Hace tiempo que llevo d\u00e1ndole vueltas a la cabeza acerca de cu\u00e1l es el mejor sistema operativo para hacer bioinform\u00e1tica (aqu\u00ed se me nota que estudi\u00e9 Ingenier\u00eda Inform\u00e1tica). Y si os soy sincero, lo \u00fanico que he sacado en claro es que no es Windows \ud83d\ude42 \u00c9ste es el primero de una serie de art\u00edculos sobre sistemas operativos y bioinform\u00e1tica, e intentar\u00e9 mencionar los sistemas m\u00e1s representativos.<\/p>\n
Much@s de nosotr@s estamos usando distribuciones Linux (Debian<\/a>\/Ubuntu<\/a>\/etc, RedHat<\/a>\/Fedora<\/a>, SuSE<\/a>\/OpenSuSE<\/a>, Madrake\/Mandriva<\/a>, Gentoo<\/a>, etc…), Unix (FreeBSD<\/a>, Solaris<\/a>\/OpenSolaris<\/a>, IRIX<\/a>, Tru64<\/a>, HP\/UX<\/a>, AIX<\/a>, …), Mac OS X<\/a>, \u00a1o incluso Windows<\/a>! Y tod@s nosotr@s, en mayor o menor medida hemos sufrido con los siguientes problemas: Hace un par de a\u00f1os estaba ya totalmente harto de compilar, por todo el tiempo que perd\u00eda buscando qu\u00e9 ten\u00eda que instalar, probando, etc… Adem\u00e1s, tambi\u00e9n estaba harto de que cada vez que actualizaba el sistema operativo, pudieran surgir problemas entre lo que compil\u00e9 y lo que se ha actualizado. En ese momento pens\u00e9 en usar alg\u00fan sistema operativo con actualizaciones continuas, como alguna variante de Debian Linux, FreeBSD o Gentoo Linux (\u00e9stos dos \u00faltimos para los radicales entre los radicales). Por curiosidad, me puse a ver qu\u00e9 paquetes hab\u00eda disponibles en Gentoo, y qued\u00e9 gratamente sorprendido al encontrar muchos relacionados con la bioinform\u00e1tica. Si mirais en: <\/p>\n vereis lo que hay disponible de serie para la biolog\u00eda\/bioinform\u00e1tica. Aunque Gentoo Linux es una de las distribuciones m\u00e1s complicadas (todo paquete lo compila el sistema antes de ser instalado), me volv\u00ed un radical entre los radicales al ver que buena parte del trabajo ya lo ten\u00eda hecho, \u00a1dado que es el sistema y no yo quien tiene que compilar! \u00bfAlguno de vosotros ha intentado alguna vez instalar molmol<\/a>? \u00a1Es una pesadilla hacerlo a mano! \u00bfY mantener al d\u00eda BioPerl o mySQL? Seguro que s\u00ed.<\/p>\n Todos los sistemas operativos disponen en mayor o menor medida de un sistema de gesti\u00f3n de paquetes. Casi todos los paquetes disponibles est\u00e1n en formato binario: los programas ya est\u00e1n compilados, y el sistema de paquetes tiene que plantar los ficheros y poco m\u00e1s. Una opci\u00f3n no tan conocida (disponible en casi todas las distribuciones Linux) es la posibilidad de usar paquetes-fuente: s\u00f3lo contienen las instrucciones de compilaci\u00f3n.<\/p>\n Tanto Gentoo Linux como FreeBSD optan por esta alternativa, para preparar los paquetes ‘a medida’ del sistema que tenemos. El gran inconveniente de este m\u00e9todo es el tiempo que pierde el sistema compilando los programas y librer\u00edas. \u00a1Imaginaos cu\u00e1nto tiempo puede llevar instalar un sistema completo, con todas las herramientas, programas y librer\u00edas! \u00a1Alrededor de una semana! Sin embargo, una vez hecho esto os puedo asegurar que R, BioPerl, NCBI Blast, ClustalW, etc… van a funcionar mejor de lo que pensais.<\/p>\n Por tanto, si sois radicales hasta la m\u00e9dula, buscais rendimiento y teneis un buen ordenador, os recomiendo Gentoo para la Bioinform\u00e1tica. Si no, tendreis que esperar a los siguientes art\u00edculos, el primero sobre Bio-Linux (salvo que convenza a un colega amante de Debian de que escriba algo). <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Hace tiempo que llevo d\u00e1ndole vueltas a la cabeza acerca de cu\u00e1l es el mejor sistema operativo para hacer bioinform\u00e1tica (aqu\u00ed se me nota que estudi\u00e9 Ingenier\u00eda Inform\u00e1tica). Y si os soy sincero, lo \u00fanico que he sacado en claro es que no es Windows \ud83d\ude42 \u00c9ste es el primero de una serie de art\u00edculos sobre sistemas operativos y bioinform\u00e1tica, e intentar\u00e9 mencionar los sistemas m\u00e1s representativos. 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