La creación de esta Universidad se enmarca dentro del ambicioso proyecto de reforma educativa emprendido por el ministro de Educación, José Luis Villar Palasí, tras su llegada al cargo en 1969. Nace, en el mismo momento que las nuevas universidades de Barcelona y Bilbao, con el propósito de acabar con la masificación de alumnos en las aulas; en parte, debido al complicado período de conflictividad académica y de agitaciones estudiantiles que se vivía en nuestro país, fenómeno que se agravaba, como se había demostrado en la Universidad Complutense, a medida que crecía el número de manifestantes implicados en las revueltas.

EDIFICIOS DE FACULTADES

Pero también influyeron en su creación otros factores, ligados al interés de los gobernantes por renovar la vida universitaria, entre los que hemos de destacar la búsqueda de la autonomía universitaria, la elaboración de nuevos y más modernos planes de estudio, la introducción de nuevos mecanismos para la contratación de profesorado, la colaboración con el Consejo Superior de Investigaciones Científicas a través de la incorporación de algunos de sus más renombrados investigadores y el intento por recuperar, para la universidad española, a algunos de nuestros científicos más prestigiosos que, por aquel entonces, trabajaban en el extranjero, como Ochoa, Grande Covián, Cabrera o Rodríguez Delgado.

CONSTRUCCIÓN DEL CENTRO NACIONAL 
DE BIOTECNOLOGÍA (1986)

La Universidad Autónoma que, en un principio funcionó asociada a la Universidad Complutense, como banco de pruebas para la futura Ley General de Educación, inició su andadura con cinco Facultades: Ciencias, Ciencias Políticas, Económicas y Comerciales, Derecho, Filosofía y Letras y Medicina.

Las enseñanzas comenzaron en 1968 con unos mil quinientos alumnos, en edificios del centro de Madrid (antigua sede de la Escuela de Ingenieros de Caminos, en la calle Alfonso XII, y Pabellón del Instituto Nacional de Industria, en la Casa de Campo) y, poco después, en la Ciudad Sanitaria La Paz.

JOSÉ LUIS VILLAR PALASÍ

La organización docente e investigadora se llevaba a cabo en Departamentos e Institutos, mientras que la administración y coordinación quedaba en las Facultades, Escuelas y Colegios Universitarios. La enseñanza estaba dividida en tres ciclos, cada uno de ellos con su titulación específica; la docencia y especialización del tercer ciclo también podía desarrollarse en centros del CSIC.