{"id":105657,"date":"2008-11-02T15:42:00","date_gmt":"2008-11-02T15:42:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2008\/11\/02\/105657.aspx"},"modified":"2008-11-02T15:42:00","modified_gmt":"2008-11-02T15:42:00","slug":"cuando-la-bioinformatica-se-quiere-volver-semantica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2008\/11\/02\/105657","title":{"rendered":"Cuando la bioinform\u00e1tica se quiere volver \u00absem\u00e1ntica\u00bb"},"content":{"rendered":"

Hace tiempo apareci\u00f3 en una de las listas de correo electr\u00f3nico<\/a> de BioMOBY<\/a> una hebra de mensajes denominada \u00abA request: in preparation for MOBY Annotation Jamboree<\/a>\u00ab<\/i>. Esta hebra b\u00e1sicamente trataba sobre un experimento online<\/i> que se est\u00e1 realizando estos d\u00edas, y que consiste en parte en anotar servicios bioinform\u00e1ticos en MOBY. A d\u00eda de hoy, los recursos bioinform\u00e1ticos disponibles por la web son muy heterog\u00e9neos y ca\u00f3ticos, tal como ocurre con las bases de datos biol\u00f3gicas y bioinform\u00e1ticas.<\/p>\n

Por ello, \u00bfpara qu\u00e9 sirve el MOBY Annotation Jamboree, este experimento online<\/i><\/a>? Es una prueba piloto de la utilidad del conocimiento o informaci\u00f3n sem\u00e1ntica no anotados sobre los recursos bioinform\u00e1ticos que hay registrados en BioMOBY (que es menos ca\u00f3tico que el caso general), y cuyas conclusiones con suerte se podr\u00e1n extrapolar al resto de recursos bioinform\u00e1ticos accesibles por red. Ese conocimiento no anotado tiene que ver con la sem\u00e1ntica, aplicada en las distintas fases de uso de un recurso web: entradas, salidas, qu\u00e9 hace el servicio, qu\u00e9 usa el servicio, etc… y puede significar que un an\u00e1lisis automatizado que use varios servicios tenga sentido o sus resultados sean una quimera.<\/p>\n

Muchos servicios web asociados a proyectos concretos no son usables con cualquier entrada compatible, sino con informaci\u00f3n relacionada con el \u00e1rea de conocimiento de esos proyectos. Por ejemplo, si tenemos un servicio web nacido de un proyecto relacionado con leguminosas, lo m\u00e1s probable es que proporcione informaci\u00f3n sobre leguminosas. Y si esa salida se usa para alimentar un segundo servicio web que espera como entrada informaci\u00f3n de ratones, aunque a nivel sint\u00e1ctico sean compatibles, a nivel sem\u00e1ntico no tiene por qu\u00e9.<\/p>\n

Buscando s\u00edmiles del bricolaje, es como un tornillo, un clavo y un martillo. Con elmartillo puedes clavar tornillos y clavos, pero obtienes mejoresresultados si clavas los clavos que los tornillos. O bien los distintostipos de pegamentos, que en algunos usos casi cualquiera servir\u00e1,mientras que en otros es mejor ir al pegamento espec\u00edfico de cada uso.Por ejemplo, es como un tornillo, un clavo y un martillo. Con elmartillo puedes clavar tornillos y clavos, pero obtienes mejoresresultados si clavas los clavos que los tornillos. O bien los distintostipos de pegamentos, que en algunos usos casi cualquiera servir\u00e1,mientras que en otros es mejor ir al pegamento espec\u00edfico de cada uso.
Volviendo al origen del mensaje, hace un par de semanas comenz\u00f3 elexperimento, y todav\u00eda seguir\u00e1 en marcha hasta el 10 de Noviembre. Porexperiencia personal os puedo contar que es algo tedioso participar eneste experimento, porque en ese momento te das cuenta c\u00f3mo de bien (ode mal) documentados est\u00e1n los servicios web; c\u00f3mo de f\u00e1cil o dif\u00edciles comprender su funcionamiento a partir de las entradas, salidas ynombre; y cu\u00e1nta informaci\u00f3n adicional hay sobre ellos en otras partes.Usar un servicio web como una caja negra es sencillo, pero si no sabeisqu\u00e9 podeis esperar de esa caja negra, lo mismo os estais autoenga\u00f1andosobre qu\u00e9 responde.<\/p>\n

Y por \u00faltimo, otra llamada a la participaci\u00f3n en el MOBY Annotation Jamboree!<\/a> que lleg\u00f3 hoy mismo:<\/p>\n

Hi everyone,<\/p>\n

 First, thanks to those of you who have contributed to the firstphase of the jamboree!  Things are going well so far, but we are stillin need of a few more volunteers.  The deadline for participating inphase one is now set for November 10, so there is still time.  If youhaven’t done so already, please do go to<\/p>\n

http:\/\/www.entitydescriber.org\/ed\/mobyjamboreelogin.html<\/a><\/p>\n

and follow the instructions there to participate.<\/p>\n

Here are a few reasons why you might want to spend some time with this:<\/p>\n

1) you can help improve the annotation and thus the utility of biomoby services
2) you can contribute data that will help to inform the design offuture interfaces for annotating and interacting with semantic webservices
3) you can earn yourself $20 in Amazon gift certificates (if youare among the first 10 to finish annotating your services).  We haveonly had 4 people complete this phase so far, so there are still 6remaining to give out.<\/p>\n

best regards
-Ben<\/p>\n

p.s.  Please use firefox and one of the openid providers suggestedon the login page.  It does work in other browsers and with otherproviders sometimes, but we can’t guarantee it at this point(definitely does not work in IE or Chrome).  Also, to claim your awardwhen you finish, please send me an email (as we aren’t collecting emailaddresses in the login process).
_______________________________________________
moby-l mailing list
moby-l@lists.open-bio.org<\/a>
http:\/\/lists.open-bio.org\/mailman\/listinfo\/moby-l<\/a><\/p>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Hace tiempo apareci\u00f3 en una de las listas de correo electr\u00f3nico de BioMOBY una hebra de mensajes denominada \u00abA request: in preparation for MOBY Annotation Jamboree\u00ab. Esta hebra b\u00e1sicamente trataba sobre un experimento online que se est\u00e1 realizando estos d\u00edas, y que consiste en parte en anotar servicios bioinform\u00e1ticos en MOBY. A d\u00eda de hoy, los recursos bioinform\u00e1ticos disponibles por la web son muy heterog\u00e9neos y ca\u00f3ticos, tal como ocurre con las bases de datos biol\u00f3gicas y bioinform\u00e1ticas. Por ello, \u00bfpara qu\u00e9 sirve el MOBY Annotation Jamboree, este experimento online? Es una prueba piloto de la utilidad del conocimiento o\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[31,189],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/105657"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=105657"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/105657\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=105657"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=105657"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=105657"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}