Debido al sistema actual de financiación de los proyectos del Programa Marco basándose en los costes reales, las empresas españolas por realizar igual trabajo que sus homólogas europeas cobran como media un 22% menos.
 
A pesar de que los proyectos grandes sólo suponen el 0,5% de los aprobados, la Comisión propone que sean la norma de participación en todas las áreas prioritarias del VI Programa Marco. Esta medida cuenta con una gran oposición por parte de la mayoría de los países. Sólo en determinadas ocasiones (cohesión previa de los grupos como el caso de Airbus o proyectos de normalización) se justifica la existencia de los proyectos de alto presupuesto, con el inconveniente de que si son únicos se elimina la ventaja que supone el que exista competencia.
 
El rol de las entidades españolas mejora significativamente cuando los proyectos son de pequeño y mediano tamaño.

En los proyectos grandes hay participantes de nuestro país pero en tareas marginales.
 
El papel de las PYMES españolas en los proyectos europeos es esencial, tanto por su capacidad de liderazgo como por los resultados que obtienen. Su papel peligra con la propuesta de la Comisión de primar con exclusividad los proyectos de gran presupuesto, pues sería muy difícil que una PYME de cualquier país pudiera desarrollar una idea propia.

Por otra parte, la actividad CRAFT resulta imprescindible que continúe y se extienda a todas las prioridades del VI Programa Marco pues resulta muy útil para todas aquellas PYMES sin capacidad tecnológica que de esta forma pueden contratar con otras entidades trabajos de investigación y adaptación de tecnologías.