El sistema público de I+D está formado por instituciones de titularidad pública que generan conocimiento mediante actividades de I+D y tienen como una de sus actividades fundamentales la investigación básica. Los principales agentes del Sistema Público de I+D son las Universidades y los Centros de Investigación dependientes de la Administración.

En la Comunidad de Madrid hay 14 Universidades, 7 públicas y 7 privadas, y un elevado número de Centros e Institutos dependientes de diversos organismos de la Administración. Aunque todas estas entidades tienen como uno de sus principales objetivos la investigación básica también prestan o pueden prestar servicio a las empresas realizando investigación aplicada como, por ejemplo, proyectos de I+D bajo demanda hasta asesorías tecnológicas o ensayos de laboratorio. A este respecto, recogemos, a continuación, algunos datos sobre Gastos en I+D y personal investigador del sector público en la CM; Recursos para I+D por áreas científicas de las Universidades de la CM y Patentes generadas por el Sistema Público de I+D de la CM (para más información consultar el "Documento para el debate sobre el Sistema de Innovación de la Comunidad de Madrid" -Libro Verde- publicado por Cotec y la Comunidad de Madrid).