El Centro de Biología Molecular se creó en 1975 como resultado de la fusión del Instituto de Biología Molecular de la Universidad Autónoma, de los Institutos de Biología del Desarrollo y Bioquímica de Macromoléculas del CSIC y  la sección de Genética del Desarrollo del CSIC. Actualmente el Centro de Biología Molecular comprende cinco áreas científicas: Biología Celular, Biología del Desarrollo, Neurobiología, Inmunología y Virología y Regulación de la Expresión Génica.

El edificio que alberga este Centro fue uno de los primeros que se construyó en el campus de la Universidad Autónoma, dentro del proyecto premiado en favor del equipo de arquitectos Borovio Ojeda y Borovio Navarro.