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El Microbioma del Suelo (ejemplo de las praderas norteamericanas)

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Las extensas paraderas de Kansas. Fuente: Colaje Google imágenes

 La nota de prensa de la que vamos a hablar hoy nos informa de la enorme diversidad de especies bacterianas  que acaece en las extensas praderas de Kansas. Para ilústralo escojamos tres breves fragmentos: “el suelo es testigo de la increíble diversidad y el caos de la vida dentro de incluso el puñadito más pequeño de tierra. Sólo una cucharadita de suelo de Kansas contiene decenas de miles de especies microbianas” (…) “Jansson considera que la tarea de desentrañar las comunidades microbianas del suelo resulta ser una tarea especialmente difícil ya que existe una diversidad enorme. Los científicos estiman de 50 a 100 veces más especies microbianas habitan una muestra de suelo típico que el intestino humano. Además, la mayoría de los microbios del suelo nunca han sido cultivados en un laboratorio en el que se podrían estudiar a fondo” (…).  ”El suelo es uno de los ecosistemas más complejos y diversos del planeta. Es un sustrato tridimensional complejo; No hay nada que se le parezca“. Ya os hemos ido informando acerca de la extraordinaria diversidad de los organismos del suelo. Empero hablar de especies bacterianas resulta ser un tema más que espinoso, yo diría que es andar por arenas movedizas, o navegar por aguas turbulentas, como podréis por ejemplo ver aquí: genómica bacteriana”. Por lo tanto, la pregunta/respuesta  del millón de euros sería pues: ¿cómo se puede cuantificar la diversidad de bacterias de un volumen dado del suelo, si no disponemos de un concepto aceptado de las mismas, como ocurre con todos o casi todos los procariotas?. Empero cuando la maquinaria de la secuenciación masiva de los “toca genes” se pone en marcha, no hay ausencia de concepto que les frene. Ellos estiman la variedad genética, es decir el microbioma del suelo en su conjunto, para a la postre señalar que existen tropecientas mil especies, conforme a ciertos criterios más o menos cuestionables.  Punto y final. ¿Y qué ocurre con la  de la enorme promiscuidad que implica el flujo horizontal de genes entre bacterias que no se encuentran estrechamente emparentadas desde un punto de vista filogenético?. Al parecer ¡les da igual! (La Extraordinaria Genética de los Microorganismos del Suelo).

 Personalmente me interesa, como a todos, el microbioma del suelo. Ahora bien este es un problema y la diversidad de especies otro distinto, hasta que alguien desenrede la enmarañada madeja, o acierte milagrosamente a regalarnos con un concepto de especie apto para todo al árbol de la vida.  Y hoy por hoy no se atisban respuestas en el horizonte.

 En cualquier caso, debido al perfeccionamiento de los progresos realizados para las secuenciaciones masivas del genoma de las muestras, así como de su velocidad de procesamiento, los “toca genes” se asombran de todo, como los niños en la más tierna infancia.  Y así, conforme mejoran estas técnicas instrumentales y se exploran más hábitats y muestras, más cara de bobos se les pone y más tonterías redactan en la literatura científica (El Microbioma del Suelo en Central Park (Nueva York)).  Por ejemplo, si un día, a un equipo de investigadores se le “escurre” la hedionda idea de estudiar los virus que contienen  las aguas residuales, no debe extrañarnos en absoluto que nos vengan a decir algo así como: Hallado el Mayor Punto Caliente de biodiversidad Vírica del Planeta: Las Aguas Residuales”. Un paper más en una revista de campanillas, una muesca a añadir al revolver del pistolero. Entre toda la retórica que podréis leer en la nota de prensa original se esconde una única novedad que resulta ser: “(…) incluyen la primera reconstrucción del genoma completo de un solo microbio en un muestra de suelo complejo. Otros grupos han reconstruido los genomas completos de los microbios de ambientes menos complejos, incluidas las minas, tapetes microbianos, y el microbioma humano”. Es decir aislaron un microorganismo, según ellos “entre miles”, para a la postre secuenciar su genoma. Punto y final. El resto de las cifras son tan poco creíbles como para merecer la pena discutirlas. Mucho peor son otros papers que, a partir de datos de la misma naturaleza, intentan vendernos una cuantificación de la diversidad funcional de las comunidades microbianas. Quien conozca bien los temas relacionados con la biología edáfica sabrá, sin lugar a dudas, que esta última es enorme, aunque su cuantificación rigurosa no deje de ser más que una quimera a día de hoy.

 Realmente estas cifras son improcedentes e irracionales. Sin embargo, los análisis comparativos de los microbiomas del suelo, que se basen en las mismas técnicas e intensidad de muestreos, si deben aportar información valiosa. No hablaremos pues de diversidad de especies sino de la variabilidad o variedad de los microbiomas. Empero en la ciencia actual, entre los investigadores priman más epatar al público, que ofrecerle contenidos realmente novedosos, honestos, sinceros. Y así lo que podría ser importante y relevante, por el efecto del “publica o perece” se transforma en información irrelevante, confusa y confundente. Abajo os dejo con la nota de prensa, traducida rápidamente (por lo que padece de defectos), pero que os mostrará cuanta morralla puede leerse en la prensa científica actual.

 Juan José Ibáñez

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