{"id":131242,"date":"2011-05-18T23:07:50","date_gmt":"2011-05-18T22:07:50","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/?p=131242"},"modified":"2011-05-18T23:07:50","modified_gmt":"2011-05-18T22:07:50","slug":"adn-rompecabezas-y-evaluaciones","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2011\/05\/18\/131242","title":{"rendered":"ADN, rompecabezas y evaluaciones"},"content":{"rendered":"

Aunque la noticia es ya antigua (me la pas\u00f3 ya hace tiempo David Pisano), el mes pasado, los d\u00edas 5 a 7 de Abril, se celebr\u00f3 en Barcelona la reuni\u00f3n derivada del SMAAP<\/a> (Sequence Mapping And Assembly Assessment<\/em>). Como ya he mencionado en el pasado en otras entradas de este blog, un assessment<\/em> es una competici\u00f3n de una determinada \u00e1rea de inter\u00e9s cient\u00edfico (en este caso a nivel bioinform\u00e1tico), en la que una serie de grupos participantes compiten a la hora de desarrollar lo mejor posible una determinada tarea.<\/p>\n

En el caso de SMAAP, el objetivo era realizar una evaluaci\u00f3n bioinform\u00e1tica para comparar y determinar las mejores herramientas de secuenciaci\u00f3n, mapeo y ensamblaje gen\u00f3mico<\/a>. Las t\u00e9cnicas experimentales de secuenciaci\u00f3n de alto rendimiento se basan en la premisa de que es muy f\u00e1cil, fiable y automatizable a nivel experimental secuenciar trocitos de secuencia, en lugar de las secuencias gen\u00f3micas completas. Para ello primero hay que generar a partir de la muestra que contiene las secuencias gen\u00f3micas de inter\u00e9s muchas copias de las secuencias gen\u00f3micas a secuenciar, romper las secuencias en trocitos del tama\u00f1o adecuado, secuenciar los trocitos, y luego recomponer el rompecabezas de trocitos de secuencia. Esta recomposici\u00f3n se hace con el tipo de herramientas antes mencionadas.<\/p>\n

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El resultado de este tipo de competiciones suele decidirse por una combinaci\u00f3n de experiencia en el \u00e1rea de conocimiento a evaluar y desarrollos software. Los participantes suelen recibir de los organizadores primero un conjunto de datos de entrenamiento m\u00e1s los resultados esperables con los que poder entrenar y preparar sus herramientas para la competici\u00f3n. Despu\u00e9s de eso, los participantes reciben de forma prolongada una serie de conjuntos de datos a evaluar, y dicho conjunto deber\u00eda ser lo menos sesgado posible y lo suficientemente representativo en el dominio cient\u00edfico a evaluar, para que los resultados derivados de comparar las evaluaciones con los datos reales o esperables sea lo menos sesgado posible.<\/p>\n

Enlaces<\/span><\/p>\n