{"id":72485,"date":"2007-08-24T16:43:00","date_gmt":"2007-08-24T16:43:00","guid":{"rendered":"http:\/\/weblogs.madrimasd.org\/\/bioinformatica\/archive\/2007\/08\/24\/72485.aspx"},"modified":"2007-08-24T16:43:00","modified_gmt":"2007-08-24T16:43:00","slug":"extensiones-de-openoffice-para-calculo-cientifico-i-tavernalc","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/2007\/08\/24\/72485","title":{"rendered":"Extensiones de OpenOffice para c\u00e1lculo cient\u00edfico (I): Tavernalc"},"content":{"rendered":"

OpenOffice<\/a> se usa cada d\u00eda m\u00e1s en el trabajo bioinform\u00e1tico diario, no por ser la mejor suite<\/i> de ofim\u00e1tica (que no lo es), ni por ser gratuita. Una de las razones principales es que, pese a sus limitaciones, OpenOffice se puede ejecutar tanto en nuestro port\u00e1til como en la misma estaci\u00f3n de trabajo que usamos para crear nuestros programas en C, Java<\/a>, Perl<\/a> o Python<\/a> y para lanzar BLAST<\/a>, HMMER<\/a>, R<\/a>, ClustalW<\/a>, CD-HIT<\/a> o Coot<\/a>. \u00a1Y esto ahorra mucho tiempo por no tener que estar cambiando de ordenador o formatos cada dos por tres!<\/p>\n

Dentro de poco se va a celebrar en Barcelona el OOoCon 2007<\/a>, la principal conferencia de anual de OpenOffice<\/a>. Ech\u00e1ndole un vistazo al programa de la conferencia<\/a>, me encontr\u00e9 con un par de ponencias asociadas a nuevas extensiones de OpenOffice<\/a>, potencialmente \u00fatiles para el c\u00e1lculo cient\u00edfico: Tavernalc<\/i><\/a> y R and Calc<\/i><\/a>. En esta entrada hablar\u00e9 de la primera, dejando la segunda para la siguiente entrada<\/a>.
Lo primero de todo es que no he podido probar Tavernalc<\/a>, principalmente porque la p\u00e1gina principal del proyecto<\/a> est\u00e1 en polaco, no hay buenos traductores online<\/i> de polaco a ingl\u00e9s, y no parece que est\u00e9 a\u00fan disponible para su descarga. La informaci\u00f3n que he encontrado viene de la descripci\u00f3n de la charla que aparece en el programa de la conferencia OOoCon 2007<\/a>, y es en ella en la que baso mis conclusiones.<\/p>\n

A grandes rasgos, la extensi\u00f3n Tavernalc para OpenOffice Calc permite usar los ‘procesadores’ de Taverna<\/a> como funciones de OpenOffice Calc. Para los que no conozcais o no useis Taverna<\/a>, es una herramienta de integraci\u00f3n de servicios web (ya sean CGIs, SOAP+WSDL, BioMOBY<\/a>, SOAPlab, etc..) y creaci\u00f3n de flujos de trabajo a partir de los mismos. Las operaciones a realizar en los workflows<\/i> de Taverna<\/a> se representan mediante los denominados ‘procesadores’, que son manejados como cajas negras: toman como entrada una serie de par\u00e1metros y generan una serie de salidas. Estos ‘procesadores’ est\u00e1n especializados en funci\u00f3n de la tarea que realizan: llamar a determinados servicios web, ejecutar sub-workflows<\/i>, representar informaci\u00f3n, ejecutar un bean-shell<\/i><\/a> etc…<\/p>\n

Como ya sabeis, las hojas de c\u00e1lculo permiten definir el contenido de una celda como el resultado de una f\u00f3rmula que depende de los valores de otras celdas, ya sean constantes o a su vez, calculados. La idea que hay detr\u00e1s de Tavernalc<\/a> es permitir usar cualquier ‘procesador’ de Taverna<\/a> como funci\u00f3n a llamar para calcular el valor de las celdas de una hoja de c\u00e1lculo, trasladando as\u00ed la capacidad de construir flujos de trabajo desde Taverna<\/a> hasta la hoja de c\u00e1lculo como tal.<\/p>\n

Por ejemplo, supongamos que tenemos una hoja de c\u00e1lculo que contiene los valores de expresi\u00f3n de un experimento de microarrays<\/a>, y queremos normalizar los datos para luego analizar mediante clustering<\/i><\/a> esos valores mediante SOTA<\/a> u otro m\u00e9todo disponible como servicio web, y finalmente integrarlo con alg\u00fan an\u00e1lisis estad\u00edstico propio. Buena parte de esta tarea se puede realizar mediante GEPAS<\/a>, pero cada vez que tengamos que realizarla tendremos que estar pasando datos desde nuestro sistema hasta los servicios correspondientes, recuperar los resultados, realizar nuestro propio an\u00e1lisis estad\u00edstico en integrar y representar los datos en el informe final, con la posibilidad de introducir errores en el proceso.<\/p>\n

Si Tavernalc<\/a> llega a hacer medianamente bien lo que prometen sus desarrolladores en el abstract de su charla para la OOoCon 2007<\/a>, permitir\u00e1 que el flujo de tareas a realizar en el ejemplo descrito en el p\u00e1rrafo anterior no sea tan tedioso y propenso a fallos. Pero como siempre, el tiempo lo dira…<\/p>\n

ACTUALIZACI\u00d3N 2007-09-22 13:37:47 CEST<\/u><\/p>\n

Tavernalc tiene una p\u00e1gina de proyecto en Google Code<\/a> y es:<\/p>\n

http:\/\/tavernalc.googlecode.com\/<\/a><\/p>\n

Adem\u00e1s, ya est\u00e1n disponibles las transparencias de la charla en el OOoCon 2007<\/a>, en formato PDF:<\/p>\n

http:\/\/marketing.openoffice.org\/ooocon2007\/programme\/thursday_171.pdf<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

OpenOffice se usa cada d\u00eda m\u00e1s en el trabajo bioinform\u00e1tico diario, no por ser la mejor suite de ofim\u00e1tica (que no lo es), ni por ser gratuita. Una de las razones principales es que, pese a sus limitaciones, OpenOffice se puede ejecutar tanto en nuestro port\u00e1til como en la misma estaci\u00f3n de trabajo que usamos para crear nuestros programas en C, Java, Perl o Python y para lanzar BLAST, HMMER, R, ClustalW, CD-HIT o Coot. \u00a1Y esto ahorra mucho tiempo por no tener que estar cambiando de ordenador o formatos cada dos por tres! Dentro de poco se va a\u2026<\/p>\n","protected":false},"author":25,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"ngg_post_thumbnail":0},"categories":[31,189],"tags":[],"blocksy_meta":{"styles_descriptor":{"styles":{"desktop":"","tablet":"","mobile":""},"google_fonts":[],"version":4}},"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/72485"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/users\/25"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=72485"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/72485\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=72485"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=72485"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.madrimasd.org\/blogs\/bioinformatica\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=72485"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}