{"id":125388,"date":"2009-09-25T00:52:00","date_gmt":"2009-09-25T00:52:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2009\/09\/25\/125388.aspx"},"modified":"2009-09-25T00:52:00","modified_gmt":"2009-09-25T00:52:00","slug":"jbrowse-el-nuevo-visor-genomico-de-lincoln-stein","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2009\/09\/25\/125388","title":{"rendered":"JBrowse, el nuevo visor gen\u00f3mico de Lincoln Stein"},"content":{"rendered":"<p>Gracias a David me he enterado que Lincoln Stein, creador de <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Distributed_Annotation_System\">DAS<\/a> y <a href=\"http:\/\/gmod.org\/wiki\/Gbrowse\">GBrowse<\/a> (entre otros muchos protocolos, sistemas, visores y librer\u00edas) vuelve a la carga con un nuevo visor gen\u00f3mico: <a href=\"http:\/\/jbrowse.org\/\">JBrowse<\/a>. El art\u00edculo que describe este visor se titula <i><a href=\"http:\/\/genome.cshlp.org\/content\/19\/9\/1630.long\">\u00abJBrowse: a next-generation genome browser\u00bb<\/a><\/i>, est\u00e1 disponible de forma p\u00fablica y ha salido publicado en la revista <a href=\"http:\/\/genome.cshlp.org\/\">Genome Research<\/a>.<\/p>\n<div align=\"center\"><a href=\"http:\/\/jbrowse.org\/ucsc\/hg19\/\" target=\"_blank\"><img decoding=\"async\" src=\"\/blogs\/bioinformatica\/wp-content\/blogs.dir\/41\/files\/167\/o_jbrowse-snapshot.png\" width=\"100%\"><\/a><\/div>\n<p><!--more-->Este nuevo visor est\u00e1 enfocado en derivar buena parte de la tarea de representaci\u00f3n de la informaci\u00f3n del visor gen\u00f3mico en el cliente (en el navegador), transform\u00e1ndola en una tarea din\u00e1mica, y en eso se diferencia de sus antecesores, que hac\u00edan el trabajo pesado de representaci\u00f3n en el lado del servidor. Por las comparativas y las tablas que aparecen en el art\u00edculo est\u00e1 mas que justificado este cambio, lo que significa un pasito m\u00e1s hacia las tecnolog\u00edas <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/AJAX\">AJAX<\/a> en este tipo de visores. Tambi\u00e9n permite que se pueda visualizar m\u00e1s informaci\u00f3n, y que el tiempo de respuesta del visor sea menor, al no transferirse im\u00e1genes calculadas sino s\u00f3lo la informaci\u00f3n necesaria a representar.<\/p>\n<p>Si algun@ se atreve a instalarlo y probarlo, \u00a1que comente sus experiencias! El sitio web es <a href=\"http:\/\/jbrowse.org\/\">http:\/\/jbrowse.org\/<\/a>, y hay un par de enlaces a demos del visor con datos reales, como los genomas de <a href=\"http:\/\/jbrowse.org\/genomes\/dmel\/\"><i>Drosophila melanogaster<\/i><\/a> y <a href=\"http:\/\/jbrowse.org\/ucsc\/hg19\/\">humano (hg19)<\/a>, o incluso la capacidad de embeber vistas en concreto del visor en <a href=\"http:\/\/twiki.org\/\">TWiki<\/a>. Por la peque\u00f1a prueba que he hecho, pienso que es bastante \u00e1gil, y aunque no haya podido mirar con esta peque\u00f1a prueba si realmente el consumo de recursos en el lado del servidor es menor, es totalmente plausible.<\/p>\n<p><u>Enlaces<\/u><\/p>\n<ul>\n<li>Art\u00edculo <i><a href=\"http:\/\/genome.cshlp.org\/content\/19\/9\/1630.long\">\u00abJBrowse: a next-generation genome browser\u00bb<\/a><\/i> en Genome Biology.<\/li>\n<li>JBrowse: <a href=\"http:\/\/http:\/\/jbrowse.org\/\">http:\/\/jbrowse.org\/<\/a><\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Gracias a David me he enterado que Lincoln Stein, creador de DAS y GBrowse (entre otros muchos protocolos, sistemas, visores y librer\u00edas) vuelve a la carga con un nuevo visor gen\u00f3mico: JBrowse. 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