{"id":70885,"date":"2007-07-30T19:15:00","date_gmt":"2007-07-30T19:15:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2007\/07\/30\/70885.aspx"},"modified":"2007-07-30T19:15:00","modified_gmt":"2007-07-30T19:15:00","slug":"cambios-del-formato-y-base-de-datos-pdb-3-1","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2007\/07\/30\/70885","title":{"rendered":"Cambios del formato y base de datos PDB: 3.1"},"content":{"rendered":"

El verano es esa \u00e9poca del a\u00f1o en la que est\u00e1s a punto de irte de vacaciones \u00a1y te llega una \u00absorpresa\u00bb que te las atraganta! Para que este a\u00f1o no desmerezca con respecto a los anteriores, la sorpresa viene del lado de la base de datos PDB (Protein Data Bank)<\/a>. La evoluci\u00f3n de los m\u00e9todos experimentales, el conocimiento funcionalde las prote\u00ednas, y los m\u00e9todos usados para procesar PDB ha hecho quecada vez haya m\u00e1s inconsistencias en esta base de datos. El proyectowwPDB<\/a> ha curado, limpiado, uniformizado y estandarizado el contenido detodos los ficheros de la base de datos PDB. El 1 de Agosto se va a hacer p\u00fablico el archivo Remediated PDB<\/i><\/a>, que adem\u00e1s de contener esta informaci\u00f3n curada, introducir\u00e1 cambios en el formato PDB<\/a><\/b>.
Como muchos usuarios de PDB sabr\u00e1n, el formato de los ficheros en la base de datos PDB ha ido evolucionando con el paso del tiempo. En 1971 naci\u00f3 PDB en Brookhaven National Laboratory<\/a>, conteniendo 7 estructuras. Los ficheros que conten\u00edan esas estructuras deb\u00edan ser f\u00e1cilmente manipulables por cualquier editor de la \u00e9poca, y procesables por programas en ordenadores de la \u00e9poca. Por ello desde entonces el formato nativo de PDB es textual, con los campos alineados en posiciones muy concretas de las l\u00edneas del fichero. Desde entonces, los distintos administradores que ha tenido la base de datos PDB han cambiado este formato s\u00f3lo lo imprescindible, intentando mantener la compatibilidad hacia atr\u00e1s.<\/p>\n

Sin embargo, Remediated PDB<\/i><\/a><\/i> romper\u00e1 esa tendencia. Con esta release<\/i> se inaugura el nuevo formato PDB v3, que introduce ciertas incompatibilidades con los formatos anteriores<\/a>. \u00bfEsto qu\u00e9 significa? Que si teneis instalados programas como Rasmol<\/a>, JMol<\/a> o PyMol<\/a>, no funcionar\u00e1n con ficheros en este nuevo formato si son versiones antiguas. Por eso ha habido un esfuerzo de colaboraci\u00f3n entre los gestores de wwPDB<\/a> y los principales programas de visualizaci\u00f3n de estructuras, de forma que ya hay disponibles nuevas versiones<\/a>.<\/p>\n

Yendo m\u00e1s all\u00e1, muchos otros programas que trabajan con el formato PDB, como los de modelado por homolog\u00eda, tambi\u00e9n fallar\u00e1n al intentar procesar ficheros en formato PDB v3. En cualquier caso, no es necesario que cunda el p\u00e1nico todav\u00eda, porque los gestores de la base de datos PDB se han comprometido a mantener simult\u00e1neamente durante un tiempo la informaci\u00f3n en los formatos PDB pre (v2.3)<\/a> y post (v3.1)<\/a> remediation<\/i>. Lo que no s\u00e9 es cu\u00e1nto tiempo habr\u00e1 disponible para realizar la adaptaci\u00f3n de vuestros programas para que entiendan el nuevo formato.<\/p>\n

Para aquell@s de vosotros que envi\u00e9is nuevas estructuras a PDB en formato v2.3, muy posiblemente refinadas mediante programas, no habr\u00e1 problema. No ser\u00e1 necesario que cambieis nis las librer\u00edas ni vuestros programas de refinado de estructuras. Para ello, wwPDB<\/a> se ha comprometido a realizar la conversi\u00f3n a la nueva nomenclatura de PDB v3.<\/p>\n

Por \u00faltimo, \u00a1\u00bbgracias\u00bb Gonzalo! Sin Gonzalo L\u00f3pez, no me habr\u00eda enterado de este cambio radical hasta despu\u00e9s de las vacaciones.<\/p>\n

Referencias<\/u>:<\/p>\n