{"id":55251,"date":"2006-12-15T15:19:00","date_gmt":"2006-12-15T15:19:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2006\/12\/15\/55251.aspx"},"modified":"2006-12-15T15:19:00","modified_gmt":"2006-12-15T15:19:00","slug":"20-aminoacidos-distintos-%c2%bfo-son-mas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2006\/12\/15\/55251","title":{"rendered":"20 amino\u00e1cidos distintos \u00bfo son m\u00e1s?"},"content":{"rendered":"

Cuando hace a\u00f1os comenc\u00e9 a trabajar en bioinform\u00e1tica tuve que repasar conceptos b\u00e1sicos de biolog\u00eda (soy Ingeniero en Inform\u00e1tica), y entre ellos estaban los de los nucle\u00f3tidos<\/a>, los codones<\/a>, y los amino\u00e1cidos<\/a>. Desde entonces, me he encontrado con que los conceptos que conoc\u00eda no son las verdades inamovibles que parec\u00edan. Entre ellas, que s\u00f3lo se usan 20 amino\u00e1cidos distintos para las prote\u00ednas. \u00bfO son m\u00e1s?
B\u00e1sicamente, el c\u00f3digo gen\u00e9tico<\/a> en forma de ADN<\/a> (por ejemplo, cualquiercromosoma<\/a> de cualquier organismo vivo) est\u00e1 formado por 4 nucle\u00f3tidosdiferentes<\/a>: Adenina<\/a>, Guanina<\/a>, Citosina<\/a> y Timina<\/a>. El c\u00f3digo gen\u00e9tico enforma de ARN<\/a> (por ejemplo, el ARN mensajero) usa estos mismonucle\u00f3tidos, reemplazando la Timina por Uracilo<\/a>. Cuando se dispara la producci\u00f3n de una prote\u00edna en una c\u00e9lula, hay que llevar la informaci\u00f3n gen\u00f3mica de la prote\u00edna desde el cromosoma donde est\u00e9 hasta la maquinaria celular de traducci\u00f3n de prote\u00ednas. Abreviando los pasos que se siguen, mediante el proceso de transcripci\u00f3n se copia y convierte la secci\u00f3n de ADN que codifica la prote\u00edna en ARN mensajero<\/a>. Cuando el ARNmensajero llega a la maquinaria de traducci\u00f3n a prote\u00edna de la celula,los nucle\u00f3tidos de ese ARN son tomados en  grupos de tres, y esasagrupaciones se llaman codones<\/a>. Si hacemos un peque\u00f1o c\u00e1lculo de cu\u00e1ntoscodones distintos hay, nos sale que son 64 (4 posibles nucle\u00f3tidos para3 posiciones que se pueden repetir), y la maquinaria de traducci\u00f3n hace la correspondencia entre cada cod\u00f3n con su amino\u00e1cido. Pero esta correspondencia no es uno a uno, porque normalmente la maquinaria de traducci\u00f3n da 20 amino\u00e1cidos distintos.<\/p>\n

Esto es lo que se pensaba hace unos a\u00f1os. Sin embargo, como ya vimos en una noticia anterior sobre artr\u00f3podos<\/a>, la naturaleza est\u00e1 plagada de variantes y excepciones. En 1986 ya hay publicaciones que mencionan prote\u00ednas naturales conteniendo Selenociste\u00edna<\/a>, un amino\u00e1cido no perteneciente a la lista de los 20 posibles para la maquinaria celular de traducci\u00f3n (ver esta publicaci\u00f3n en PNAS<\/a>). Leyendo la documentaci\u00f3n de GenBank<\/a>, me he enterado hoy que hay otro amino\u00e1cido m\u00e1s encontrado en prote\u00ednas naturales, llamado Pirrolisina<\/a>, y que hay nuevos registros en la base de datos de secuencias que podr\u00edan codificar prote\u00ednas en las que aparezca este amino\u00e1cido.<\/p>\n

\u00bfEsto qu\u00e9 implica? En principio, como estos amino\u00e1cidos aparecen muy raramente, no deber\u00eda afectar a los programas y servicios bioinform\u00e1ticos existentes salvo en casos excepcionales. Para herramientas como BLAST o FASTA, que dependen de una matriz de pesos de los amino\u00e1cidos para realizar los alineamientos, estos amino\u00e1cidos se mapean como desconocido. En un futuro, las familias de matrices (como las PAM y BLOSUM) ser\u00e1n revisadas para incluir estos nuevos amino\u00e1cidos. Adem\u00e1s, a medida que haya m\u00e1s secuencias con dichos amino\u00e1cidos, se har\u00e1 cada vez m\u00e1s necesario arreglar los programas que validan las secuencias de entrada, y los que tomen como suposici\u00f3n que s\u00f3lo hay 20 amino\u00e1cidos: programas de filtrado de regiones de baja complejidad, programas de predicci\u00f3n de estructura secundaria, etc…<\/p>\n

La parte que hay que tener en cuenta es: \u00bfse modificar\u00e1n secuencias en las bases de datos de secuencias por revisi\u00f3n de las mismas? Posiblemente, porque se sospecha que una peque\u00f1a parte de las secuencias ya registradas y anotadas podr\u00eda contener alguno de estos amino\u00e1cidos ‘raros’. Sin embargo, para bien o para mal este trabajo no se har\u00e1 de la noche a la ma\u00f1ana, y algunas secuencias incluso puede que nunca se revisen debido a falta de inter\u00e9s o de presupuesto por parte de los cient\u00edficos.<\/p>\n

En cualquier caso, \u00a1Felices Fiestas!<\/p>\n

Enlaces<\/u>:<\/p>\n