La colección tiene su origen en el material procedente del Colegio de Farmacia de San Femando de Madrid; el inventario más antiguo de los conservados está fechado en 1835. Aumentó, ligeramente, a lo largo del siglo XIX, gracias a las donaciones de alumnos y profesores vinculados a la Universidad de Madrid.

La colección conoció un desarrollo espectacular al encargarse de la Cátedra de Materia Farmacéutica Vegetal, en 1889, el doctor Juan Ramón Gómez Pamo, quien se ocupó personalmente de ella, proponiendo un nuevo sistema de organización, que es el que aún hoy se conserva. A él se debe la adquisición de nuevos materiales, comercializados por casas alemanas, en los comienzos del siglo XX.

El profesor Gómez Pamo publicó un Índice de la colección de la cátedra de Materia Farmacéutica Vegetal (Madrid, 1911); los materiales quinológicos han sido estudiados por Antonio González Bueno y Paulina Bermejo, “Una colección de quinas perteneciente a José Pavón (1754-1840)” en Acta Botánica Malacitana (1989, 14: 195-197)