{"id":115783,"date":"2009-04-03T11:30:00","date_gmt":"2009-04-03T11:30:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/biocienciatecnologia\/archive\/2009\/04\/03\/115783.aspx"},"modified":"2009-04-03T11:30:00","modified_gmt":"2009-04-03T11:30:00","slug":"la-secuenciacion-a-gran-escala-una-carrera-sin-limite-a-la-vista","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/2009\/04\/03\/115783","title":{"rendered":"La Secuenciaci\u00f3n a Gran Escala &#8211; Una carrera sin l\u00edmite a la vista&#8230;"},"content":{"rendered":"<p><P align=justify><SPAN style=\"FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: ES; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES; mso-bidi-language: AR-SA\">Como Bi\u00f3logo Molecular, no deja de sorprenderme la carrera en la que se han embarcado investigadores y empresas a la hora de ofrecer y abaratar procesos como el de la <A href=\"http:\/\/genome.cshlp.org\/content\/18\/6\/839.full.pdf+html\"><FONT color=#800080>secuenciaci\u00f3n de muestras de ADN a gran escala<\/FONT><\/A>. No s\u00f3lo genomas de individuos concretos (<A href=\"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/biocienciatecnologia\/archive\/2008\/11\/07\/106123.aspx\"><FONT color=#800080>el humano entre otros<\/FONT><\/A>) sino mezcla de cientos o miles de genomas distintos \u2013 Proyectos de Metagen\u00f3mica&#8230;<\/SPAN><\/P><!--more--><P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify>La mejora de estas nuevas plataformas de secuenciaci\u00f3n, no es s\u00f3lo en el aumento de la informaci\u00f3n en cada <I style=\"mso-bidi-font-style: normal\">run<\/I> (puesta en funcionamiento de cada m\u00e1quina) &#8211; desde las 100 Mb (100 millones de bases en lecturas) del <A href=\"http:\/\/www.454.com\/\"><FONT color=#800080>secuenciador 454<\/FONT><\/A> hasta las 4 Gbp (4000 millones de bases) del <A href=\"http:\/\/www.cd-genomics.com\/gene\/sequence.htm?gclid=CIqji-KN1ZkCFUqS3wodTVMzWQ\"><FONT color=#800080>sistema ABI SOLID<\/FONT><\/A> \u2013 sino en el desarrollo de herramientas bioinform\u00e1ticas que permiten interpretar, cerrar y extraer la informaci\u00f3n de esta tremenda cantidad de datos. Este nuevo \u201csoftware\u201d se ha desarrollado para mejorar el \u201ccuello de botella\u201d de los nuevos secuenciadores que no era otro que la longitud de las secuencias ofertadas. Sin embargo esta longitud ha ido creciendo; as\u00ed la plataforma 454, comenz\u00f3 con lecturas de 100 bases (b) y en la actualidad <A href=\"http:\/\/www.454.com\/\"><FONT color=#800080>ofertan hasta 400 b<\/FONT><\/A> y las SOLID han pasado de las 35b a las 50b. Todav\u00eda quedan lejos de la longitud de los <A href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Secuenciaci%C3%B3n_de_ADN\"><FONT color=#800080>secuenciadores SANGER<\/FONT><\/A>, alrededor de las 700-900b fiables dependiendo del pol\u00edmero y capilar. Aunque como compensaci\u00f3n de unas lecturas cortas, la cantidad de datos aportados en las nuevas plataformas era muy superior a los secuenciadores del m\u00e9todo SANGER.<\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify><?xml:namespace prefix = o ns = \"urn:schemas-microsoft-com:office:office\" \/><o:p>&nbsp;<\/o:p><\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify>La \u00faltima sorpresa en esta <I style=\"mso-bidi-font-style: normal\">carrera<\/I>, es algo que sospechaba que no tardar\u00eda en suceder. Mientras que para las plataformas SANGER, la longitud de lectura depend\u00eda de una electroforesis, y por tanto de la limitada capacidad de discriminaci\u00f3n en tama\u00f1o observada en el capilar: de hasta unos 800-900 b; las nuevas plataformas se basan en una detecci\u00f3n directa de la polimerizaci\u00f3n llevada a cabo sobre un molde fijado generalmente a un soporte s\u00f3lido. Al no haber un l\u00edmite \u201ca priori\u201d en esta polimerizaci\u00f3n, el margen de mejora en la t\u00e9cnica en la longitud de la lectura parec\u00eda prometedor. <\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify><o:p>&nbsp;<\/o:p><\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify>Este \u00faltimo salto (probablemente no ser\u00e1 el \u00faltimo) se ha dado en la empresa <A href=\"http:\/\/www.pacificbiosciences.com\/index.php\"><FONT color=#800080>Pacific Biosciences<\/FONT><\/A>: ha desarrollado una plataforma (m\u00e1quina) que permite secuenciar a nivel molecular con lecturas \u00fanicas de hasta 4000 b (y subiendo). \u00a1Una \u00fanica lectura de 4 kb multiplicada a nivel <A href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Nanotecnolog%C3%ADa\"><FONT color=#800080>nanotecnol\u00f3gico<\/FONT><\/A>! La <A href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/ADN_polimerasa\"><FONT color=#800080>polimerasa<\/FONT><\/A> usada, por cierto, es <?xml:namespace prefix = st1 ns = \"urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags\" \/><st1:PersonName w:st=\"on\" ProductID=\"la DNA Polimerasa\">la DNA Polimerasa<\/st1:PersonName> del <A href=\"http:\/\/biblioteca.universia.net\/searchAutor.do?q=Salas%2C+Margarita&amp;start=30\"><FONT color=#800080>fago fi-29<\/FONT><\/A> (<A href=\"http:\/\/www.wipo.int\/pctdb\/en\/fetch.jsp?LANG=ENG&amp;DBSELECT=PCT&amp;SERVER_TYPE=19-10&amp;SORT=41257386-KEY&amp;TYPE_FIELD=256&amp;IDB=0&amp;IDOC=981586&amp;C=10&amp;ELEMENT_SET=B&amp;RESULT=2&amp;TOTAL=2&amp;START=1&amp;DISP=25&amp;FORM=SEP-0\/HITNUM,B-ENG,DP,MC,AN,PA,ABSUM-ENG&amp;SEARCH_IA=US1990001631&amp;QUERY=%28IN%2fSalas+AND+IN%2fMargarita%29+\"><FONT color=#800080>Patente conocida<\/FONT><\/A>).<\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify><o:p>&nbsp;<\/o:p><\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify>El salto cualitativo y cuantitativo a la hora de abordar proyectos de secuenciaci\u00f3n gen\u00f3mica es de v\u00e9rtigo. El sistema ha sido recientemente publicado en <I style=\"mso-bidi-font-style: normal\"><A href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/pubmed\/19023044?ordinalpos=&amp;itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.SmartSearch&amp;log$=citationsensor\"><FONT color=#800080>Science<\/FONT><\/A> <\/I>y creo que comienza una nueva carrera en los nuevos secuenciadores. Sospecho que en breve, el cuello de botella no va a estar en la obtenci\u00f3n de datos sino en qu\u00e9 hacemos con ellos: la Bioinform\u00e1tica. <\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify><o:p>&nbsp;<\/o:p><\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify>Estaremos atentos\u2026<\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify><o:p>&nbsp;<\/o:p><\/P>  <P class=MsoNormal style=\"MARGIN: 0cm 0cm 0pt; LINE-HEIGHT: 150%; TEXT-ALIGN: justify\" align=justify>Francisco Mart\u00ednez-Abarca<\/P>  <P align=justify><SPAN style=\"FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: ES; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES; mso-bidi-language: AR-SA\"><A href=\"http:\/\/www.eez.csic.es\/\"><FONT color=#800080>EEZ-CSIC<\/FONT><\/A><\/SPAN><\/P><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Como Bi\u00f3logo Molecular, no deja de sorprenderme la carrera en la que se han embarcado investigadores y empresas a la hora de ofrecer y abaratar procesos como el de la secuenciaci\u00f3n de muestras de ADN a gran escala. No s\u00f3lo genomas de individuos concretos (el humano entre otros) sino mezcla de cientos o miles de genomas distintos \u2013 Proyectos de Metagen\u00f3mica&#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":36,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[539],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/115783"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/users\/36"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=115783"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/115783\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=115783"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=115783"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/biocienciatecnologia\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=115783"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}