La Proteómica moderna, también llamada "shotgun Proteomics" o "peptide centric Proteomics", persigue la identificación y cuantificación de proteínas en sistemas biológicos. Avances muy recientes han demostrado que la tecnología existente ya permite la cuantificación del proteoma completo de líneas celulares humanas. En un futuro cercano, podrían estudiarse de manera rutinaria todas las proteínas.