{"id":53101,"date":"2006-11-29T15:06:00","date_gmt":"2006-11-29T15:06:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/11\/29\/53101.aspx"},"modified":"2006-11-29T15:06:00","modified_gmt":"2006-11-29T15:06:00","slug":"orientacion-para-un-projecto-relacionado-con-e-coli-de-un-nuevo-bioinformatico","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/11\/29\/53101","title":{"rendered":"Orientaci\u00f3n para un projecto relacionado con E. coli de un nuevo bioinform\u00e1tico"},"content":{"rendered":"

Hace un par de d\u00edas \u00c1ngelo<\/a> escribi\u00f3 pidiendo consejo para abordar un trabajo de investigaci\u00f3n que tiene que realizar, paralelo al trabajo de tesis de otras personas. Consiste en identificar una cepa de E.coli<\/a> (Enterohemorragica<\/a>) O157: H7<\/a> a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga<\/a> causante de este mal. <\/font>B\u00e1sicamente ha convencido al profesor que coordina esas tesis para realizar de forma paralela la misma tarea conceptual, pero mediante herramientas bioinform\u00e1ticas (biolog\u00eda in silico<\/i><\/a>), o bien apoyar con su trabajo el trabajo experimental. Aqu\u00ed os incluyo el mensaje completo, para que opineis sobre qu\u00e9 deber\u00eda hacer:

Hola Jose Maria, \u00bfc\u00f3mo est\u00e1s? Al mucho tiempo que me vuelvo a comunicar contigo, ahora con una peque\u00f1a solicitud hacia tu experiencia. Convers\u00e9 con un profesor de la facu que est\u00e1 trabajando con unos tesistas en el area de microbiolog\u00eda, le convenc\u00ed de realizar un trabajo paralelo al de ellos pero con herramientas y metodolog\u00edas de bioinform\u00e1tica (siendo generales). Debido a que el profesor me conoce de mucho antes me acept\u00f3, y con los argumentos presentados de mi parte m\u00e1s a\u00fan. Aunque para m\u00ed es una aventura muy interesante, del todo no estoy muy solido en cuanto a muchos conocimientos. El trabajo ser\u00e1 (tesis) el de identificar una cepa de E.coli<\/a> (Enterohemorragica<\/a>) O157: H7<\/a> a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga<\/a> causante de este mal. Bueno eso es lo que tengo de informacion despues de una charla entre los chicos, el asesor y mi persona.<\/p>\n

Queda pendiente que me pasen m\u00e1s informaci\u00f3n al respecto. De mi parte ser\u00eda, trabajar a nivel de genoma, para luego identificar la zona de intervenci\u00f3n de los primers<\/i><\/a>; determinar si el gen sintetiza otras prote\u00ednas; determinar la secuencia de la prote\u00ednas (Shiga I y Shiga II<\/a>), y las dem\u00e1s interacciones que tienen estas prote\u00ednas. Estuve andando en busca de informaci\u00f3n en NCBI<\/a>: encontr\u00e9 muchas cosas, pero ante tanta avalancha de informaci\u00f3n me desoriento a\u00fan. La pregunta es que si has tenido alguna actividad en tu labor de bioinform\u00e1tico que se parezca a \u00e9sta que te planteo. Espero no haberte aburrido \ud83d\ude1b Gracias por tu tiempo, y a la espera de tu respuesta. Que tengas buen d\u00eda.
<\/font>
Personalmente pienso que antes de buscar m\u00e1s informaci\u00f3n, te plantees bien el plan de trabajo, de forma que no \u00abmueras ahogado\u00bb bajo toda la informaci\u00f3n biol\u00f3gica relacionada. Determina bien cada uno de los pasos, qu\u00e9 piensas que vas a obtener, qu\u00e9 har\u00e1s si encuentras o no lo que buscas, etc… Por ejemplo, podr\u00edas empezar por leerte algunos de los principales art\u00edculos sobre las prote\u00ednas que has mencionado, y buscar luego art\u00edculos que relacionen esas prote\u00ednas con otras; buscar las rutas metab\u00f3licas en las que intervienen para encontrar posibles culpables por asociaci\u00f3n; buscar en la base de datos de enfermedades OMIM; buscar en las bases de datos de interacciones, hacer alineamientos, buscar motivos, etc…<\/p>\n

Bueno, no he tenido la suerte de realizar un trabajo de investigaci\u00f3n y an\u00e1lisis como el que va a hacer \u00c1ngelo<\/a>, as\u00ed que \u00a1seguro que hay vari@s bioinform\u00e1tic@s de pro que te aconsejar\u00e1n mucho mejor que yo!
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Hace un par de d\u00edas \u00c1ngelo escribi\u00f3 pidiendo consejo para abordar un trabajo de investigaci\u00f3n que tiene que realizar, paralelo al trabajo de tesis de otras personas. Consiste en identificar una cepa de E.coli (Enterohemorragica) O157: H7 a nivel de genes: el gen que sintetiza la toxina Shiga causante de este mal. B\u00e1sicamente ha convencido al profesor que coordina esas tesis para realizar de forma paralela la misma tarea conceptual, pero mediante herramientas bioinform\u00e1ticas (biolog\u00eda in silico), o bien apoyar con su trabajo el trabajo experimental. Aqu\u00ed os incluyo el mensaje completo, para que opineis sobre qu\u00e9 deber\u00eda hacer:<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/53101"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=53101"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/53101\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=53101"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=53101"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=53101"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}