{"id":71119,"date":"2007-08-03T11:32:00","date_gmt":"2007-08-03T11:32:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2007\/08\/03\/71119.aspx"},"modified":"2007-08-03T11:32:00","modified_gmt":"2007-08-03T11:32:00","slug":"polemica-con-el-reciente-cambio-en-pdb","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2007\/08\/03\/71119","title":{"rendered":"Pol\u00e9mica con el reciente cambio en PDB"},"content":{"rendered":"

Como pudisteis leer en una noticia anterior<\/a>, el nuevo formato de fichero v3 de la base de datos PDB es incompatible en algunos aspectos con las versiones anteriores. Eso provoca que algunos programas tengan que ser actualizados. Pero este cambio en el formato adem\u00e1s ha traido una gran pol\u00e9mica tras de s\u00ed, relacionada con la representaci\u00f3n de las mol\u00e9culas de agua. Gracias a las indicaciones de Gloria Fuentes, que est\u00e1 suscrita a la lista de distribuci\u00f3n de PDB<\/a>, he le\u00eddo algunos de los correos m\u00e1s relevantes, en los que los usuarios se quejan del formato. Incluyo los p\u00e1rrafos m\u00e1s relevantes.
Pero antes de comenzar, la referencia al primer correo de la hebra de correos:<\/p>\n

Subject: pdb-l: Stop the new PDB format!
(https:\/\/lists.sdsc.edu\/pipermail\/pdb-l\/2007-August\/004020.html)<\/a><\/p>\n
De este correo extraigo y traduzco un par de p\u00e1rrafos escritos por Joe Krahn, relacionados con el tratamiento de las mol\u00e9culas de agua en el formato PDB:<\/p>\n
La idea de que ATOM<\/a> es s\u00f3lo para residuos polim\u00e9ricos<\/u><\/a> no formaba
parte del formato original, y es espec\u00edficamente uno de los cambios
que afirmo que es err\u00f3neo. El formato PDB original<\/a> establec\u00eda que
ATOM<\/a> es para \"residuos est\u00e1ndar\" que est\u00e1n definidos en una lista
de nombres de residuos<\/a> proporcionada en la documentaci\u00f3n del formato
PDB, y la \"lista de residuos est\u00e1ndar\" inclu\u00eda las mol\u00e9culas de agua.
Los residuos no est\u00e1ndar deben definirse usando campos HET adicionales.
Con la base de datos de RCSB, los HETs deben estar completamente definidos
a su vez, lo cu\u00e1l hace sencillo olvidar para ellos que la idea completa
de HETATM<\/a> es permitir representar los tipos de residuo desconocidos.

RCSB ha a\u00f1adido el concepto de que los HET son no polim\u00e9ricos, pero
tambi\u00e9n se mantiene este concepto enmara\u00f1ado por por no incluir
Se-Met(Selenometionina)<\/i><\/sub><\/a> (MSE), que ciertamente es de por s\u00ed bastante
para no ser un grupo HET. Por eso, la idea de que ATOM implique alguna
relaci\u00f3n de polimerizaci\u00f3n es disfuncional. Lo que deber\u00eda incluir el
formato PDB es un registro INIT que sea el contrapunto al registro TER<\/a>.<\/pre>\n
En un correo de Eric Pettersen, respondiendo a Joe Krahn, le contest\u00f3 que las mol\u00e9culas de agua ya estaba tambi\u00e9n aparaciendo desde hac\u00eda muchos a\u00f1os como campo HETATM. Siguiendo el hilo, Frances C. Bernstein respondi\u00f3 lo siguiente:<\/p>\n
\tEstuve presente en la creaci\u00f3n de lo que es llamado el
formato \"PDB\" a mediados de los 70 y HOH fue siempre HETATM. Lo
\u00fanico especial sobre HOH fue que pensamos que no era necesario
incluir un campo HET en (virtualmente) cada entrada para
definir HOH.

\tPensamos en ese momento que ser\u00eda \u00fatil ser capaz de
calcular el n\u00famero total de cada tipo de \u00e1tomo en una entrada
y esto se puede hacer sumando el n\u00famero de res\u00edduos listados en
SEQRES<\/a>, rest\u00e1ndole el n\u00famero apropiado de mol\u00e9culas de agua, y
despu\u00e9s a\u00f1adi\u00e9ndolos en la f\u00f3rmula para los HETATMs.

\t[Para los que esteis interesad@s en la historia antigua
hubo un formato anterior al formato \"PDB\" que fue usado para m\u00e1s
o menos las primeras 100 entradas. Estaba basado en el formato de
salida del programa de refinamiento de espacio real de Bob Diamond.]
<\/pre>\n
Por tanto, la pol\u00e9mica est\u00e1 servida \u00a1por una decisi\u00f3n de hace 30 a\u00f1os que ten\u00eda en su momento sentido!<\/p>\n
<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Como pudisteis leer en una noticia anterior, el nuevo formato de fichero v3 de la base de datos PDB es incompatible en algunos aspectos con las versiones anteriores. Eso provoca que algunos programas tengan que ser actualizados. Pero este cambio en el formato adem\u00e1s ha traido una gran pol\u00e9mica tras de s\u00ed, relacionada con la representaci\u00f3n de las mol\u00e9culas de agua. Gracias a las indicaciones de Gloria Fuentes, que est\u00e1 suscrita a la lista de distribuci\u00f3n de PDB, he le\u00eddo algunos de los correos m\u00e1s relevantes, en los que los usuarios se quejan del formato. Incluyo los p\u00e1rrafos m\u00e1s relevantes.<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[31],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/71119"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=71119"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/71119\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=71119"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=71119"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=71119"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}