{"id":28273,"date":"2006-06-05T16:09:00","date_gmt":"2006-06-05T16:09:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/06\/05\/28273.aspx"},"modified":"2006-06-05T16:09:00","modified_gmt":"2006-06-05T16:09:00","slug":"buscadores-de-compuestos-quimicos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/06\/05\/28273","title":{"rendered":"Buscadores de compuestos qu\u00edmicos"},"content":{"rendered":"<p>Muchas veces, trabajando en nuestro nicho dentro de la bioinform\u00e1tica, nos olvidamos de herramientas que son \u00fatiles s\u00f3lo a un sector muy concreto de usuarios, como es el caso de las herramientas relacionadas con compuestos qu\u00edmicos y peque\u00f1as mol\u00e9culas. Al intentar aplicar la bioinform\u00e1tica a problemas de la vida real (por ejemplo, <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Biorremediaci%C3%B3n\">biorremediaci\u00f3n<\/a>&nbsp;y <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Biodegradabilidad\">biodegradaci\u00f3n<\/a>) nos encontramos con que las herramientas t\u00edpicas s\u00f3lo se pueden usar de forma limitada.<!--more--><\/p>\n<p>En el caso de los compuestos qu\u00edmicos y las peque\u00f1as mol\u00e9culas podemos encontrar en la red unos cuantos sitios interesantes que precisamente se dedican a proporcionar servicios de b\u00fasqueda sobre esto compuestos y mol\u00e9culas. Esta informaci\u00f3n de por s\u00ed est\u00e1 bastante extendida, pero&nbsp;el valor a\u00f1adido est\u00e1 en que los buscadores que la suministran tambi\u00e9n dan informaci\u00f3n acerca de las rutas metab\u00f3licas clasificadas que son capaces de degradar esos compuestos, y&nbsp;qu\u00e9 organismos (muchas veces, bacterias) poseen dichas rutas metab\u00f3licas en su metabolismo.<\/p>\n<p>Toda esta noticia comenz\u00f3 cuando compa\u00f1eros del grupo donde trabajo me pasaron el enlace de <a href=\"http:\/\/llama.med.harvard.edu\/%7Ejklekota\/QueryChem.html\">QueryChem<\/a>, un sitio web que proporciona servicios de b\u00fasqueda combinados por compuesto y por art\u00edculo relacionado. En ese momento empec\u00e9 a indagar sobre este servicio, y descubr\u00ed que hay bastantes servicios b\u00e1sicos (no todos derivados de la bioinform\u00e1tica) relacionados con el tema:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/chembank.broad.harvard.edu\/\">ChemBank<\/a>: Sitio web que recopila informaci\u00f3n obtenida a partir de experimentos con peque\u00f1as mol\u00e9culas, y que est\u00e1 enfocado a proporcionar herramientas que orienten en investigaciones tanto a nivel biol\u00f3gico como a nivel m\u00e9dico.<\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov\/\">PubChem<\/a>: Este servicio del <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/\">NCBI<\/a> (National Center for Biotechnology Information)&nbsp;proporciona informaci\u00f3n de las actividades biol\u00f3gicas de las peque\u00f1as mol\u00e9culas. El gran valor a\u00f1adido de este servicio es que se encuentra integrado con el sistema de informaci\u00f3n <a href=\"http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/gquery\/gquery.fcgi\">Entrez<\/a> del NCBI.<\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.emolecules.com\/\">eMolecules<\/a> (antes conocido como <em><a href=\"http:\/\/www.emolecules.com\/doc\/google_vs_chmoogle\/index.htm\">chmoogle<\/a><\/em>): Buscador que permite buscar subestructuras y peque\u00f1as mol\u00e9culas tanto por nombre como por sustrato. Seg\u00fan el sitio web \u00ab\u00bfestais preparados para la aut\u00e9ntica <em><a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Qu%C3%ADmica_computacional\">chemoinform\u00e1tica<\/a><\/em>?\u00bb (siento el palabro).<\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/blaster.docking.org\/zinc\/\">ZINC<\/a>: Una base de datos no comercial y de libre disposici\u00f3n que almacena informaci\u00f3n sobre compuestos comerciales disponibles para <em><a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Screening\">screening<\/a><\/em> virtual.<\/li>\n<\/ul>\n<p>Para el tema de biorremediaci\u00f3n y biodegradaci\u00f3n en bioinform\u00e1tica escribir\u00e9 pr\u00f3ximamente otro art\u00edculo, dado su peso espec\u00edfico.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Muchas veces, trabajando en nuestro nicho dentro de la bioinform\u00e1tica, nos olvidamos de herramientas que son \u00fatiles s\u00f3lo a un sector muy concreto de usuarios, como es el caso de las herramientas relacionadas con compuestos qu\u00edmicos y peque\u00f1as mol\u00e9culas. 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