{"id":65133,"date":"2007-05-07T20:22:00","date_gmt":"2007-05-07T20:22:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2007\/05\/07\/65133.aspx"},"modified":"2007-05-07T20:22:00","modified_gmt":"2007-05-07T20:22:00","slug":"%c2%bfcomo-suenan-las-proteinas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2007\/05\/07\/65133","title":{"rendered":"\u00bfC\u00f3mo suenan las prote\u00ednas?"},"content":{"rendered":"

Gracias a David Gonz\u00e1lez (compa\u00f1ero del CNIO<\/a>), me he enterado de que acaba de salir publicado en Genome Biology<\/a> un art\u00edculo titulado \u00abConversion of amino-acid sequence in proteins to classical music: search for auditory patters\u00bb<\/i><\/a>, que trata sobre c\u00f3mo representar las secuencias de amino\u00e1cidos en partituras musicales que sean adem\u00e1s agradables. Algun@s de l@s que estais leyendo pensareis ‘\u00a1pues vaya tonter\u00eda!’, y os puedo asegurar que no lo es en absoluto.<\/p>\n

No es nada nuevo que algunos cient\u00edficos hayan buscado una manera detrasladar el c\u00f3digo gen\u00e9tico (secuencias de nucle\u00f3tidos y secuencias deamino\u00e1cidos) a sonidos. Los objetivos est\u00e1n claros: permitir quepersonas con problemas visuales sean capaces de \u00abver\u00bb las secuenciaspor otros medios, hacer m\u00e1s atractiva la biolog\u00eda a los j\u00f3venes, etc…Sin embargo, las soluciones encontradas anteriormente, basadasprincipalmente en traducir cada res\u00edduo (ya sea nucle\u00f3tido oamino\u00e1cido) en una nota musical distinta, no eran satisfactorias. Laspartituras generadas por este m\u00e9todo a partir de secuencias denucle\u00f3tidos tienen a ser muy mon\u00f3tonas, por haber s\u00f3lo 4 nucle\u00f3tidosdistintos, produci\u00e9ndose s\u00f3lo 4 notas distintas. Para el caso de lassecuencias de amino\u00e1cidos, las partituras generadas conten\u00edan muchosaltibajos entre las distintas notas, lo que llevaba a que no fuera muyagradable de o\u00edr.

El art\u00edculo publicado intenta solucionar los problemas para las secuencias de amino\u00e1cidos. Lo primero es asignar acordes<\/a> en lugar de notas musicales, de forma que mejora ostensiblemente la musicalidad (para los adictos al m\u00f3vil, ser\u00eda un politono ;-)). Adem\u00e1s, en lugar de asignar un acorde diferente a cada amino\u00e1cido (20 acordes distintos), los autores del art\u00edculo primero agrupan los amino\u00e1cidos por sus propiedades fisico-qu\u00edmicas, las mismas usadas para la construcci\u00f3n de las matrices de sustituci\u00f3n<\/a>, y luego asignan las notas a esos grupos. Usando la propiedad de hidrofobicidad<\/a>, salen 13 acordes distintos.<\/p>\n

Esto \u00faltimo tiene el inconveniente de que amino\u00e1cidos distintos agrupados bajo las mismas caracter\u00edsticas suenen igual. Por ello los autores decidieron asignar variaciones del mismo acorde a los amino\u00e1cidos clasificados conjuntamente. De esa manera, por ejemplo la tirosina<\/a> tendr\u00eda un acorde de Sol Mayor, y la fenilalanina<\/a> un acorde de Sol Mayor invertido en el esquema de 13 acordes distintos basados en la hidrofobicidad de los amino\u00e1cidos. Tambi\u00e9n en el art\u00edculo se trat\u00f3 el tema del ritmo. Los autores lo han hecho asignando a cada acorde una duraci\u00f3n basada en la frecuencia con que son encontrados los amino\u00e1cidos en el genoma del que proviene la secuencia de amino\u00e1cidos.<\/p>\n

Los autores del art\u00edculo tienen una p\u00e1gina web con informaci\u00f3n sobre su proyecto gene2music<\/i><\/a>, y lo m\u00e1s importante, ejemplos de secuencias de prote\u00ednas traducidas a partituras<\/a>. El art\u00edculo tiene m\u00e1s informaci\u00f3n que la que he expuesto en esta entrada, as\u00ed que si os ha interesado (y teneis acceso) os recomiendo que os lo leais. En cualquier caso, la web del proyecto es de libre acceso.<\/p>\n

Enlaces<\/u>:<\/p>\n