{"id":122070,"date":"2009-07-20T22:03:00","date_gmt":"2009-07-20T22:03:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2009\/07\/21\/122070.aspx"},"modified":"2009-07-20T22:03:00","modified_gmt":"2009-07-20T22:03:00","slug":"hmmer-3-0-y-la-migracion-de-pfam","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2009\/07\/20\/122070","title":{"rendered":"HMMer 3.0 y la migraci\u00f3n de Pfam"},"content":{"rendered":"<p>Una de las noticias que me confirmaron en persona en el pasado <a href=\"http:\/\/www.iscb.org\/ismbeccb2009\/\">ISMB-ECCB 2009<\/a> fue que a finales de Agosto o principios de Septiembre la <a href=\"http:\/\/pfam.sanger.ac.uk\/\">base de datos Pfam<\/a> va a cambiar de formato para adaptarse a HMMer 3.0, la \u00faltima versi\u00f3n principal de este software de b\u00fasqueda de motivos. Por lo que entend\u00ed tras charlar con uno de sus curadores, el cambio de formato en Pfam no es compatible hacia atr\u00e1s, en el sentido de que las herramientas de formateo de bases de datos de HMMer 2.x no funcionan con el nuevo formato.<br \/><!--more-->\u00bfEso implica que tendremos que actualizar inmediatamente nuestros programas e implementaciones para que traten con HMMer 3.x? No necesariamente. Siguiendo la traza de este cambio me he encontrado en una <a href=\"http:\/\/xfam.wordpress.com\/2009\/03\/19\/hmmer3-migration-resolving-overlaps\/\">entrada del 19 de Marzo del blog de Xfam<\/a> que este cambio&nbsp; de formato lleva plane\u00e1ndose desde hace tiempo, y por ello se han creado herramientas que permitir\u00e1n generar bases de datos compatibles con HMMer 2.x. Este \u00faltimo punto es imprescindible para implementaciones que no se actualizar\u00e1n tan r\u00e1pidamente, como por ejemplo la de <a href=\"http:\/\/www.timelogic.com\/decypher_intro.html\">Timelogic DeCypher<\/a>.<\/p>\n<p>El cambio no es s\u00f3lo a nivel de formato, sino tambi\u00e9n a nivel de curaci\u00f3n de la base de datos Pfam. El nuevo algoritmo usado por HMMer 3.0, que para ganar sensibilidad deja de ser un algoritmo \u00abexacto\u00bb y se asemeja a los heur\u00edsticos usados en Blast 2, ha encontrado una serie de solapamientos antes desconocidos en motivos de Pfam encontrados en alrededor de 80000 secuencias de bases de datos de secuencias como UniProt. Los curadores de Pfam se las han tenido que ver con la resoluci\u00f3n de estos solapamientos para poder afirmar cu\u00e1l de los motivos es el genuino, y cu\u00e1les son subdominios, falsos positivos, etc&#8230;<\/p>\n<p>\u00a1Poneos las pilas para Septiembre!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Una de las noticias que me confirmaron en persona en el pasado ISMB-ECCB 2009 fue que a finales de Agosto o principios de Septiembre la base de datos Pfam va a cambiar de formato para adaptarse a HMMer 3.0, la \u00faltima versi\u00f3n principal de este software de b\u00fasqueda de motivos. Por lo que entend\u00ed tras charlar con uno de sus curadores, el cambio de formato en Pfam no es compatible hacia atr\u00e1s, en el sentido de que las herramientas de formateo de bases de datos de HMMer 2.x no funcionan con el nuevo formato.<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[31],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/122070"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=122070"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/122070\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=122070"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=122070"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=122070"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}