentes como para médicos y genetistas.

Genolab ya es un proyecto realmente innovador de por si, sobre todo teniendo en cuenta que es un proyecto que nace en España, y hablando sobre él cualquiera diría que tiene su base en Silicon Valley, no solo por la tecnología relacionada con el procesamiento del ADN, si no por su claro enfoque a Internet. De todas formas, hay algo todavía más innovador en el proyecto, ya que tal y como comentaba el propio Alejandro Suarez ayer, tienen previsto permitir el acceso a su base de datos genética de sus usuarios (debidamente anonimizada) a todos los investigadores españoles que la deseen utilizar. Este tipo de planteamientos son radicalmente interesantes por sus posibilidades, pero también poco habituales por estos lares, así que no puedo hacer más que aplaudir la iniciativa.

Desde el punto de vista de los investigadores en medicina y genética no cabe duda que el poder acceder a una gran base de datos genética con un gran volumen de usuarios es algo formidable, ya que hasta ahora los procesos de investigación en estos campos requerían mucho tiempo, paciencia y dinero para poder dar con pacientes que tuvieran determinada enfermedad, procesar su ADN para detectar los genes relevantes, estudiarlo, etc. Con Genolab el proceso será infinitamente más rápido.

Y desde el punto de vista de los Sistemas Inteligentes, el poder tener acceso a una base de datos como esta es también una excelente noticia. Uno de los subcampos de los Sistemas Inteligentes que se pueden ver más beneficiados del acceso abierto a estos datos es la Minería de Datos. Desde hace mucho tiempo se vienen aplicando técnicas de descubrimiento de patrones en genética como una forma alternativa, mucho más eficiente, al método tradicional de búsqueda “manual” por parte de investigadores en bases de datos genéticas. Hasta la fecha, proyectos como Biomine se han dedicado a desarrollar métodos para el análisis de este tipo de colecciones de datos, ayudando a los genetistas a detectar las relaciones potenciales de cada gen candidato con respecto a las enfermedades que están estudiando.

Otro de los subcampos de los Sistemas Inteligentes que ha estado en mucho contacto con la genética en los últimos tiempos es el Procesamiento del Lenguaje Natural. De hecho, tal y como establece el artículo “Genomics and Natural Language Processing“, el creciente interés por parte de la comunidad de Procesamiento del Lenguaje Natural en el campo de la genética ha permitido que emerja un campo de investigación como es el Biological Natural Language Processing (Procesamiento del Lenguaje Natural Biológico), que trata de explorar sistemáticamente las relaciones entre genes, secuencias y la literatura biomédica.

Hasta ahora los investigadores españoles que querían tratabajar en estos campos tenían que recurrir a bases de datos propietarias, a datos recogidos por ellos mismos, o a datos ofrecidos por instituciones en otros países. Genolab pretende revolucionar este panorama de una forma radical. Ojalá veamos iniciativas como estas más a menudo.

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Comentarios

En mi humilde opinión y, basándome en mi conocimiento científico, he de decir que empresas de genética e internet como Genolab están siendo perseguidas e inspeccionadas en Estados Unidos actualmente por la FDA.

http://www.publico.es/ciencias/319189/nuevo/reves/negociode/genetica/personal

Parece ser que las compañías como Genolab no son tan precisas como se creia, y que a nivel de validez clínica y técnica dejan mucho que desear. Es el sentir general de la comunidad científica. De hecho, ¿qué conocimientos científicos y técnicos sobre genética posee el fundador de Genolab, Alejandro Suárez?

Este tipo de compañías también deberían estar perseguidas en España, ya que más que ayudar al paciente, lo confunden y pueden hacer que éste tome medidas erróneas y contraproducentes en su vida. Afortunadamente en USA ya se está destapando toda esta maraña de empresas fantasma que sólo persiguen enriquecerse a costa de los incautos e ignorantes consumidores.

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