{"id":12366,"date":"2006-01-21T00:51:00","date_gmt":"2006-01-21T00:51:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/01\/21\/12366.aspx"},"modified":"2006-01-21T00:51:00","modified_gmt":"2006-01-21T00:51:00","slug":"la-bioinformatica-y-los-sistemas-operativos-iii-mac-os-x","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/01\/21\/12366","title":{"rendered":"La Bioinform\u00e1tica y los Sistemas Operativos (III): Mac OS X"},"content":{"rendered":"

Hace poco sali\u00f3 publicada en el blog de Jes\u00fas Calejero<\/a> la noticia \u00abHerramientas de Bioinform\u00e1tica con un MAC, \u00bfes posible?<\/i>\u00ab. Aunque le pueda sonar raro a la gente de fuera de la bioinform\u00e1tica y la biolog\u00eda, los ordenadores de Apple han estado ligados desde hace bastante tiempo a los desarrollos en biolog\u00eda, y \u00faltimamente tambi\u00e9n en bioinform\u00e1tica.
        En un principio, los ordenadores Apple (con su venerable Mac OS 7,8 o 9) eran usados \u00fanica y exclusivamente para la escritura de los art\u00edculos cient\u00edficos y la representaci\u00f3n de gr\u00e1ficas sencillas generadas en hojas de c\u00e1lculo (recordad que las primeras versiones gr\u00e1ficas de Microsoft Word aparecieron para Mac OS, \u00a1no para Windows!). En aquella \u00e9poca era com\u00fan encontrar herramientas bioinform\u00e1ticas sencillas, como RasMol<\/a>, que permitieran ayudar de forma visual a la elecci\u00f3n del siguiente paso a dar en un experimento de un laboratorio experimental de biolog\u00eda. Sin embargo, debido a las carencias del sistema no era posible usarlo para, por ejemplo, lanzar una b\u00fasqueda Blast local de la misma manera que se hac\u00eda en un sistema Unix, o programar de forma sencilla. Parec\u00eda que los ordenadores Apple quedaban relegados s\u00f3lo para realizar tareas gr\u00e1ficas u ofim\u00e1ticas, a pesar de poseer dichas m\u00e1quinas cada vez m\u00e1s potencia de c\u00e1lculo. Si te dedicabas a la bioinform\u00e1tica, hab\u00eda que tener un ordenador para escribir los art\u00edculos y otro para desarrollar los programas.<\/p>\n

        Sin embargo, como sucede tarde o temprano, se produjo un vuelco. Apple tom\u00f3 la decisi\u00f3n de rehacer desde los cimientos su sistema operativo, bas\u00e1ndolo en FreeBSD (una variante de UNIX), y fue as\u00ed como naci\u00f3 Mac OS X 10.0. Cuando su sistema estuvo lo suficientemente maduro (m\u00e1s o menos cuando sali\u00f3 Mac OS X 10.2) el mundo acad\u00e9mico se puso manos a la obra a portar herramientas y c\u00f3digo desde Unix a Mac. Como resultado, casi todo el software bioinform\u00e1tico que se distribuye hoy en d\u00eda en c\u00f3digo abierto es posible usarlo sin problemas. Por ejemplo, VMD (Visual Molecular Dynamics) es un software de visualizaci\u00f3n de estructuras tridimensionales bastante potente, usado por la gente que se dedica a microscop\u00eda electr\u00f3nica (http:\/\/www.ks.uiuc.edu\/Research\/vmd\/<\/a>), y que se distribuye desde hace tiempo como un paquete Mac OS X. La \u00fanica pega hasta la aparici\u00f3n de Mac OS X 10.3 era que las aplicaciones gr\u00e1ficas del mundo Unix  (las basadas en X) no pod\u00edan ser portadas f\u00e1cilmente a Mac (algo similar a lo que ocurre con Windows), pero a partir de esa versi\u00f3n el sistema operativo de la manzana viene con uno de serie.<\/p>\n

        Hoy en d\u00eda hay muchas aplicaciones bioinform\u00e1ticas gr\u00e1ficas basadas en Java que funcionan sin problemas en Mac OS X, Linux\/Unix y Windows (por ejemplo, JalView<\/a>, Jmol<\/a> o Taverna<\/a>). Adem\u00e1s, cada vez hay m\u00e1s desarrolladores que a\u00f1aden a sus programas Java las 3 l\u00edneas de c\u00f3digo necesarias para que sus aplicaciones se integren mejor en Mac OS X, lo cu\u00e1l augura un futuro brillante a Apple en el mundo cient\u00edfico\/acad\u00e9mico.<\/p>\n

        En cuanto a software de bioinform\u00e1tica para Mac en entornos de altas prestaciones, no s\u00e9 si conoceis Xgrid<\/a>. Una de las herramientas disponibles desde el lado de Apple es una versi\u00f3n de Blast \u00abtuneada\u00bb para los procesadores de Apple<\/a> y que adem\u00e1s est\u00e1 integrada en el sistema de distribuci\u00f3n de trabajos de Xgrid. Y si quereis ver una instalaci\u00f3n de Apple Xserv dedicada a bioinform\u00e1tica, s\u00f3lo teneis que leer el art\u00edculo sobre una de las granjas de computaci\u00f3n<\/a> que tiene el Grupo de Dise\u00f1o de Prote\u00ednas. <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Hace poco sali\u00f3 publicada en el blog de Jes\u00fas Calejero la noticia \u00abHerramientas de Bioinform\u00e1tica con un MAC, \u00bfes posible?\u00ab. Aunque le pueda sonar raro a la gente de fuera de la bioinform\u00e1tica y la biolog\u00eda, los ordenadores de Apple han estado ligados desde hace bastante tiempo a los desarrollos en biolog\u00eda, y \u00faltimamente tambi\u00e9n en bioinform\u00e1tica.<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12366"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=12366"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12366\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=12366"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=12366"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=12366"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}