A mediados del siglo XIX se produce una nueva reorganización de los estudios de Medicina por la que se suprimen los "Colegios de Prácticos" y se crean cinco facultades de Medicina en Madrid, Barcelona, Cádiz, Santiago y Valencia; la de Madrid, establecida sobre las ruinas del antiguo Hospital de la Pasión, se integraría ese mismo año en la nueva Universidad Central.

La vieja Facultad de Medicina de San Carlos, ubicada junto al antiguo Hospital General, hoy día Museo de Arte Reina Sofía, fue clausurada en 1965. En la actualidad, la Facultad de Medicina está localizada en la Ciudad Universitaria, en uno de los edificios emblemáticos de este vasto recinto.