{"id":32078,"date":"2006-06-21T11:04:00","date_gmt":"2006-06-21T11:04:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/06\/21\/32078.aspx"},"modified":"2006-06-21T11:04:00","modified_gmt":"2006-06-21T11:04:00","slug":"orc-open-regulatory-competition","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/06\/21\/32078","title":{"rendered":"ORC: Open Regulatory Competition"},"content":{"rendered":"<p>\u00daltimamente parece que lo que publico en este blog tiene que ver competiciones en <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Bioinform%C3%A1tica\">Bioinform\u00e1tica<\/a> \u00bfSer\u00e1 por la llegada del verano y de las competiciones internacionales \ud83d\ude09 ? En esta ocasi\u00f3n, voy a hablar de <a href=\"http:\/\/smweb.bcgsc.bc.ca\/orc\/\">ORC<\/a> (<i>Open Regulatory Competition<\/i>), un sistema dise\u00f1ado para permitir a los investigadores interesados en <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Transcripci%C3%B3n_%28gen%C3%A9tica%29\">transcripci\u00f3n<\/a> y regulaci\u00f3n de genes ejecutar y comparar conjuntos de programas de predicci\u00f3n (de genes, de sitios de transcripci\u00f3n, etc&#8230;).<\/p>\n<p><!--more-->A diferencia de otras competiciones, ORC est\u00e1 centrada en la experiencia personal del usuario: cada usuario puede crear su propio conjunto de programas a probar, sin ning\u00fan tipo de restricci\u00f3n a la hora de modificarlo o eliminarlo. Los programas son a\u00f1adidos por personas o laboratorios mediante el uso de la plataforma <i>peer-to-peer<\/i> <a href=\"http:\/\/smweb.bcgsc.bc.ca\/chinook\/\">Chinook<\/a>. Esta versatilidad a la hora de evaluar qu\u00e9 programa de predicci\u00f3n es el m\u00e1s adecuado (cada usuario decide qu\u00e9 programas probar, y cu\u00e1les son los conjuntos de datos de prueba) hace de Chinook una herramienta muy \u00fatil a la hora de elegir el proceso de predicci\u00f3n que queremos aplicar sobre un genoma reci\u00e9n secuenciado.<\/p>\n<p>Una caracter\u00edstica interesante de ORC es que sus desarrolladores han creado tambi\u00e9n <a href=\"http:\/\/134.87.4.53:8080\/JSPWiki\/\">ORCWiki<\/a>, un wiki lleno de documentaci\u00f3n donde encontrar introducciones al sistema completo, casos de prueba, c\u00f3mo desarrollar para ORC, etc&#8230; Por \u00faltimo, hay que destacar que tambi\u00e9n <a href=\"http:\/\/134.87.4.53:8080\/orc\/\">hay disponible un servicio web para evaluar<\/a> los algoritmos integrados en ORC con tus propios datos sin tener que instalar nada. La \u00fanica pega que les veo a ambos es que est\u00e1n instalados en un puerto distinto del HTTP, con lo que la gente que acceda a internet a trav\u00e9s de un <a href=\"http:\/\/es.wikipedia.org\/wiki\/Firewall\"><i>firewall<\/i><\/a> puede tener problemas de acceso.<\/p>\n<p>Por \u00faltimo, el c\u00f3digo fuente de este sistema est\u00e1 bajo licencia <a href=\"http:\/\/gugs.sindominio.net\/licencias\/\">GNU LGPL v2<\/a>, lo que permite que lo podamos usar y ampliar mientras no lo modifiquemos.<\/p>\n<p><u>Enlaces<\/u>:<\/p>\n<ul>\n<li><a href=\"http:\/\/smweb.bcgsc.bc.ca\/orc\/\">ORC (<i>Open Regulatory Competition<\/i>)<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/www.bcgsc.bc.ca\/chinook\/\">Chinook<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/134.87.4.53:8080\/JSPWiki\/\">ORCWiki<\/a><\/li>\n<li><a href=\"http:\/\/134.87.4.53:8080\/orc\/\">Servicio web ORC para probar<\/a><\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u00daltimamente parece que lo que publico en este blog tiene que ver competiciones en Bioinform\u00e1tica \u00bfSer\u00e1 por la llegada del verano y de las competiciones internacionales \ud83d\ude09 ? 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