El Centro de Biología Molecular se creó en 1975 como resultado de la fusión del Instituto de Biología Molecular de la Universidad Autónoma, dirigido por Federico Mayor Zaragoza, de los Institutos de Biología del Desarrollo y Bioquímica de Macromoléculas del CSIC, encabezados, respectivamente, por Eladio Viñuela y David Vázquez y la sección de Genética del Desarrollo del CSIC, dirigida por Antonio García Bellido.

El Centro nació, por tanto, como un centro mixto del CSIC y la Universidad; un Acuerdo Marco y Convenio Específico de Colaboración entre ambas instituciones, firmados a lo largo de 1983 y 1984, establecieron formalmente el régimen institucional del centro.

SEVERO OCHOA CON ALBERTO SOLS

El Centro es regido por la Junta de Dirección, siendo el Director el responsable de poner en ejecución las resoluciones de la misma. Desde 1975 la dirección ha sido ejercida por diversos investigadores del Centro durante periodos de dos años. Director Honorario del Centro fue desde 1975 hasta 1993, fecha de su fallecimiento, Severo Ochoa, que aseguraba que el Centro "fue mi sueño (...) Gracias al Centro de Biología Molecular, a sus científicos y a todo su personal, ya no se puede decir que no existe investigación en España".

SEVERO OCHOA (1967)

Severo Ochoa, premio Nobel de Medicina y Fisiología en 1959 y residente en Estados Unidos, había ido anudando a lo largo de los años sesenta sus lazos con las emergentes sociedades científicas españolas y negociando con las autoridades educativas una amplia política de recuperación de científicos españoles emigrados, en la que se enmarca (con algunas demoras) la creación del Centro de Biología Molecular. A finales de 1998 el CBM contaba con una plantilla de 550 personas. De ellas, menos de la quinta parte (98) eran personal de plantilla del CSIC o la Universidad Autónoma.

125 contratados y becarios postdoctorales y más de 180 becarios predoctorales suponían una notable inversión en capital humano; respecto de ellos, el Director del Centro decía en la memoria bianual, que desarrollaban una importante labor científica, pero que era necesario mejorar sus vías de integración en el sistema de I+D español.

LABORATORIO DE QUÍMICA DE PROTEÍNAS Y PROTEÓNICA. 
ESPECTÓMETRO DE MASAS

El Centro cuenta, además, con un nutrido grupo especializado (150 personas) de Personal de Apoyo a la Investigación.

Este último colectivo se ha visto consolidado con el establecimiento de nuevos servicios y la adquisición de nuevos equipos: el establecimiento de un equipo de Citometría de Flujo, de Química de las Proteínas, de Servicios de Microscopía Óptica y Confocal o Secuenciación de ADN.