Desde los tiempos de Felipe II, la calle de Atocha había sido el eje hospitalario de Madrid. Los distintos conventos dedicados a cuidar la salud de sus hermanos cristianos habían elegido Atocha por ser una zona alejada del corazón de la ciudad, con lo que se evitaban peligros de contagio, y debido a la orientación sudeste de la ladera quedaba protegida de los fríos vientos del Noroeste, provenientes de las sierras del Guadarrama.

El edificio del Real Colegio de Medicina nació sobre las ruinas del antiguo Hospital de la Pasión, como sede de un moderno centro de enseñanza médica.

El primer proyecto que se conserva para este Real Colegio de Medicina es de F. Sabatini, fechado el 1 de enero de 1786; estaba inspirado en la Escuela de Cirugía de París, de Jacques Gondoin, con su conocido hemiciclo clasicista, que sería copiado en toda Europa como modelo de Aula Magna para cualquier institución académica e incluso en nuestras propias Cortes.

PROYECTO DE SABATINI, 1786

Pasaría medio siglo hasta que, el 12 de mayo de 1831, el rey Fernando VII concediese la venia definitiva para la construcción del Real Colegio en el Hospital de la Pasión, completando la manzana hasta la calle de Santa Isabel.

PROYECTO DE ISIDRO GONZÁLEZ VELÁZQUEZ, 1834

El rey encargó el proyecto al único arquitecto de valía de su reinado, Isidro González Velázquez; la traza del nuevo edificio se resolvió con un bello hemiciclo exento en el centro del patio, idea que no fue mantenida por Tiburcio Pérez Cuervo, su sucesor en la obra, que lo llevaría a su definitivo emplazamiento, en el fondo meridional del patio.

PROYECTO DEFINITIVO DE TIBURCIO PÉREZ CUERVO (1836)

De todo el conjunto construido la pieza más importante es el mencionado hemiciclo, que se ornamentó con profusa decoración y valiosas pinturas. Este anfiteatro anatómico de la medicina española del siglo XIX se convirtió en el espacio central de la nueva forma de entender la enseñanza de la Medicina.

En 1924 al hacerse patente la inadecuación de los distintos edificios universitarios existentes en Madrid, el rey Alfonso XIII impulsa el arranque de lo que sería la obra de su reinado: la nueva Ciudad Universitaria. Para ello se crea la Junta de la Ciudad Universitaria, bajo la dirección de los arquitectos Candecho y López Otero.

El curriculum de Modesto López Otero, desde su titulación en la Escuela de Madrid en 1910 -a los 25 años- hasta su elección como arquitecto director de las obras de la Ciudad Universitaria, era de una enorme densidad y contenido; poseía gran cantidad de medallas y premios en concursos de arquitectura a nivel internacional, fue pensionado en Viena (1911), a propuesta de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, catedrático por oposición de la Escuela Superior de Arquitectura de Madrid y miembro de número de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.

En 1927 se materializa la propuesta de realizar un viaje de estudios, por parte de los miembros de la Junta de la Ciudad Universitaria, con el fin de conocer los nuevos campus universitarios de Europa y EE.UU. Este hecho amplió y enriqueció notablemente la configuración de la Ciudad Universitaria y de sus edificios, al cambiar radicalmente el concepto manejado hasta el momento.

En el primer grupo de construcciones "necesarias" con que se arrancó se incluyeron las facultades de Medicina, Farmacia y Ciencias, el Hospital Clínico, Facultades de Filosofía y Letras y Derecho, la gran Biblioteca Universitaria, Residencias de estudiantes y profesorado y la zona de deportes.

Las directrices de diseño de los edificios, según comentario del propio López Otero, planteaban que la nueva arquitectura sería la arquitectura del futuro, lanzándose desde el primer edificio hacia un moderado racionalismo; se utilizaron materiales de tradición madrileña, como el ladrillo, la piedra blanca y el granito. Pero, dado que aquel novedoso estilo no fue aceptado por la Junta supervisora, tuvieron que hacer concesiones de parca adaptación neoclásica a las construcciones del grupo médico y a la Escuela de Arquitectura, reduciendo los elementos arquitectónicos a la máxima simplicidad, dando valor a las superficies continuas y "eludiendo toda ornamentación, o sea, acercándonos a los principios de la nueva arquitectura, aunque ésta no pudiera desenvolverse en toda su pujanza".

El nuevo edificio de la Facultad de Medicina de la Ciudad Universitaria forma una compacta unidad urbanística con la Escuela de Odontología y la Facultad de Farmacia. Las dos primeras son obra de Miguel de los Santos mientras que la tercera fue diseñada por Agustín Aguirre, el arquitecto de las Facultades de Filosofía y Derecho.

La fachada tiene una longitud de 240 m, lo que nos da idea de las grandes proporciones con que fue concebida desde un principio. En la parte posterior se situó la Biblioteca y el Paraninfo, con capacidad para 1500 personas.

Constructivamente, el edificio tiene estructura de hormigón y fachadas de ladrillo visto agrupado en ocho cuerpos, donde fueron instalados los institutos de Anatomía, Histología y Anatomía Patológica, Patología experimental, Fisiología, Farmacología, Comprobación, Higiene y Microbiología, Parasitología y Escuela Nacional de Sanidad.