El Hospital del Niño Jesús tiene su origen en una Real Orden de Alfonso XII, por la que se autoriza, a la recién creada Asociación Nacional para la Fundación y Sostenimiento de Hospitales de Niños en España, la organización para el establecimiento de hospitales de niños en Madrid y otras zonas del territorio peninsular. El Hospital del Niño Jesús fue, en cierto modo, la cuna de la especialidad pediátrica en España.

Comenzó su andadura en 1877, en un edificio situado en la calle del Laurel. Allí permaneció hasta 1881, año en el que quedaría inaugurado el edificio actual, en el número 65 de la Avenida Menéndez y Pelayo; las obras comenzaron dos años antes, bajo la dirección del arquitecto Francisco Jareño y Alarcón.