Hoy ha mandado Omar una pregunta sobre los scores<\/I> de ClustalW<\/A>, que podeis leer a continuaci\u00f3n: Hola mi nombre es Omar y soy de M\u00e9xico. Soy Ing. en Sistemas y apenas entre al mundo de la Bioinform\u00e1tica pero tengo muchas dudas, espero y me puedan ayudar. Hoy ha mandado Omar una pregunta sobre los scores de ClustalW, que podeis leer a continuaci\u00f3n: Hola mi nombre es Omar y soy de M\u00e9xico. Soy Ing. en Sistemas y apenas entre al mundo de la Bioinform\u00e1tica pero tengo muchas dudas, espero y me puedan ayudar.Mi duda es sobre el ClustalW, Hice algunos alineamientos usando una matriz de sustituci\u00f3n Blosum80 pero no comprendo muy bien los scores. \u00bfC\u00f3mo puedo usar ese score?, \u00bfPuedo usar ese score como un porcentaje de similitud?, \u00bfC\u00f3mo obtiene ClustalW ese score?, \u00bfPor qu\u00e9 tengo que sumar 8 a cada cambio de residuo para que me\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[187],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/58831"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=58831"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/58831\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=58831"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=58831"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=58831"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}
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Mi duda es sobre el ClustalW, Hice algunos alineamientos usando una <\/EM>matriz de sustituci\u00f3n<\/EM><\/A> Blosum80 pero no comprendo muy bien los scores. \u00bfC\u00f3mo puedo usar ese score?, \u00bfPuedo usar ese score como un porcentaje de similitud?, \u00bfC\u00f3mo obtiene ClustalW ese score?, \u00bfPor qu\u00e9 tengo que sumar 8 a cada cambio de residuo para que me de el score?, \u00bfC\u00f3mo usar los score por grupos y el score final?. Gracias espero y me puedan ayudar.
Start of Multiple Alignment
There are 4 groups
Aligning…\t <- – -scores de grupos
Group 1: Sequences: 2 Score:4595
Group 2: Sequences: 3 Score:4566
Group 3: Sequences: 4 Score:4331
Group 4: Sequences: 5 Score:3566
Alignment Score 12746\t <- – score final.<\/EM><\/P>
Personalmente, no soy un usuario de ClustalW, con lo que no me veo capaz de responder a tu pregunta. Normalmente un score<\/I><\/A>, un e-value<\/I><\/A>, etc… en bioinform\u00e1tica es una medida de c\u00f3mo de bien o mal lo est\u00e1 haciendo un programa, pero no es un porcentaje de similitud. El score de ClustalW tiene en cuenta penalizaciones relacionadas con sustituciones de unos amino\u00e1cidos por otros: los m\u00e1s parecidos entre s\u00ed penalizan menos, los menos parecidos, m\u00e1s. Estas penalizaciones quedan descritas precisamente por la matriz de sustituci\u00f3n<\/A>, con lo que si cambias de BLOSUM80 a otra BLOSUM<\/A> o a una PAM<\/A> cambiar\u00e1n los scores<\/I> que obtengas, y cambiar\u00e1 ligeramente su significado.
Buscando un poco en Internet he visto que la documentaci\u00f3n que tiene el EBI<\/A> sobre su servidor de ClustalW es muy amplia (ver http:\/\/www.ebi.ac.uk\/clustalw\/clustalw_help.html<\/A>), y posiblemente se pueda extrapolar al programa de l\u00ednea de comandos. En cualquier caso, te recomiendo que te descargues el art\u00edculo de ClustalW<\/A> y te lo leas, aprovechando que est\u00e1 accesible de forma libre en PDF<\/A>.
Adem\u00e1s, seguro que algun@s de l@s lector@s de este blog podr\u00e1n darte una respuesta mejor que la que te he dado.
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