Posts etiquetados con ‘Especie vírica’

Sobre la diferencia entre cepa y variante (y algún otro concepto básico de virología)

Continuando con la recién estrenada costumbre en este blog de publicar hilos de interés que he publicado anteriormente en Twitter, hoy toca este sobre la diferencia entre cepa y variante y algún otro concepto básico de virología. Fue publicado el 21 de diciembre pasado.
¿Variante o cepa? Seguro que más de uno se ha preguntado cual es la diferencia, y si se están utilizando estos términos apropiadamente en esta pandemia cuando hablamos de variantes y cepas del virus SARS-CoV2. En este post intentaremos acotar las definiciones de estos conceptos y algunos más.
Primero hay que indicar que un “mismo virus” (una “especie vírica“) puede tener infinidad de variantes GENÉTICAS. Esto es porque cada vez que un virus replica su genoma para multiplicarse en las células del hospedador sufren mutaciones, o errores en la copia. Y algunos virus yerran más que otros. Por ejemplo, los virus cuyo genoma es ARN por lo general cometen más errores que los virus cuyo genoma es ADN. El genoma de los coronavirus es ARN pero mutan menos que otros virus de ARN (véase este hilo que publiqué en Twitter hace un tiempo).
Por supuesto, no todas las variantes generadas por errores de copia son viables (o sea, infecciosas): muchas contienen mutaciones incompatibles con el ciclo infectivo del virus en cuestión. Pero unas pocas si lo son, y son por tanto capaces de infectar otras células y continuar el ciclo. La inmensa mayoría de esas mutaciones no representan cambios en las propiedades infectivas del virus. Son “neutras“. Se han identificado miles de ellas en el SARS-CoV2 desde el inicio de la pandemia. Eso sí, cada vez que salta una de estas mutaciones a los medios de información general, se anuncia el apocalipsis zombie. Recomendaría a los medios informarse de fuentes solventes antes de lanzar mensajes catastrofistas. Búsquenlas en los laboratorios de virología.
Sigamos con el hilo acerca de cepas y variantes víricas. Ya hemos visto lo que es una variante. Ahora definiremos lo que es una cepa. De hecho, haremos un hueco para definir otro palabro que usamos los virólogos: ¿qué es un “aislado“? Para entenderlo hay que considerar que los virus no solo presentan diferencias en sus genomas, sino que también pueden diferir en otras características: estructurales, antigénicas y funcionales. Eso sí, todas ellas determinadas por su secuencia genética. El mismo virus (utilizaremos el término “especie vírica”) puede adoptar formas que resuelvan su problema de supervivencia de modos ligeramente diferentes. Así, habrá virus con ligeras diferencias estructurales (por ejemplo, en la glicosilación de sus proteínas), mientras que  otros diferirán en sus propiedades antigénicas (la forma en que son reconocidos por el sistema inmune). Por ejemplo, hay especies víricas que presentan serotipos, que son variantes distinguibles mediante antisueros específicos.
Y otros diferirán en propiedades funcionales tales como su velocidad de replicación, su transmisibilidad, su capacidad de infectar tipos celulares distintos, su capacidad de producir daño al tejido al que infectan, su virulencia, etc. Pero no es fácil inferir esas propiedades a partir de la secuencia genética, que nos informa sobre “variantes”, no sobre “cepas”. Una cepa vírica es una variante cuyas propiedades estructurales, antigénicas y/o funcionales han podido ser estudiadas en laboratorio. Es más, una cepa vírica normalmente representa un prototipo de virus dentro del espectro de virus que contiene una especie vírica. Por ejemplo, la cepa XXX de la especie A representa las variantes de crecimiento lento. O la cepa YYY representa las variantes neurotrópicas (invasoras del sistema nervioso), etc. De hecho, cada “especie vírica” está representada por una cepa “tipo” que es aquella cepa que reúne las características que se consideran propias de esa especie.
Para poder estudiar en el laboratorio las características estructurales, antigénicas y/o funcionales de un virus, es necesario aislarlo en cultivo celular o en cualquiera de los sistemas biológicos aptos para este fin (huevos embrionados, p ej). Un “aislado” vírico es un virus que ha sufrido ese proceso en el laboratorio, pero que aún no ha sido caracterizado lo suficiente como para conocer sus propiedades y poder considerarlo una “cepa”.
Así, hemos definido los conceptos variante –>aislado –> cepa –> especie vírica.
Nótese que para poder hablar de “cepas” es necesario haber aislado un virus y estudiado sus propiedades, y no meramente inferirlas de su secuencia genética. Sobreinterpretar los datos de secuencia es un error muy frecuente. Un buen artículo para prevenir este riesgo es el siguiente:
Recordemos igualmente aqui este hilo publicado en Twitter relatando brevemente las dificultades para estudiar con la debida profundidad la virulencia, transmisibilidad y otras características de las cepas víricas.

Y termino recordando cuanto muta un coronavirus: De media, ∼1 × 10(-5) a 1 × 10(−6) mutaciones por sitio por replicación (=msr). Esto es mucho menos de lo esperado para un virus ARN (∼1 × 10(−3) a 1 × 10(−5) msr) y más próximo a las que muestran los virus ADN. Con ello quiero subrayar que nos quedan muchas mutaciones que digerir, y que no nos dejemos llevar por informaciones alarmistas.

Etiquetas: , , , ,
Categorias: Nuevos virus

El virus “Sin Nombre” y los nombres de los virus

 

En un comentario a un  post anterior me comprometí a hablar de los nombres de los virus. Hoy toca cumplir con ese compromiso. Este es un blog de virus emergentes, y si hay algo inevitable  cuando “emerge” un nuevo virus, es ponerle un nombre, y ello a veces es complicado, como veremos.

Los nombres de los virus suelen estar “inspirados” en al menos tres fuentes principales: 1) la enfermedad que causan (por ejemplo; “virus de la inmunodeficiencia humana” o “virus de la peste equina”); 2) el nombre del  investigador (o los investigadores) que lo describió (o describieron) por primera vez (por ejemplo, “virus de Epstein-Barr”), y 3) el lugar geográfico de donde procedía el primer caso diagnosticado o el primer aislamiento (por ejemplo, “virus Newcastle”, o “virus Toscana”). Mientras que las dos primeras fuentes no suelen dar demasiados problemas (quizá alguna disputa entre científicos por la autoría del descubrimiento, o cuando un solo virus causa distintas manifestaciones clínicas  -como en el caso del virus de la varicela/herpes zóster-), la tercera genera toda clase de conflictos. ¿Por qué? Piénsenlo: ¿cómo se tomarían ustedes la noticia de que en su entorno se ha descubierto un nuevo virus que causa una grave enfermedad, y se le ha dado el nombre de su ciudad o población? Esto quizá no tendría demasiada importancia si el nombre se queda en el ámbito científico-sanitario, pero ocurre que hoy dia los medios de comunicación prestan mucha atención a las enfermedades infecciosas, especialmente si tienen repercusiones importantes en la salud. Si ustedes se dedican al negocio turistico, a la hostelería, o a cualquier actividad de ocio relacionada con las anteriores, desde luego que no les agradaría ver cómo el nombre de su ciudad, antes conocido quizá por sus gastronomía, o por sus fiestas, o por su patrimonio histórico (o por nada en especial), de la noche a la mañana aparece en los titulares de los medios informativos como un lugar asociado a una “peste”.  Además, estos temas suelen persistir un tiempo en las portadas y titulares de los medios, con lo que la población acaba percibiendo la enfermedad como un estigma de un lugar, a veces una ciudad, una región, o incluso un país, algo que en general es bastante injusto. Igualmente puede ocurrir que en vez de un lugar se estigmatice a una especie animal (por ejemplo, la “gripe del pollo”) o vegetal (por ejemplo, la “crisis del pepino”) y con ella a un sector productivo. Lo “políticamente correcto” ha entrado de lleno en el mundo de las enfermedades infecciosas, y cobra particular importancia a la hora de dar nombre a los nuevos patógenos.

Los virus de la gripe (en plural, porque hay gran variedad de ellos) ofrecen buenos ejemplos de problemas relacionados con las denominaciones de los virus. Comenzando por la doble denominación de la enfermedad: “gripe” e “influenza“, ambos términos válidos en español, si bien el primero es más utilizado en España y el segundo en Latinoamérica. También, es más frecuente “gripe” en el ámbito médico, mientras que en el veterinario lo es ”influenza”.

En 2009 surgió un nuevo virus gripal que alcanzó el nivel pandémico. Los primeros brotes fueron detectados en México y en el estado de California (EE.UU.). En seguida empezó a hablarse de “gripe mexicana” pero ante la estigmatización que el nombre de la nueva enfermedad podía suponer para aquel país (como sucedió en 1918-19 con la “gripe española” como veremos un poco más adelante) el gobierno mexicano reaccionó, razonando que ese virus podía haber tenido origen en cualquier otro sitio, y no precisamente en México, y que casos de enfermedad habían sido declarados al mismo tiempo (si no antes) en EE.UU.,  Al final se evitó el término “gripe mexicana” para pasar a denominarla “gripe porcina“, porque los primeros análsiis genéticos habían  revelado que algunos de los segmentos de ARN del virus eran de origen porcino. Sin meternos en detalles, esa información omitía que en realidad el genoma del virus H1N1 causante de la pandemia poseía una “mezcla de segmentos de origen aviar, humano y porcino” según aquellos análisis, y que el virus no había sido encontrado (aún) en cerdos, y si en humanos. Por tanto, la denominación “gripe porcina” era igualmente inexacta e injusta, además de potencialmente dañina para la industria porcina, un sector económicamente importante. Lo cierto es que el virus acabó denominandose con el aséptico nombre de  ”gripe A H1N1, cepa pandémica” (y para los medios y público en general, “gripe A” a secas). Hay que decir que “gripe A” es un nombre que abarca una enorme diversidad de virus de la gripe. Dentro de los virus de la gripe, o influenza, hay 3 grupos: A, B y C. El grupo más importante a nivel sanitario, y también más numeroso es el de la gripe A, que abarca virus aviares, porcinos, humanos, equinos y de otros mamíferos. Hay un sinfín de subtipos dentro de los virus A de la gripe, caracterizados por su composición de antígenos de superficie, que son fundamentalmente la hemaglutinina (H) y la neuraminidasa (N) Hay 16 suptipos de H y 9 de N conocidos por el momento.  De este modo, los distintos subtipos se denominan H1N1, H1N2…etc. Teóricamente se pueden formar hasta 144 subtipos serológicos de virus influenza (o gripe) A. En concreto, como ya hemos dicho, el causante de la pandemia de 2009 era H1N1. Dentro de cada subtipo serológico se da igualmente una gran heterogeneidad, pero esto es quizá largo de contar y lo podemos dejar para otro post.

Pero para nombre mal puesto el de la gripe de 1918-19:  La peor pandemia de gripe de la que tenemos noción ha pasado a la posteridad y es conocida universalmente como “gripe española” (“Spanish flu“). España fue un país afectado más en aquella terrible pandemia de gripe, pero ni fue el primero, ni el más afectado. ¿Por qué entonces tal denominación? Parece ser que la 1ª Guerra Mundial (1914-19) tuvo mucho que ver en ello. Entre las diferentes explicaciones, la más verosímil sostiene que la censura de la guerra impidió a la prensa de los países contendientes (que habían sido afectados antes que España) hablar de la enfermedad (era una información considerada “sensible” en manos del enemigo), pero como en España, que fue neutral en aquella guerra, esa censura no existió, los periódicos españoles fueron los primeros en dar cuenta de los estragos de la gripe, lo que llevó a atribuir erróneamente su origen.

El caso más kafkiano que conozco de hasta donde se puede llegar con el nombre de un virus para evitar que tome una denominación “inconveniente”  es el del “virus Sin Nombre“.  La historia de este virus y de sus sucesivas denominaciones está muy bien contada en un artículo publicado no hace mucho en la revista Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica por Antonio Tenorio y colaboradores (1). Lo que sigue es un resumen del mismo.

En 1993 hubo en Nuevo Mexico (EE.UU.), concretamente en un área conocida como “Four Corners“, porque allí confluyen 4 estados (Nuevo Mexico, Arizona, Colorado y Utah), un brote epidémico que afectó en poco tiempo a una docena de personas. Un médico rural dio la alerta y en poco tiempo se identificó al causante: un nuevo virus de la familia de los Hantavirus, nunca descrito hasta entonces. Como otros hantavirus, su hospedador natural (desde el que era transmitido al hombre) era un roedor, en este caso el “ratón ciervo” (Peromiscus maniculatus). Se cree que el desencadenante de esta “emergencia” fue una explosión demográfica de estos roedores, provocada quizás por cambios ambientales (sequía prolongada seguida de períodos de abundantes lluvias). Llegó el momento en que había que darle un nombre al virus. Se le denominó “Four Corners ” por el lugar del primer aislamiento. Pero aquí chocaron con diversos intereses: los Navajos, principales habitantes de esta zona, no aceptaron de buen grado esta denominación, pero más aún, los empresarios turísticos de la zona (no olvidemos que es una región muy visitada, no lejos del Gran Cañón del Colorado) emprendieron una batalla mediática para evitar tal denominación. Se intentó una segunda denominación: “Muerto Canyon“, por un lugar cercano al sitio de origen del primer aislamiento del virus, pero tampoco fue satisfactorio, esencialmente por lo mismo que el anterior. Hasta que en una tercera intentona, un funcionario perspicaz, no sin cierto sentido del humor, encontró que en aquella región había un pequeño poblado que desde los tiempos de la dominación española era conocido como “Sin Nombre” (así como suena, en español). El nombre propuesto contentó a todo el mundo. Desde aquel momento el primer hantavirus americano descubierto causante de un síndrome pulmonar se llama “virus Sin Nombre” (en inglés: ”Sin Nombre virus”).

Basten los ejemplos anteriores para subrayar las dificultades que actualmente conlleva la denominación de los nuevos virus emergentes. La tarea de clasificar taxonómicamente a los virus y validar sus nombres, además de resolver errores e inconsistencias en las denominaciones recae en el Comité Internacional de Taxonomía Vírica (ICTV son sus iniciales en inglés) que publica periódicamente una clasificación de los virus conocidos (www.ICTV.org).  Nos dejamos quizá para otra ocasión casos igualmente interesantes de problemas en la denominación de los virus. Dos me parecen destacables: por un lado, los virus “sinónimos” (aquellos que han recibido distintos nombres pese a acabar demostrándose que eran el mismo virus), y por otro, las traducciones de los nombres de los virus que toman como denominación un topónimo.

 

Referencias:

 

(1) Tenorio A. y cols (2009) Virus con denominación de origen: sin nombre, Nápoles, West Nile. Enferm Infecc Microbiol Clin 27(5):308-312

 

 

Etiquetas: , , , , ,
Categorias: General