Para los trabajos de investigación realizados por Julio Palacios, Blas Cabrera, Miguel Catalán y otros importantes cientificos españoles miembros del Laboratorio de Física y Química de la JAE, resulta imprescindible el conocimiento de la estructura del átomo. En esta actividad se pretende realizar un recorrido por los diferentes modelos atómicos con los que a lo largo de la historia se ha intentado explicar el comportamiento de la materia. Desde el átomo de Dalton y Avogadro hasta el de Bohr, pasando por los modelos de Thomson y Rutherdord.

El visitante podrá realizar una ruta por distintos modelos atómicos. La primera parada será en el modelo atómico propuesto por Dalton y Avogadro donde manipulará esferas tamaños y colores diferentes. Continuará por Thomson, quien tras el descubirmietno de partículas de inferior tamaño al de los átomos, propuso un modelo que describió como un "puding de frutas" y que podrá visualizarse gracias a la elaboración de una madalena (masa positiva) con pepitas de chocolate (partículas negativas). A continuación bombardeará una maqueta de un átomo simulando el experimento de Rutherford, llegando, como él, a la conclusión de que el átomo está muy hueco. Finalmente, el modelo de capas de Bohr, permitirá al visitante adentrarse en el mundo de los espectros de absorción con lo que podrá iniciar la actividad 2: En busca del espectro.