{"id":52934,"date":"2006-11-28T13:33:00","date_gmt":"2006-11-28T13:33:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/11\/28\/52934.aspx"},"modified":"2006-11-28T13:33:00","modified_gmt":"2006-11-28T13:33:00","slug":"desenredando-un-nuevo-codigo-genetico-en-la-mitocondria-de-los-artropodos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/11\/28\/52934","title":{"rendered":"Desenredando un nuevo c\u00f3digo gen\u00e9tico en la mitocondria de los artr\u00f3podos"},"content":{"rendered":"
Cuando asisto a congresos y reuniones relacionadas con la bioinform\u00e1tica<\/a>, pocas veces tengo la oportunidad de encontrar charlas tan interesantes y bonitas como la que imparti\u00f3 Federico Abascal en las JdB2006<\/a>, titulada ‘Unravelling a new genetic code in the mitochondria of arthropods’<\/i>. Hablando con \u00e9l (y aprovechando que lo conozco desde hace mucho y que conoce el blog), le ped\u00ed que escribiera un resumen para publicarlo aqu\u00ed. Os lo incluyo a continuaci\u00f3n:<\/p>\n<\/div>\n

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Mientras est\u00e1bamos trabajando en un tema un poco \u00e1rido relacionado con matrices de sustituci\u00f3n<\/a> de amino \u00e1cidos<\/a>, observamos algo extra\u00f1o en un alineamiento m\u00faltiple<\/a> de prote\u00ednas mitocondriales<\/a> de artr\u00f3podos<\/a>. Resulta que en sitios de las prote\u00ednas<\/a> donde la presencia del amino \u00e1cido<\/a> (aa<\/i>) lisina<\/a> estaba muy conservada a lo largo de la evoluci\u00f3n, en algunos artr\u00f3podos<\/a> (ara\u00f1as, insectos, gambas et al., ~500 millones de a\u00f1os) sin embargo a veces hab\u00eda serinas<\/a> (un aa<\/i> con propiedades f\u00edsico-qu\u00edmicas muy distintas de las de lisina<\/a>).<\/font><\/div>\n


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La presencia de estas \u00abserinas\u00bb no encajaba desde un punto de vista evolutivo, ni pod\u00eda explicarse por errores de secuenciaci\u00f3n. Tras dejar el tema de lado durante unos d\u00edas de pronto nos lleg\u00f3 la inspiraci\u00f3n: \u00abumm… quiz\u00e1s esas serinas no sean realmente serinas sino que puede que hayan sido traducidas (autom\u00e1ticamente a partir del ADN<\/a>) usando un c\u00f3digo gen\u00e9tico err\u00f3neo\u00bb<\/i>. Y, efectivamente, vimos que todas esas serinas raras se correspond\u00edan con un mismo cod\u00f3n<\/a> (AGG) y no con ninguno de los otros siete codones de serina.<\/font><\/div>\n


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Para comprobar si este modo de razonar era correcto (si el AGG aparece en sitios de lisina, entonces seguramente codifica serina), automatizamos la asignaci\u00f3n de decenas de miles de codones. La precisi\u00f3n fue alt\u00edsima. El m\u00e9todo indic\u00f3 que unos artr\u00f3podos traduc\u00edan AGG como serina y otros como lisina. Lo esperable ser\u00eda que un gran grupo de artr\u00f3podos (p.e. los crust\u00e1ceos<\/a>) tuviera uno de los c\u00f3digos y otro grupo (p.e. insectos<\/a>) el otro. Pero el resultado fue muy distinto: uno y otro c\u00f3digo gen\u00e9tico aparec\u00edan entremezclados en distintos grupos. Incluso en un mismo orden de insectos, en el de los hem\u00edpteros<\/a> (pulgones, b\u00e1sicamente) observ\u00e1bamos que unas especies usaban un c\u00f3digo y otras el otro. Esto indicaba que a lo largo de la historia de los artr\u00f3podos hab\u00eda habido m\u00faltiples cambios independientes, es decir, hab\u00eda habido evoluci\u00f3n paralela.<\/font><\/div>\n


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El resto de la historia tiene que ver con la base molecular de estos cambios (mutaciones puntuales en los anticodones de tRNA-Lys y tRNA-Ser, dominancia de tRNA-Ser, poco uso del AGG…). Para los curiosos pueden encontrar m\u00e1s detalles en<\/font><\/div>\n

Abascal et al, 2006, \u00abParallel Evolution of the Genetic Code in Arthropod Mitochondrial Genomes\u00bb PLoS Biology 4(5):e127<\/a><\/b>.<\/p>\n

\u00a1\u00a1\u00a1Muchas Gracias, Fede!!! \u00a1\u00a1\u00a1\u00c9sto s\u00ed<\/b> que es bioinform\u00e1tica aplicada!!!<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Cuando asisto a congresos y reuniones relacionadas con la bioinform\u00e1tica, pocas veces tengo la oportunidad de encontrar charlas tan interesantes y bonitas como la que imparti\u00f3 Federico Abascal en las JdB2006, titulada ‘Unravelling a new genetic code in the mitochondria of arthropods’. Hablando con \u00e9l (y aprovechando que lo conozco desde hace mucho y que conoce el blog), le ped\u00ed que escribiera un resumen para publicarlo aqu\u00ed. Os lo incluyo a continuaci\u00f3n:<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[186,31],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/52934"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=52934"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/52934\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=52934"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=52934"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=52934"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}