{"id":131087,"date":"2010-10-19T16:19:50","date_gmt":"2010-10-19T15:19:50","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/?p=131087"},"modified":"2010-10-19T16:19:50","modified_gmt":"2010-10-19T15:19:50","slug":"record-de-simulacion-de-plegamiento-de-proteinas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2010\/10\/19\/131087","title":{"rendered":"R\u00e9cord de simulaci\u00f3n de plegamiento de prote\u00ednas"},"content":{"rendered":"

Hace unos d\u00edas sali\u00f3 publicado en Nature News<\/a> la noticia ‘Supercomputer sets protein-folding record’<\/em><\/a>, en la que se cuenta c\u00f3mo se ha conseguido simular con el supercomputador Anton los cambios estructurales de una prote\u00edna durante un milisegundo, coincidiendo con las observaciones obtenidas de la prote\u00edna real. El tiempo necesario para calcular esa simulaci\u00f3n fue de 100 d\u00edas, mientras el tiempo de plegamiento simulado es 100 veces mayor que el anterior r\u00e9cord. Para esta prueba se usaron dos prote\u00ednas que han sido estudiadas experimentalmente durante mucho tiempo. Una de ellas es en s\u00ed un fragmento de prote\u00edna que es un dominio WW<\/a>, y la otra es una peque\u00f1a prote\u00edna llamado inhibidor pancre\u00e1tico b\u00e1sico de tripsina<\/a> (espero haber hecho bien la traducci\u00f3n).<\/p>\n

Para los que no se\u00e1is del mundillo de la bioinform\u00e1tica puede chocar esta noticia, porque comparado con la vida real u otro tipo de predicciones (como la meteorol\u00f3gica) es una duraci\u00f3n muy corta, pero a escala molecular un milisegundo es una duraci\u00f3n muy larga.<\/p>\n

\"\"<\/a>Haciendo un poco de resumen, una prote\u00edna es b\u00e1sicamente una sucesi\u00f3n de amin\u00f3acidos encadenados entre s\u00ed de forma secuencial. Cada prote\u00edna que sintetizan las c\u00e9lulas de cualquier organismo ha sido creada por la maquinaria traslacional de las mismas, a partir de la traducci\u00f3n a amino\u00e1cidos del ADN complementario<\/a> al ARN mensajero<\/a> que fue obtenido del correspondiente gen (aunque un gen pueda tal vez llevar a m\u00e1s de una prote\u00edna si hay splicing<\/em> alternativo<\/a> de por medio).<\/p>\n

Cuando las prote\u00ednas son sintetizadas no ‘nacen’ directamente en su conformaci\u00f3n tridimensional habitual, sino que la adquieren pasado un tiempo (una de las situaciones simulables). Adem\u00e1s, las prote\u00ednas no son r\u00edgidas, sino que pueden tener distintas confirmaciones destinadas a su interacci\u00f3n con otras prote\u00ednas, ADN y peque\u00f1as mol\u00e9culas. Estas conformaciones son importantes a la hora de determinar la funci\u00f3n, el papel o la participaci\u00f3n de una prote\u00edna en las distintas rutas metab\u00f3licas. El problema es que a veces es dif\u00edcil por medios experimentales reproducir las condiciones en las que se produce el proceso para una determinada prote\u00edna, y muy dif\u00edcil conseguir cristalizar la prote\u00edna para poder usar t\u00e9cnicas de difracci\u00f3n de rayos X<\/a> o resonancia magn\u00e9tica nuclear<\/a>, en lo cu\u00e1l a veces se tarde 2 a\u00f1os o m\u00e1s (si es que se consigue).<\/p>\n

Y ah\u00ed est\u00e1 la importancia de estas simulaciones, que pueden proporcionar informaci\u00f3n o al menos pistas sobre la funci\u00f3n de prote\u00ednas conocidas a nivel de secuencia, pero con estructura tridimensional desconocida. El gran problema de cualquier simulaci\u00f3n es que nunca puede llegar a ser una emulaci\u00f3n del mundo real, principalmente porque se desconocen todos los factores que afectan al suceso real a emular, o calcular el impacto de algunos de esos factores no es razonable. Eso hace que con cada paso de simulaci\u00f3n se vayan introduciendo errores de c\u00e1lculo que hacen que los resultados de la simulaci\u00f3n se vayan separando poco a poco de la realidad. Conseguir alargar una simulaci\u00f3n no s\u00f3lo depende de la potencia computacional bruta disponible, sino tambi\u00e9n del modelo f\u00edsico usado y de si se ha conseguido compensar de alguna manera esos inevitables errores de c\u00e1lculo que se introducen en cada paso de la simulaci\u00f3n.<\/p>\n

http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Splicing_alternativo<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Hace unos d\u00edas sali\u00f3 publicado en Nature News la noticia ‘Supercomputer sets protein-folding record’, en la que se cuenta c\u00f3mo se ha conseguido simular con el supercomputador Anton los cambios estructurales de una prote\u00edna durante un milisegundo, coincidiendo con las observaciones obtenidas de la prote\u00edna real. El tiempo necesario para calcular esa simulaci\u00f3n fue de 100 d\u00edas, mientras el tiempo de plegamiento simulado es 100 veces mayor que el anterior r\u00e9cord. Para esta prueba se usaron dos prote\u00ednas que han sido estudiadas experimentalmente durante mucho tiempo. Una de ellas es en s\u00ed un fragmento de prote\u00edna que es un dominio\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[186,1,31],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/131087"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=131087"}],"version-history":[{"count":6,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/131087\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":131093,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/131087\/revisions\/131093"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=131087"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=131087"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=131087"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}