{"id":12367,"date":"2006-01-21T01:26:00","date_gmt":"2006-01-21T01:26:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/01\/21\/12367.aspx"},"modified":"2006-01-21T01:26:00","modified_gmt":"2006-01-21T01:26:00","slug":"articulo-hacia-la-anotacion-multidimensional-de-genomas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/01\/21\/12367","title":{"rendered":"Art\u00edculo \u00abHacia la anotaci\u00f3n multidimensional de genomas\u00bb"},"content":{"rendered":"

Hace poco ha salido el n\u00famero de Febrero correspondiente a Nature Reviews Genetics<\/a>, repleto de art\u00edculos bastante interesantes. Uno de ellos cay\u00f3 en mis manos por casualidad (algui\u00e9n lo hab\u00eda dejado olvidado en la impresora), y ya s\u00f3lo con el t\u00edtulo me llam\u00f3 bastante la atenci\u00f3n: Towards Multidimensional Genome Annotation<\/i><\/a>. Dicho art\u00edculo da repaso a los distintos m\u00e9todos y herramientas existentes actualmente para realizar la anotaci\u00f3n de genomas a distintos niveles, sin olvidar la necesidad de validar de forma experimental los resultados obtenidos a partir de programas. Por ejemplo, muchas veces las anotaciones de secuencia sirven para realizar anotaciones estructurales, pero esto s\u00f3lo es posible si la anotaci\u00f3n es lo suficientemente correcta.
En el art\u00edculo se toma como ejemplo la reconstrucci\u00f3n y anotaci\u00f3n de redes metab\u00f3licas, mostrando la necesidad de integrar informaci\u00f3n proveniente de experimentos reales con resultados de programas, y la validaci\u00f3n experimental posterior de las inferencias realizadas a partir de los datos interrelacionados e integrados. Actualmente casi todas las t\u00e9cnicas experimentales pueden tener la etiqueta de High Throughput<\/i>: es posible obtener mucha informaci\u00f3n sobre sistemas completos en muy poco tiempo. El problema estriba muchas veces en realizar un an\u00e1lisis adecuado de toda esa informaci\u00f3n, para evitar la aparici\u00f3n de los temidos falsos positivos y quimeras.<\/p>\n

Como muy bien se menciona en el art\u00edculo es necesario (m\u00e1s bien obligatorio) automatizar buena parte de este trabajo. Si existen las herramientas adecuadas para ello, como ocurre en este caso con las Pathway Tools<\/a> (art\u00edculo<\/a>), habr\u00e1 que validar los resultados generados de forma autom\u00e1tica. Si no existen dichas herramientas, posiblemente haya que crearlas antes de abordar cualquier tipo de anotaci\u00f3n a nivel de genomas completos (o contratar a muchos becarios…).<\/p>\n

Para terminar: a aquellos que tengais acceso al texto completo del art\u00edculo os recomiendo que os lo leais, incluso aunque no est\u00e9 relacionado con vuestro trabajo cotidiano. Para el resto de los mortales: a esperar al menos 6 meses o un a\u00f1o, y a conformarse con las miguitas del Abstract<\/i>.

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