La creación de esta Universidad se enmarca dentro del ambicioso proyecto de reforma educativa emprendido por el ministro de Educación, José Luis Villar Palasí, tras su llegada al cargo en 1969. Nace con el propósito de acabar con la masificación de alumnos en las aulas; en parte, debido al complicado período de conflictividad académica y de agitaciones estudiantiles que se vivía en nuestro país.

Superados los concursos y los anteproyectos presentados ante las autoridades, se inició la construcción del campus de "Cantoblanco". En 1971 es inaugurada la nueva Ciudad Universitaria y, también a partir de entonces, la Universidad Autónoma se convierte en el segundo distrito universitario de Madrid.