{"id":121455,"date":"2009-07-08T19:04:00","date_gmt":"2009-07-08T19:04:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2009\/07\/08\/121455.aspx"},"modified":"2009-07-08T19:04:00","modified_gmt":"2009-07-08T19:04:00","slug":"hardware-necesario-para-trabajar-en-bioinformatica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2009\/07\/08\/121455","title":{"rendered":"Hardware necesario para trabajar en bioinform\u00e1tica"},"content":{"rendered":"<p>Hace unos d\u00edas me lleg\u00f3 por el sistema de contacto de los blogs el siguiente mensaje de David:<BR><BR>Hola, <br \/>Soy un futuro estudiante de Bioinform\u00e1tica y quer\u00eda consultarle acerca de los requerimientos de hardware de un ordenador a la hora de utilizar programas y dedicarse a la Bioinform\u00e1tica. \u00bfEs necesario algun requisito especial en cuanto a memoria, disco duro, tarjeta grafica, procesador&#8230;. para alguna de las tareas de esta ciencia?Muchas gracias y enhorabuena por el blog.<\/p>\n<p>Supongo que es una pregunta que se puede hacer la gente en general. \u00bfQu\u00e9 tiene que tener un ordenador para poder usarlo en bioniform\u00e1tica? Las necesidades var\u00edan en funci\u00f3n del tipo de herramientas que se vayan a usar, y aqu\u00ed vienen algunos posibles escenarios:<BR><!--more--><\/p>\n<ul>\n<li>Si vas a trabajar mucho en temas de modelado por homolog\u00eda, b\u00fasqueda de sitios de uni\u00f3n, interacciones entre prote\u00ednas, complejos, peque\u00f1as mol\u00e9culas, etc&#8230; lo m\u00e1s probable es que necesites tarde o temprano una buena tarjeta gr\u00e1fica NVidia o ATI, y un monitor de al menos 19\u00bb (lo cu\u00e1l es muy com\u00fan a d\u00eda de hoy).<\/li>\n<li>Si vas a hacer muchas b\u00fasquedas de secuencia en bases de datos locales, usando por ejemplo <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/BLAST\">Blast<\/a>, <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/FASTA\">FASTA<\/a>, <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/List_of_sequence_alignment_software\">SSEARCH<\/a>, <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Algoritmo_Smith-Waterman\">Smith&amp;Waterman<\/a>, <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/BLAST#PsiBlast\">PSI-BLAST<\/a>, etc&#8230; necesitar\u00e1s espacio en disco para almacenar tanto las bases de datos en los distintos formatos como para almacenar los resultados. Es recomendable tener suficiente memoria para que no se eternicen las b\u00fasquedas, y que el acceso a ficheros sea r\u00e1pido.<br \/>Por poner n\u00fameros, como m\u00ednimo 4 GB de memoria y 1TB de disco, tal vez distribuido en dos discos de 500GB en <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/RAID#RAID_0_.28Data_Striping.29\">RAID0<\/a> para que vaya m\u00e1s r\u00e1pido el acceso. Y el sistema de ficheros debe ser de los buenos: en Windows el <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/NTFS\">NTFS<\/a> (nada de <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/FAT\">FAT<\/a>), en Linux <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/XFS\">XFS<\/a>, <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Ext4\">EXT4<\/a> (si usas el \u00faltimo kernel) o <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Ext3\">EXT3<\/a>, <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/ReiserFS\">ReiserFS<\/a>, etc&#8230; En Mac tendr\u00edas que configurar el sistema de ficheros <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/HFS%2B\">HFS+<\/a> para que distinguiera entre may\u00fasculas y min\u00fasculas.<\/li>\n<li>Si vas a hacer mucho c\u00e1lculo num\u00e9rico, como por ejemplo <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Din%C3%A1mica_molecular\">simulaciones de din\u00e1mica molecular<\/a>, <i>clustering<\/i> de alg\u00fan tipo (por ejemplo mediante <a href=\"http:\/\/www.bioinformatics.org\/cd-hit\/\">CD-HIT<\/a>), <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Motivos_de_secuencia\">b\u00fasqueda de motivos<\/a> mediante <a href=\"http:\/\/hmmer.janelia.org\/\">HMMer<\/a>, etc&#8230; entonces necesitar\u00e1s mucha memoria (un m\u00ednimo de 8 GB) y si es paralelizable el c\u00e1lculo, bastantes <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Microprocesador\">procesadores<\/a>\/<i>cores<\/i> (m\u00ednimo 4) para empezar a hacer algo razonable. En estos casos es mejor tener 2 procesadores de 4 <i>cores<\/i> que 1 procesador de 8 <i>cores<\/i> por temas de cuellos de botella, \u00a1y nada de <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/HyperThreading\">HyperThreading<\/a>!<\/li>\n<\/ul>\n<p>Y por \u00faltimo, una buena conexi\u00f3n a Internet (m\u00ednimo 20Mb). Las bases de datos p\u00fablicas se encuentran disponibles para que cualquiera las descargue, pero tienen unos tama\u00f1os sencillamente brutales \u00a1a\u00fan estando los ficheros comprimidos! Por dar n\u00fameros de algunas de ellas, wwPDB son casi 10GB, UniProt son unos 44GB, IntAct 5GB, EMBL 126GB. Y muchas de ellas se actualizan semanal, mensual o trimestralmente&#8230; A\u00fan s\u00f3lo usando los servicios bioinform\u00e1ticos disponibles en internet (<a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/\">NCBI<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/\">EBI<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.uniprot.org\/\">UniProt<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.ddbj.nig.ac.jp\/\">DDBJ<\/a>, <a href=\"http:\/\/www.pdb.org\/\">wwPDB<\/a>, etc&#8230;) es necesaria una buena conexi\u00f3n, por el volumen de resultados que hay que recuperar.<\/p>\n<p>Tambi\u00e9n hay hardware especializado muy caro que se usa cuando aumentan mucho las necesidades y el dinero disponible. Pero \u00e9sa es otra historia&#8230;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Hace unos d\u00edas me lleg\u00f3 por el sistema de contacto de los blogs el siguiente mensaje de David: Hola, Soy un futuro estudiante de Bioinform\u00e1tica y quer\u00eda consultarle acerca de los requerimientos de hardware de un ordenador a la hora de utilizar programas y dedicarse a la Bioinform\u00e1tica. \u00bfEs necesario algun requisito especial en cuanto a memoria, disco duro, tarjeta grafica, procesador&#8230;. para alguna de las tareas de esta ciencia?Muchas gracias y enhorabuena por el blog. Supongo que es una pregunta que se puede hacer la gente en general. \u00bfQu\u00e9 tiene que tener un ordenador para poder usarlo en bioniform\u00e1tica?\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/121455"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=121455"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/121455\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=121455"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=121455"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=121455"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}