{"id":122131,"date":"2009-07-22T08:27:00","date_gmt":"2009-07-22T08:27:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2009\/07\/22\/122131.aspx"},"modified":"2009-07-22T08:27:00","modified_gmt":"2009-07-22T08:27:00","slug":"hace-10-anos-hardware-y-sistemas-operativos-en-bioinformatica","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2009\/07\/22\/122131","title":{"rendered":"Hace 10 a\u00f1os, hardware y sistemas operativos en bioinform\u00e1tica"},"content":{"rendered":"

Lo primero, esta publicaci\u00f3n ha nacido de una pregunta de Ram\u00f3n en el comentario 122116 del post ‘Hardware necesario para trabajar en Bioinform\u00e1tica’<\/a><\/p>\n

En 1999 lo mejor que pod\u00eda ofrecer Microsoft era el Windows NT y a finales de ese a\u00f1o, el flamante Windows 2000. Aunque los caros ordenadores Apple eran potentes, estaban lastrados por Mac OS 8 y el flamante Mac OS 9. En bioinform\u00e1tica casi todo el mundo usaba las muy caras workstations de SGI, Sun, Compaq (con procesadores Alpha), etc… Y los discos duros eran SCSI (caros pero fiables) porque eran los que proporcionaban el rendimiento necesario… hasta ese momento.<\/p>\n

Imaginaos, \u00a1un disco de 9GB eran un mundo! Y para que os hagais una idea, la base de datos Swissprot se distribu\u00eda en CD-ROM, por lo lentas que eran las conexiones a Internet.<\/p>\n

Pero algo estaba cambiando en bioinform\u00e1tica porque la gente empez\u00f3 aaventurarse a usar ordenadores cl\u00f3nicos con las distribuciones Linux dela \u00e9poca, tambi\u00e9n en parte porque los cl\u00f3nicos empezaban a tener lapotencia gr\u00e1fica y de c\u00e1lculo necesaria. Como experiencia personal, al poco de empezar a trabajaren bioinform\u00e1tica en 1999 se compr\u00f3 en el grupo que entr\u00e9 un par decl\u00f3nicos con 128MB de memoria, procesador Pentium II a 400MHz y tarjetagr\u00e1fica Matrox (no me acuerdo de la capacidad de los discos SCSI, pero era menos de 9GB). Para los que estuvieron en aquella \u00e9poca en el Protein Design Group los nombres de ‘aneto’ y ‘naranco’ son m\u00edticos, por los buenos resultados que nos dieron (adem\u00e1s de alg\u00fan que otro quebradero de cabeza). Investigadores invitados que pasaron por nuestro grupo observaron lo bien y r\u00e1pido que funcionaban los programas en esos cl\u00f3nicos con Linux, y por ah\u00ed continu\u00f3 el tema: transici\u00f3n de caras workstations a ordenadores cl\u00f3nicos; transici\u00f3n de las distintas variantes de Unix a Linux; se extendi\u00f3 el uso del compilador GCC de GNU…<\/p>\n

\u00bfSe pod\u00edan correr programas de alineamientos (Smith&Waterman, Blast, PSI-Blast, FASTA), alineamientos m\u00faltiples (ClustalW, T-Coffee), b\u00fasqueda de motivos (HMMer), etc… en esos equipos? \u00a1Por supuesto! Pero era con las bases de datos y vol\u00famenes que se manejaban en esa \u00e9poca. \u00bfSe pod\u00eda hacer ensamblaje de genomas de-novo? No, porque los programas de ensamblaje de la \u00e9poca eran muy ineficientes, necesitaban m\u00e1s de 1GB de memoria, y Linux y los ordenadores cl\u00f3nicos ten\u00edan serias limitaciones en ese punto.<\/p>\n

\u00bfQu\u00e9 hardware y sistemas usaremos dentro de 10 a\u00f1os? A saber, pero me temo que buena parte de los problemas fundamentales que intenta resolver la bioinform\u00e1tica seguir\u00e1 as\u00ed, sin resolverse, como el de obtener el plegamiento de las prote\u00ednas directamente de la informaci\u00f3n de secuencia, sin ninguna informaci\u00f3n adicional.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Lo primero, esta publicaci\u00f3n ha nacido de una pregunta de Ram\u00f3n en el comentario 122116 del post ‘Hardware necesario para trabajar en Bioinform\u00e1tica’ En 1999 lo mejor que pod\u00eda ofrecer Microsoft era el Windows NT y a finales de ese a\u00f1o, el flamante Windows 2000. Aunque los caros ordenadores Apple eran potentes, estaban lastrados por Mac OS 8 y el flamante Mac OS 9. En bioinform\u00e1tica casi todo el mundo usaba las muy caras workstations de SGI, Sun, Compaq (con procesadores Alpha), etc… Y los discos duros eran SCSI (caros pero fiables) porque eran los que proporcionaban el rendimiento necesario…\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/122131"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=122131"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/122131\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=122131"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=122131"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=122131"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}