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Desde el momento de su creación el Grupo de Contaminantes Orgánicos Persistentes se ha embarcado en la participación en diferentes proyectos de I+D+I, tanto nacionales como internacionales, en convenios de colaboración con diferentes entidades, tanto públicas como privadas y ha establecido vínculos con las universidades y centros de investigación de manera que se han llevado a cabo actividades de formación de investigadores y estudiantes universitarios.
En 1998 se crea en el CIEMAT el proyecto denominado "Estudio y Caracterización de Compuestos Orgánicos Persistentes", cuyo objetivo principal fue abordar tanto la urgente necesidad de alcanzar conocimiento a nivel nacional de la situación de este tipo de contaminantes en España, como establecer herramientas analíticas alternativas a las convencionales, caras y poco accesibles. Simultáneamente, el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, a la vista de las iniciativas internacionales sobre COPs y conocedor de la experiencia adquirida en el CIEMAT en caracterización de subproductos orgánicos y de los procesos de generación de los mismos, propone la firma de un convenio de colaboración en el que se designa al CIEMAT como responsable de la elaboración del Inventario Nacional de dioxinas. En la actualidad la elaboración de este Inventario Nacional se ha prorrogado a través de una Encomienda de Gestión que además incluye PCBs, HCB, PAHs y PM10. En dicha Encomienda de Gestión participan además del Grupo de Contaminantes Orgánicos del CIEMAT, el Grupo de Emisiones Industriales del CIEMAT y el Laboratorio de Dioxinas del IDAEA-CSIC.
Debido a la presencia en el medio ambiente de nuevos contaminantes con características muy similares a los COPs, en 2003 el Grupo abrió una nueva línea de investigación cuyo objetivo principal es el estudio de retardantes de llama bromados. Dentro de ella se han desarrollado distintos trabajos. En 2004 se firma un convenio con la OCU para la determinación del contenido de retardantes bromados en polvo doméstico procedente de cuatro países europeos. En 2006 se inicia un proyecto de investigación en el que participan tanto empresas privadas como organismos públicos de investigación, con el objetivo de alcanzar la gestión sostenible de residuos industriales y domésticos que contienen sustancias persistentes, bioacumulables y tóxicas, y otros contaminantes prioritarios. Paralelamente se procede al desarrollo de soluciones para su caracterización, evaluación, reciclado y eliminación. Ese mismo año se firma un convenio con el CEH-CEDEX en el que grupo de investigación es el responsable de la determinación de compuestos orgánicos persistentes, concretamente dioxinas, furanos y PBDEs, en los lodos procedentes de estaciones depuradoras de aguas residuales urbanas.
En el año 2007 el CIEMAT fue designado junto con Instituto de Química Orgánica del CSIC para la vigilancia de COPs y otras sustancias en algunas matrices medioambientales y biológicas y zonas de interés. También en 2007 se inicia un proyecto de investigación financiado por el Ministerio de Ciencia e Innovación cuya meta final es el desarrollo de una metodología adecuada para la determinación del contenido sustancias químicas perfluoradas en el medio ambiente.
El Grupo cuenta con una gran infraestructura experimental, específica para todo tipo COPs y sustancias similares, que utiliza para incrementar las capacidades nacionales. El laboratorio forma parte de la red de laboratorios de la UNEP, especializados en COPs y desde el año 2006 pertenece a la Red de Laboratorios de la Comunidad de Madrid con número de registro 193. En la actualidad la Red de Laboratorios de la Comunidad de Madrid cuenta con más de 230 laboratorios de los cuales más del 40% gozan de unas acreditaciones o certificaciones emitidas por entidades competentes que reconocen la calidad del trabajo realizado por los científicos de la Comunidad de Madrid.
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