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Sobre la diferencia entre cepa y variante (y algún otro concepto básico de virología)

Continuando con la recién estrenada costumbre en este blog de publicar hilos de interés que he publicado anteriormente en Twitter, hoy toca este sobre la diferencia entre cepa y variante y algún otro concepto básico de virología. Fue publicado el 21 de diciembre pasado.
¿Variante o cepa? Seguro que más de uno se ha preguntado cual es la diferencia, y si se están utilizando estos términos apropiadamente en esta pandemia cuando hablamos de variantes y cepas del virus SARS-CoV2. En este post intentaremos acotar las definiciones de estos conceptos y algunos más.
Primero hay que indicar que un “mismo virus” (una “especie vírica“) puede tener infinidad de variantes GENÉTICAS. Esto es porque cada vez que un virus replica su genoma para multiplicarse en las células del hospedador sufren mutaciones, o errores en la copia. Y algunos virus yerran más que otros. Por ejemplo, los virus cuyo genoma es ARN por lo general cometen más errores que los virus cuyo genoma es ADN. El genoma de los coronavirus es ARN pero mutan menos que otros virus de ARN (véase este hilo que publiqué en Twitter hace un tiempo).
Por supuesto, no todas las variantes generadas por errores de copia son viables (o sea, infecciosas): muchas contienen mutaciones incompatibles con el ciclo infectivo del virus en cuestión. Pero unas pocas si lo son, y son por tanto capaces de infectar otras células y continuar el ciclo. La inmensa mayoría de esas mutaciones no representan cambios en las propiedades infectivas del virus. Son “neutras“. Se han identificado miles de ellas en el SARS-CoV2 desde el inicio de la pandemia. Eso sí, cada vez que salta una de estas mutaciones a los medios de información general, se anuncia el apocalipsis zombie. Recomendaría a los medios informarse de fuentes solventes antes de lanzar mensajes catastrofistas. Búsquenlas en los laboratorios de virología.
Sigamos con el hilo acerca de cepas y variantes víricas. Ya hemos visto lo que es una variante. Ahora definiremos lo que es una cepa. De hecho, haremos un hueco para definir otro palabro que usamos los virólogos: ¿qué es un “aislado“? Para entenderlo hay que considerar que los virus no solo presentan diferencias en sus genomas, sino que también pueden diferir en otras características: estructurales, antigénicas y funcionales. Eso sí, todas ellas determinadas por su secuencia genética. El mismo virus (utilizaremos el término “especie vírica”) puede adoptar formas que resuelvan su problema de supervivencia de modos ligeramente diferentes. Así, habrá virus con ligeras diferencias estructurales (por ejemplo, en la glicosilación de sus proteínas), mientras que  otros diferirán en sus propiedades antigénicas (la forma en que son reconocidos por el sistema inmune). Por ejemplo, hay especies víricas que presentan serotipos, que son variantes distinguibles mediante antisueros específicos.
Y otros diferirán en propiedades funcionales tales como su velocidad de replicación, su transmisibilidad, su capacidad de infectar tipos celulares distintos, su capacidad de producir daño al tejido al que infectan, su virulencia, etc. Pero no es fácil inferir esas propiedades a partir de la secuencia genética, que nos informa sobre “variantes”, no sobre “cepas”. Una cepa vírica es una variante cuyas propiedades estructurales, antigénicas y/o funcionales han podido ser estudiadas en laboratorio. Es más, una cepa vírica normalmente representa un prototipo de virus dentro del espectro de virus que contiene una especie vírica. Por ejemplo, la cepa XXX de la especie A representa las variantes de crecimiento lento. O la cepa YYY representa las variantes neurotrópicas (invasoras del sistema nervioso), etc. De hecho, cada “especie vírica” está representada por una cepa “tipo” que es aquella cepa que reúne las características que se consideran propias de esa especie.
Para poder estudiar en el laboratorio las características estructurales, antigénicas y/o funcionales de un virus, es necesario aislarlo en cultivo celular o en cualquiera de los sistemas biológicos aptos para este fin (huevos embrionados, p ej). Un “aislado” vírico es un virus que ha sufrido ese proceso en el laboratorio, pero que aún no ha sido caracterizado lo suficiente como para conocer sus propiedades y poder considerarlo una “cepa”.
Así, hemos definido los conceptos variante –>aislado –> cepa –> especie vírica.
Nótese que para poder hablar de “cepas” es necesario haber aislado un virus y estudiado sus propiedades, y no meramente inferirlas de su secuencia genética. Sobreinterpretar los datos de secuencia es un error muy frecuente. Un buen artículo para prevenir este riesgo es el siguiente:
Recordemos igualmente aqui este hilo publicado en Twitter relatando brevemente las dificultades para estudiar con la debida profundidad la virulencia, transmisibilidad y otras características de las cepas víricas.

Y termino recordando cuanto muta un coronavirus: De media, ∼1 × 10(-5) a 1 × 10(−6) mutaciones por sitio por replicación (=msr). Esto es mucho menos de lo esperado para un virus ARN (∼1 × 10(−3) a 1 × 10(−5) msr) y más próximo a las que muestran los virus ADN. Con ello quiero subrayar que nos quedan muchas mutaciones que digerir, y que no nos dejemos llevar por informaciones alarmistas.

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