{"id":131297,"date":"2011-10-25T14:46:36","date_gmt":"2011-10-25T13:46:36","guid":{"rendered":"http:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/?p=131297"},"modified":"2011-10-25T14:46:36","modified_gmt":"2011-10-25T13:46:36","slug":"recompensas-por-desarrollar-algoritmos-de-compresion-para-ngs","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2011\/10\/25\/131297","title":{"rendered":"Recompensas por desarrollar algoritmos de compresi\u00f3n para NGS"},"content":{"rendered":"

Muchos de vosotros estareis familiarizados con los sistemas de concursos y recompensas usados por empresas de las tecnolog\u00edas de la informaci\u00f3n, como por ejemplo Google con su GSoC<\/a> (Google Summer of Code<\/em>) anual, Microsoft ofreciendo una recompensa por suministrar informaci\u00f3n<\/a> de botnets<\/em><\/a>, o los premios ofrecidos en la conferencia BlackHat<\/a> por conseguir determinados tipos de hackeos<\/em>. Este mismo sistema para espolear la innovaci\u00f3n en un sector en concreto ha sido adoptado por la Pistoia Alliance<\/a>, seg\u00fan aparece en la noticia del 25 de Octubre de 2011 de Bio-IT World<\/a> (encontrada por Christian Blaschke).<\/p>\n

Esta alianza est\u00e1 compuesta por m\u00e1s de 50 compa\u00f1\u00edas y grupos de investigaci\u00f3n del \u00e1rea de ciencias de la vida, y han anunciado el lanzamiento de una competici\u00f3n para encontrar el mejor algoritmo de compresi\u00f3n para datos de ultrasecuenciaci\u00f3n<\/a>. Las tecnolog\u00edas de ultrasecuenciaci\u00f3n se est\u00e1n usando actualmente para realizar multitud de experimentos, tanto a nivel de investigaci\u00f3n b\u00e1sica (por ejemplo, secuenciaci\u00f3n<\/a> de organismos, proyecto de los 1000 genomas<\/a>, estudios de gen\u00e9tica de poblaciones<\/a>), como de investigaci\u00f3n aplicada a nivel hospitalario, para el estudio de las alteraciones a nivel g\u00e9nico en un paciente de c\u00e1ncer, o el estudio de enfermedades raras. El problema surge cuando empiezan a acumularse los datos de estos experimentos, ya que cada uno de ellos puede generar f\u00e1cilmente varios gigabytes de informaci\u00f3n. El problema de comprimir un conjunto enorme de secuencias no es nuevo en el mundo de la bioinform\u00e1tica, pero no hay una soluci\u00f3n definitiva.<\/p>\n

La competici\u00f3n se llama Pistoia Alliance Sequence Squeeze Competition<\/a>, y en ella los participantes tienen que crear algoritmos de c\u00f3digo abierto que permitan comprimir datos de ultrasecuenciaci\u00f3n en formato FASTQ<\/a> lo m\u00e1s posible, sin p\u00e9rdida de informaci\u00f3n. Los jueces de la competici\u00f3n tendr\u00e1n que evaluar distintos par\u00e1metros de estos algoritmos, como por ejemplo la raz\u00f3n de compresi\u00f3n, la velocidad de compresi\u00f3n y descompresi\u00f3n, si el algoritmo permite descompresi\u00f3n sobre la marcha, etc… El premio para quienes ganen la competici\u00f3n es de $15000, y dicha competici\u00f3n est\u00e1 abierta hasta el 15 de Marzo de 2012.<\/p>\n

Enlaces<\/span><\/p>\n