{"id":131233,"date":"2011-03-26T00:58:12","date_gmt":"2011-03-25T23:58:12","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/?p=131233"},"modified":"2011-03-26T00:58:12","modified_gmt":"2011-03-25T23:58:12","slug":"que-es-necesario-para-ser-un-scientific-database-curator","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2011\/03\/26\/131233","title":{"rendered":"Qu\u00e9 es necesario para ser un \u00abscientific database curator\u00bb"},"content":{"rendered":"

En la entrada anterior<\/a> escrib\u00ed una peque\u00f1a introducci\u00f3n a las bases de datos biol\u00f3gicas y bioinform\u00e1ticas, pero no habl\u00e9 de lo m\u00e1s importante: c\u00f3mo est\u00e1n organizadas internamente. En una base de datos normal, como la del banco o la de la compa\u00f1\u00eda telef\u00f3nica, est\u00e1n muy claros los conceptos, los campos, qu\u00e9 almacenar, etc… Pero esto no sirve en un mundo conceptualmente cambiante como el de las ciencias de la vida. El conocimiento disponible sobre organismos, genes, prote\u00ednas, interacciones, estructuras, rutas metab\u00f3licas, etc.. va cambiando y evolucionando a medida que aparecen nuevas evidencias, y tambi\u00e9n el conocimiento subyacente, los conceptos en los que se sustenta la organizaci\u00f3n interna de cada una de ellas.<\/p>\n

Y aqu\u00ed entran en juego los scientific database curators<\/em>, los conservadores de las bases de datos cient\u00edficas. Ellos son los encargados de a\u00f1adir nuevas entradas, de que el conocimiento de la base de datos que conservan no sea err\u00f3neo y de relacionarlo con el conocimiento disponible en otras bases de datos biol\u00f3gicas y bioinform\u00e1ticas. Es un trabajo de mucha responsabilidad, y aqu\u00ed os incluyo por ejemplo una oferta de empleo (recibida de Leticia, una de mis nuevas compa\u00f1eras de trabajo) para un curator<\/em> de la base de datos de interacciones entre prote\u00ednas IntAct<\/a>:<\/p>\n

Location<\/strong>:\u00a0\u00a0\u00a0 EBI – Hinxton, UK
\nStaff Category<\/strong>:\u00a0\u00a0\u00a0 Staff Member
\nContract Duration<\/strong>:\u00a0\u00a0\u00a0 3 years
\n Grading<\/strong>:\u00a0\u00a0\u00a0 5 or 6, depending on experience and qualifications
\n Closing Date<\/strong>:\u00a0\u00a0\u00a0 10 April 2011
\n Reference number<\/strong>:\u00a0\u00a0\u00a0 EBI_00070<\/p>\n

Job Description<\/span><\/p>\n

We are seeking a Scientific Database Curator, to join the Proteomics Services team at the European Bioinformatics Institute (EBI) located on the Wellcome Trust Genome Campus near Cambridge in the UK.<\/p>\n

The Database Curator will contribute to the maintenance and extension of the IntAct molecular interaction database. The main task is the analysis of published literature on protein interactions and their integration into the IntAct database. The successful candidate will also interact with external data producers and international partner databases to ensure highest quality standards for IntAct data.<\/p>\n

The European Bioinformatics Institute (EBI)<\/a> provides cutting-edge research, service and training in the field of bioinformatics and is home to world class bioinformatics resources such as Ensembl<\/a>, UniProt<\/a>, and InterPro<\/a>.<\/p>\n

For further information please visit http:\/\/www.ebi.ac.uk\/intact\/<\/a><\/p>\n

Qualifications and Experience<\/span>
\nThe ideal candidate will hold a PhD or MSc in molecular biology, biochemistry, or a related subject. An interest in bioinformatics is required, prior experience in database curation, analysis of protein interactions, molecular pathways or cellular complexes is a plus.<\/p>\n

The post holder should be able to work independently and interact well within a team environment. Good communication and interpersonal skills as well as a working knowledge of English language are essential.<\/p>\n

Application Instructions<\/span>
\nPlease apply online through www.embl.org\/jobs<\/a><\/p><\/blockquote>\n

Como pod\u00e9is leer, los curators<\/em> de bases de datos tienen que tener un profundo conocimiento del dominio del problema, mucha experiencia (tanto experimental como in-silico<\/em>), y ser usuarios de herramientas bioinform\u00e1ticas que les ayuden en las tareas de decisi\u00f3n a la hora de a\u00f1adir nuevo conocimiento o alterar el ya existente. Sus esfuerzos (muchas veces ocultos tras la marea de datos que manejamos d\u00eda a d\u00eda) son los que permiten que las herramientas que utilizan t\u00e9cnicas predictivas basadas en la premisa de \u00abculpable por asociaci\u00f3n\u00bb (si se parece a un burro, lleva arreos de burro, rebuzna y da coces, y aparece en una obra de Juan Ram\u00f3n Jim\u00e9nez<\/a>, entonces es un burro o un primo suyo) funcionen, y es la premisa clave de muchos desarrollos bioinform\u00e1ticos.<\/p>\n

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En la entrada anterior escrib\u00ed una peque\u00f1a introducci\u00f3n a las bases de datos biol\u00f3gicas y bioinform\u00e1ticas, pero no habl\u00e9 de lo m\u00e1s importante: c\u00f3mo est\u00e1n organizadas internamente. En una base de datos normal, como la del banco o la de la compa\u00f1\u00eda telef\u00f3nica, est\u00e1n muy claros los conceptos, los campos, qu\u00e9 almacenar, etc… Pero esto no sirve en un mundo conceptualmente cambiante como el de las ciencias de la vida. El conocimiento disponible sobre organismos, genes, prote\u00ednas, interacciones, estructuras, rutas metab\u00f3licas, etc.. va cambiando y evolucionando a medida que aparecen nuevas evidencias, y tambi\u00e9n el conocimiento subyacente, los conceptos en\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[1],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/131233"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=131233"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/131233\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":131235,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/131233\/revisions\/131235"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=131233"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=131233"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=131233"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}