En su seno tuvieron cabida las investigaciones antropológicas y etnográficas desarrolladas entre otros por Manuel Antón y Francisco de las Barras de Aragón. a quién se debe unas completas Notas para un curso de Antropología (Madrid, 1927).

El Museo había recogido parte de los fondos antropológicos recopilados, en el siglo XIX, por la Expedición al Pacífico y los materiales utilizados para la Exposición sobre Filipinas, que tuvo lugar en el Retiro de Madrid.

En estas instalaciones encontraron acomodo otras dependencias orgánicamente vinculadas a la Junta, como el Laboratorio de Investigaciones Biológicas de Santiago Ramón y Cajal.

El edificio –que arrastraba deficiencias desde su construcción- acumuló a lo largo del siglo XX infinidad de desperfectos y pequeñas reparaciones hasta su definitiva rehabilitación a lo largo de la década de 1940, convertido ya en Museo Nacional de Antropología.